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- PDB-8soz: Structure of the complex formed by human interleukin-2 and scFv 602 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8soz
タイトルStructure of the complex formed by human interleukin-2 and scFv 602
要素
  • 602 single chain fragment variable
  • Interleukin-2
キーワードCYTOKINE / Complex / Antibody / Interleukin
機能・相同性
機能・相同性情報


kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / response to tacrolimus / positive regulation of plasma cell differentiation / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling ...kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / response to tacrolimus / positive regulation of plasma cell differentiation / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of tissue remodeling / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / natural killer cell activation / activated T cell proliferation / kinase activator activity / positive regulation of regulatory T cell differentiation / : / negative regulation of B cell apoptotic process / Interleukin-2 signaling / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of protein phosphorylation / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / RAF/MAP kinase cascade / carbohydrate binding / positive regulation of cell growth / response to ethanol / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Gould, J.R. / Leonard, E.K. / Cao, S.D. / Spangler, J.B.
資金援助 米国, 11件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH1810735 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH21P0031 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R21CA249381 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)R01EB029455 米国
National Institutes of Health/National Institute of Biomedical Imaging and Bioengineering (NIH/NIBIB)R01EB029341 米国
V Foundation for Cancer ResearchV2018-005 米国
American Cancer SocietyPF-22-050-01-IBCD 米国
Maryland Stem Cell Research Fund2019-MSCRFD-5039 米国
Emerson CollectiveCancer Research Fund 米国
Willowcroft Foundation 米国
Johns Hopkins UniversityCatalyst award 米国
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2024
タイトル: Engineered cytokine/antibody fusion proteins improve IL-2 delivery to pro-inflammatory cells and promote antitumor activity.
著者: Leonard, E.K. / Tomala, J. / Gould, J.R. / Leff, M.I. / Lin, J.X. / Li, P. / Porter, M.J. / Johansen, E.R. / Thompson, L. / Cao, S.D. / Hou, S. / Henclova, T. / Huliciak, M. / Sargunas, P.R. ...著者: Leonard, E.K. / Tomala, J. / Gould, J.R. / Leff, M.I. / Lin, J.X. / Li, P. / Porter, M.J. / Johansen, E.R. / Thompson, L. / Cao, S.D. / Hou, S. / Henclova, T. / Huliciak, M. / Sargunas, P.R. / Fabilane, C.S. / Vanek, O. / Kovar, M. / Schneider, B. / Raimondi, G. / Leonard, W.J. / Spangler, J.B.
履歴
登録2023年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 602 single chain fragment variable
A: Interleukin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2902
ポリマ－41,2902
非ポリマー00
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.192, 36.419, 64.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 602 single chain fragment variable


分子量: 25425.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF


分子量: 15864.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60568
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 15-30% PEG 3350, 0.1-0.35 ammonium fluoride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月30日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→61 Å / Num. obs: 37048 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 5.97
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 3555 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→32.6 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1839 4.93 %Random selection
Rwork0.219 ---
obs-37047 99.06 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→32.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2615 0 0 155 2770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1483659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.319359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.690.4011780.37013418X-RAY DIFFRACTION96.6
1.69-1.760.33911780.31273559X-RAY DIFFRACTION99.5
1.76-1.840.31711970.27463500X-RAY DIFFRACTION99.6
1.84-1.940.29971890.24593555X-RAY DIFFRACTION99.6
1.94-2.060.26641880.24473505X-RAY DIFFRACTION99.5
2.06-2.220.26151950.22883563X-RAY DIFFRACTION99.1
2.22-2.440.29251740.23243555X-RAY DIFFRACTION99.4
2.44-2.80.30251840.24263558X-RAY DIFFRACTION99.2
2.8-3.520.26251630.21213603X-RAY DIFFRACTION99.2
3.52-32.60.191930.18453656X-RAY DIFFRACTION98.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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