PDB-8sp6: COMPLEX STRUCTURE OF CDYL2 WITH AN ANTAGONIST

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sp6

タイトル

COMPLEX STRUCTURE OF CDYL2 WITH AN ANTAGONIST

要素

(5R0)FAL(MLZ)(5R5)
Chromodomain Y-like protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / CDYL2 / Antagonist / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

: / transcription corepressor activity / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Song, X. / Beldar, S. / Dong, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: COMPLEX STRUCTURE OF CDYL2 WITH AN ANTAGONIST
著者: Song, X. / Beldar, S. / Dong, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2023年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2024年7月24日	ID: 7SLW
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sp6.cif.gz	106.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sp6.ent.gz	80.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sp6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/8sp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/8sp6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4haeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chromodomain Y-like protein 2

B: Chromodomain Y-like protein 2

C: Chromodomain Y-like protein 2

D: Chromodomain Y-like protein 2

E: Chromodomain Y-like protein 2

F: Chromodomain Y-like protein 2

G: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

H: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

I: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

J: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

K: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

L: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

ヘテロ分子

50.1 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chromodomain Y-like protein 2

G: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chromodomain Y-like protein 2

H: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Chromodomain Y-like protein 2

I: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Chromodomain Y-like protein 2

J: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Chromodomain Y-like protein 2

K: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Chromodomain Y-like protein 2

L: (5R0)FAL(MLZ)(5R5)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.905, 88.576, 113.237
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chromodomain Y-like protein 2 / CDY-like 2 分子量: 7451.329 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDYL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N8U2
#2: タンパク質・ペプチド	(5R0)FAL(MLZ)(5R5) 分子量: 752.940 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子量: 322.358 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-I9A / (1s,4s)-bicyclo[2.2.1]heptane 分子量: 96.170 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25.0% PEG3350, 0.2M NH4OAc, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 80579 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.779 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 728017

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.45-1.48	6.7	0.787	3743	0.76	0.929	0.323	0.854	0.532	92.1
1.48-1.5	7.9	0.688	3878	0.87	0.965	0.258	0.736	0.547	95.4
1.5-1.53	8.4	0.638	3956	0.888	0.97	0.23	0.679	0.55	96.2
1.53-1.56	8.9	0.548	3941	0.927	0.981	0.191	0.581	0.541	97.9
1.56-1.6	9.1	0.488	3972	0.94	0.985	0.167	0.517	0.56	97.4
1.6-1.63	9.2	0.44	3991	0.952	0.988	0.149	0.465	0.567	97.2
1.63-1.67	9.2	0.378	4009	0.967	0.992	0.128	0.4	0.561	98.6
1.67-1.72	9.2	0.317	3989	0.977	0.994	0.108	0.336	0.593	97.6
1.72-1.77	8.8	0.241	3986	0.983	0.996	0.084	0.256	0.613	96.9
1.77-1.83	9	0.19	3822	0.988	0.997	0.064	0.201	0.646	94.3
1.83-1.89	9.8	0.163	4068	0.994	0.998	0.053	0.171	0.674	98.8
1.89-1.97	9.8	0.128	4042	0.995	0.999	0.042	0.134	0.708	98.6
1.97-2.06	9.7	0.1	4057	0.997	0.999	0.033	0.105	0.771	98.6
2.06-2.17	9.5	0.078	4086	0.998	0.999	0.026	0.083	0.82	98.9
2.17-2.3	9.3	0.069	4070	0.998	0.999	0.023	0.073	0.883	98.7
2.3-2.48	8.7	0.059	4111	0.998	1	0.021	0.063	0.94	99.4
2.48-2.73	9.3	0.052	4051	0.999	1	0.017	0.055	1.025	97.2
2.73-3.12	9.8	0.043	4176	0.999	1	0.014	0.046	1.155	99.7
3.12-3.94	9.4	0.035	4225	0.999	1	0.012	0.037	1.39	99.9
3.94-50	8.7	0.034	4406	0.998	1	0.012	0.036	1.213	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HAE

4hae

解像度: 1.45→47.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 1.387 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23637	4152	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2144	-	-	-
obs	0.21558	76362	97.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.483 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.45→47.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2850	0	367	415	3632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.334	1.639	4636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.254	1.794	6956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.979	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.125	22.741	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.747	15	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.261	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.467	1.982	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.461	1.979	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.378	2.954	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.378	2.954	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.607	2.025	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.606	2.026	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.579	2.983	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.623	22.567	3724
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.487	22.09	3640
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.451→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	255	-
R_work	0.308	5264	-
obs	-	-	91.33 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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