PDB-8slg: Crystal Structure of Glycine tRNA ligase from Mycobacterium therm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8slg

タイトル

Crystal Structure of Glycine tRNA ligase from Mycobacterium thermoresistibile (glycyl adenylate bound)

要素

Glycine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glycyl-tRNA aminoacylation / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700059C	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Glycine tRNA ligase from Mycobacterium thermoresistibile (glycyl adenylate bound)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Seibold, S.

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8slg.cif.gz	375.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8slg.ent.gz	304.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8slg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8slg_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8slg_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8slg_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	8slg_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/8slg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/8slg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Glycine--tRNA ligase

B: Glycine--tRNA ligase

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.248, 87.108, 99.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycine--tRNA ligase 分子量: 55080.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア) 遺伝子: glyQS / プラスミド: MythA.19107.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CIG9

-
非ポリマー , 5種, 298分子

#2: 化合物	ChemComp-G5A / 5'-O-(glycylsulfamoyl)adenosine / 5′-O-[(グリシルアミノ)スルホニル]アデノシン分子量: 403.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇N₇O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.06 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Index F11: 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350, MythA.19107.a.A1.PW39162 at 17 mg/mL. Plate:13141 well F11 drop 1. Puck: PSL-0705, Cryo: 15% Glycerol + 85% Crystallant. 2mM 5'- ...詳細: Index F11: 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350, MythA.19107.a.A1.PW39162 at 17 mg/mL. Plate:13141 well F11 drop 1. Puck: PSL-0705, Cryo: 15% Glycerol + 85% Crystallant. 2mM 5'-O-(glycylsulfamoyl)adenosine (G5A) added prior to crystallization. PH範囲: '

結晶

マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.06 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Index F11: 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350, MythA.19107.a.A1.PW39162 at 17 mg/mL. Plate:13141 well F11 drop 1. Puck: PSL-0705, Cryo: 15% Glycerol + 85% Crystallant. 2mM 5'- ...
PH範囲: '

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→96.32 Å / Num. obs: 102442 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.076 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 710881
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.072 / Num. measured all: 49368 / Num. unique obs: 7532 / CC_1/2: 0.829 / R_pim(I) all: 0.453 / R_rim(I) all: 1.166 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4932: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→48.16 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2005	5091	4.98 %
R_work	0.1743	-	-
obs	0.1756	102260	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7072	0	76	289	7437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7325
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.942	9952
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.919	2667
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1054
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	1299

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.3434	192	0.2953	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2	0.3076	173	0.2724	3236	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.02	0.3055	157	0.257	3176	X-RAY DIFFRACTION	99
2.02-2.05	0.2555	183	0.2287	3208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.07	0.2257	176	0.2144	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.2267	151	0.2025	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2305	161	0.1974	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.16	0.2256	166	0.1926	3186	X-RAY DIFFRACTION	99
2.16-2.2	0.2242	157	0.1913	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.2239	155	0.186	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.2103	159	0.1845	3241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.201	158	0.1871	3244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.36	0.2088	176	0.1832	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.4	0.2375	159	0.1879	3222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.46	0.2602	179	0.1858	3220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.51	0.2113	190	0.1876	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.58	0.2459	174	0.1764	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.65	0.23	162	0.1819	3304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.72	0.2188	170	0.1809	3203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.81	0.2321	178	0.1839	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.91	0.2008	155	0.1896	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.03	0.2266	174	0.1898	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.17	0.2055	179	0.1934	3254	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.33	0.2295	173	0.1865	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.54	0.2113	176	0.1841	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.82	0.1956	179	0.1687	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.2	0.1519	160	0.1422	3252	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.81	0.1285	174	0.1267	3275	X-RAY DIFFRACTION	100
4.81-6.05	0.1738	178	0.1556	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
6.06-48.16	0.2237	167	0.1798	3349	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5713	-0.2484	1.0332	1.6882	-0.916	2.9906	-0.02	0.097	-0.1853	-0.1049	0.0317	-0.0788	0.2885	0.0162	-0.031	0.341	-0.0504	0.0636	0.2932	-0.0233	0.2897	-20.127	36.9125	13.1093
2	1.2727	-2.1249	0.857	7.2377	-1.9201	3.0023	-0.1663	0.2506	-0.6496	-0.9755	-0.9003	-1.0948	1.7729	0.2162	0.2585	1.375	0.0874	0.1199	0.6362	0.0682	1.288	-26.2874	11.4198	2.548
3	1.8363	-0.1538	0.7027	0.5183	-0.0575	1.7986	0.0244	0.2796	-0.1037	-0.1907	-0.0022	0.0646	0.1215	0.0642	0.0048	0.4217	-0.0691	-0.0074	0.365	-0.0168	0.3205	-23.9202	40.4249	-0.9
4	1.5299	0.1827	1.3617	0.8272	0.7111	4.1366	-0.0515	-0.0721	0.0172	0.111	0.0097	-0.0708	0.2118	0.3004	0.0495	0.3271	-0.05	0.0455	0.4002	0.036	0.3418	-7.6071	43.0066	24.5775
5	1.7573	-0.1157	1.0519	3.4652	-0.7503	4.4491	-0.0895	0.0157	0.183	0.1292	0.0193	-0.08	-0.1591	0.3104	0.0802	0.2885	-0.0447	0.0163	0.4896	0.0004	0.3788	-1.0425	48.8125	32.565
6	1.0093	-0.2623	0.8569	2.0664	-0.6969	2.9218	-0.097	-0.0438	0.0756	-0.1107	0.0002	0.1761	-0.0886	-0.2953	0.0664	0.2504	-0.0273	0.0123	0.3717	-0.0046	0.3247	-33.2559	50.7002	16.8254
7	9.1733	-1.9769	2.9115	1.7155	-0.0097	5.8437	-0.322	-0.8273	0.31	0.015	-0.1069	0.3157	-0.5224	-1.3611	0.4243	0.5732	-0.101	-0.0221	0.7612	-0.0661	0.5764	-55.5028	34.4791	20.7437
8	0.7019	0.0266	0.2478	1.2388	-0.3665	1.7078	-0.0162	-0.2274	-0.049	0.0583	0.0538	0.2128	0.0828	-0.4359	-0.0493	0.3137	-0.0497	0.0288	0.5176	0.0095	0.359	-35.3024	42.7014	31.192
9	1.7885	0.1131	0.2803	1.8727	0.0976	2.3432	-0.2455	0.2426	0.3417	-0.0616	0.1372	-0.243	-0.3942	0.0349	0.1873	0.5416	-0.0122	-0.119	0.3632	0.0144	0.5629	-21.9808	72.9232	11.0647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -19 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 137 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 138 through 318 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 319 through 392 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 393 through 461 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 70 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 71 through 147 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 148 through 345 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 346 through 461 )

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