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- PDB-8sln: Crystal structure of Deinococcus geothermalis PprI complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sln
タイトルCrystal structure of Deinococcus geothermalis PprI complexed with ssDNA
要素
  • DNA (29-MER)
  • Zn dependent hydrolase fused to HTH domain, IrrE ortholog
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA damage response / single-stranded DNA / dimer / protease / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性IrrE, HTH domain / IrrE N-terminal-like domain / IrrE N-terminal-like domain / hydrolase activity / : / DNA / DNA (> 10) / Zn dependent hydrolase fused to HTH domain, IrrE ortholog
機能・相同性情報
生物種Deinococcus geothermalis DSM 11300 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhao, Y. / Lu, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870051 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The Deinococcus protease PprI senses DNA damage by directly interacting with single-stranded DNA.
著者: Lu, H. / Chen, Z. / Xie, T. / Zhong, S. / Suo, S. / Song, S. / Wang, L. / Xu, H. / Tian, B. / Zhao, Y. / Zhou, R. / Hua, Y.
履歴
登録2023年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zn dependent hydrolase fused to HTH domain, IrrE ortholog
D: DNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4603
ポリマ－40,4052
非ポリマー551
水00
1
A: Zn dependent hydrolase fused to HTH domain, IrrE ortholog
D: DNA (29-MER)
ヘテロ分子

A: Zn dependent hydrolase fused to HTH domain, IrrE ortholog
D: DNA (29-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9216
ポリマ－80,8114
非ポリマー1102
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area6830 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area24150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.990, 84.990, 88.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Zn dependent hydrolase fused to HTH domain, IrrE ortholog


分子量: 31556.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus geothermalis DSM 11300 (バクテリア)
遺伝子: Dgeo_0395 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1J1D6
#2: DNA鎖 DNA (29-MER)


分子量: 8848.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.3 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% polyethylene glycol 3350, and 2.5 mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 19166 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rrim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 22.23
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.2-2.260.48413960.9440.5351
2.26-2.320.31613750.9780.3491
2.32-2.390.27313130.9820.3011
2.39-2.460.22312830.9910.2451
2.46-2.540.17112490.9940.1881
2.54-2.630.12412060.9970.1361
2.63-2.730.09311860.9970.1021
2.73-2.840.08411290.9980.0921
2.84-2.970.06410710.9990.071
2.97-3.110.05210390.9990.0571
3.11-3.280.04210050.9990.0461
3.28-3.480.0359200.9990.0381
3.48-3.720.0391010.0331
3.72-4.020.0298130.9990.0321
4.02-4.40.0287650.9990.0311
4.4-4.920.02670810.0281
4.92-5.680.0266120.9990.0291
5.68-6.960.0275270.9990.031
6.96-9.840.0244210.9990.0271
9.84-300.0232380.9990.0261

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XSCALEデータスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→26.54 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 927 4.87 %
Rwork0.2371 --
obs0.2385 19049 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→26.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1825 224 1 0 2050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082106
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.962903
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.162798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.320.40971420.34712519X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.460.34611330.30512532X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.650.34861400.32122540X-RAY DIFFRACTION99
2.65-2.920.34461280.33952577X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.340.29471300.29652600X-RAY DIFFRACTION100
3.34-4.20.26571210.23312631X-RAY DIFFRACTION100
4.2-26.540.21631330.18192723X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.2261 Å / Origin y: -33.8314 Å / Origin z: -8.1595 Å
111213212223313233
T0.3959 Å20.0356 Å2-0.0494 Å2-0.6283 Å2-0.0579 Å2--0.447 Å2
L2.3313 °21.1981 °2-3.0073 °2-1.5954 °2-2.2486 °2--7.2541 °2
S0.1385 Å °-0.4195 Å °0.1891 Å °0.3458 Å °-0.0286 Å °-0.1019 Å °-0.4945 Å °0.443 Å °-0.0853 Å °
精密化 TLSグループSelection details: not water

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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