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- PDB-8sms: Crosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase, Fab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sms
タイトルCrosslinked Crystal Structure of Type II Fatty Acid Synthase, FabB, and cerulenin crosslinker-crypto Acyl Carrier Protein, AcpP
要素
  • 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
  • Acyl carrier protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Ketosynthase / FabB / AcpP / acyl carrier protein / cerulenin / crosslinker / crosslink / fatty acid biosynthesis / natural product
機能・相同性
機能・相同性情報


Kdo2-lipid A biosynthetic process / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain ...Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Acyl carrier protein (ACP) / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G7U / Acyl carrier protein / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Atlantibacter hermannii NBRC 105704 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Jiang, Z. / Chen, A. / Chen, J. / Sekhon, A. / Louie, G.V. / Noel, J.P. / La Clair, J.J. / Burkart, M.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Masked cerulenin enables a dual-site selective protein crosslink.
著者: Jiang, Z. / Chen, A. / Chen, J. / Sekhon, A. / Louie, G.V. / Noel, J.P. / La Clair, J.J. / Burkart, M.D.
履歴
登録2023年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
C: Acyl carrier protein
D: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3286
ポリマ－102,2214
非ポリマー1,1072
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10560 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area31520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.030, 100.230, 78.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / Beta-ketoacyl-ACP synthase I / KAS I


分子量: 42596.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fabB, fabC, b2323, JW2320
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0A953, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 8514.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Atlantibacter hermannii NBRC 105704 (バクテリア)
遺伝子: acpP
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: H5V184
#3: 化合物 ChemComp-G7U / N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-{2-[(2R)-2-hydroxy-4-oxododecanamido]ethyl}-beta-alaninamide


分子量: 553.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44N3O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 26% PEG 8000, 0.3M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月18日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→37.25 Å / Num. obs: 63659 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.188 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 384446
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.381 / Num. measured all: 22988 / Num. unique obs: 4228 / CC1/2: 0.65 / Rpim(I) all: 0.64 / Rrim(I) all: 1.527 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→37.25 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 3057 4.8 %
Rwork0.2016 --
obs0.2042 63627 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→37.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7131 0 72 248 7451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1931097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.960.36171190.3162718X-RAY DIFFRACTION96
1.96-1.990.36351470.29882705X-RAY DIFFRACTION99
1.99-2.030.36021230.29062785X-RAY DIFFRACTION99
2.03-2.060.3311590.2782725X-RAY DIFFRACTION99
2.06-2.10.33991630.28652733X-RAY DIFFRACTION99
2.1-2.150.35911460.26662750X-RAY DIFFRACTION99
2.15-2.190.30481500.26072760X-RAY DIFFRACTION99
2.19-2.240.33291490.25442710X-RAY DIFFRACTION98
2.24-2.30.30541420.25442690X-RAY DIFFRACTION97
2.3-2.360.29921190.23582779X-RAY DIFFRACTION99
2.36-2.430.30991370.23512761X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.510.28571540.22472751X-RAY DIFFRACTION99
2.51-2.60.29861150.21282759X-RAY DIFFRACTION99
2.6-2.70.28971510.20962768X-RAY DIFFRACTION98
2.7-2.830.281170.21972710X-RAY DIFFRACTION97
2.83-2.980.27521580.2042771X-RAY DIFFRACTION99
2.98-3.160.23111310.18992773X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.410.24541350.18332764X-RAY DIFFRACTION99
3.41-3.750.24491310.17322767X-RAY DIFFRACTION98
3.75-4.290.18371220.1462820X-RAY DIFFRACTION99
4.29-5.40.15991610.13872725X-RAY DIFFRACTION98
5.4-37.250.18431280.16072846X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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