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- PDB-8slf: Crystal Structure of Glycine tRNA ligase from Mycobacterium therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8slf
タイトルCrystal Structure of Glycine tRNA ligase from Mycobacterium thermoresistibile (AMP bound)
要素Glycine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycyl-tRNA aminoacylation / glycine-tRNA ligase / glycine-tRNA ligase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycine-tRNA ligase, bacterial / Glycyl-tRNA synthetase / Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II ...Glycine-tRNA ligase, bacterial / Glycyl-tRNA synthetase / Glycyl-tRNA synthetase-like core domain / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Glycine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Glycine tRNA ligase from Mycobacterium thermoresistibile (AMP bound)
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Seibold, S.
履歴
登録2023年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine--tRNA ligase
B: Glycine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9707
ポリマ－110,1612
非ポリマー8085
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area31980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.757, 86.297, 98.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glycine--tRNA ligase


分子量: 55080.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
遺伝子: glyQS / プラスミド: MythA.19107.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CIG9
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: JCSG+ H8: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, MythA.19107.a.A1.PW39162 at 17 mg/mL. Plate:Clover 1/12/2023 AMP, A4. Puck: PSL-1512, Cryo: 25% PEG200 + 85% crystallant. 2mM ...詳細: JCSG+ H8: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, MythA.19107.a.A1.PW39162 at 17 mg/mL. Plate:Clover 1/12/2023 AMP, A4. Puck: PSL-1512, Cryo: 25% PEG200 + 85% crystallant. 2mM AMP added prior to crystallization

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.98 Å / Num. obs: 31541 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.49 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 111242
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Num. measured all: 16846 / Num. unique obs: 4598 / CC1/2: 0.912 / Rpim(I) all: 0.305 / Rrim(I) all: 0.589 / Χ2: 0.46 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_4932: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→42.6 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.22 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2239 1562 4.96 %
Rwork0.1834 --
obs0.1854 31468 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6662 0 49 0 6711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7449361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0572526
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451000
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081220
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.990.31351330.28542723X-RAY DIFFRACTION99
2.99-3.10.36981500.28922679X-RAY DIFFRACTION99
3.1-3.220.35251560.26862713X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.370.26451310.2312692X-RAY DIFFRACTION99
3.37-3.550.2681200.21552734X-RAY DIFFRACTION99
3.55-3.770.25051490.21492700X-RAY DIFFRACTION100
3.77-4.060.2241380.16162717X-RAY DIFFRACTION100
4.06-4.470.16281630.13962699X-RAY DIFFRACTION99
4.47-5.120.1821240.13872765X-RAY DIFFRACTION100
5.12-6.440.23391380.18282756X-RAY DIFFRACTION100
6.44-42.60.18961600.16972728X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5853-0.49290.70910.7707-0.83074.1678-0.0856-0.0649-0.4362-0.02690.17230.1880.5332-0.3946-0.09950.6053-0.11570.08420.49530.01040.4923-19.2937.137716.4101
23.83-0.62191.55421.9686-1.0973.82920.12160.4027-0.5324-0.48080.09670.32160.5092-0.0155-0.19660.774-0.1112-0.01590.6968-0.11610.6356-31.794237.47373.2817
35.2619-3.84922.86865.3604-3.08166.85990.36871.1297-0.4342-0.8203-0.22060.30550.66890.736-0.05610.654-0.09910.0890.7974-0.01160.522-11.123638.7105-2.1778
42.1210.07441.92840.94730.10924.2828-0.17950.0590.1612-0.0609-0.0086-0.03080.06830.24320.22140.4779-0.09020.12490.50630.02910.5612-10.145145.846519.8738
50.2926-0.63671.08753.0747-1.40264.74820.0916-0.0946-0.1877-0.2348-0.07720.43510.2722-0.3430.00370.4754-0.08320.08060.69710.06090.6694-33.921449.570516.8126
65.3580.1191.55710.02-0.1472.61180.3192-1.1172-0.43210.1191-0.18430.22970.079-0.5435-0.15761.0707-0.26730.05441.15250.05360.9935-49.781529.95419.4037
71.3389-0.86520.75732.6275-0.62782.8547-0.0788-0.3711-0.20070.2120.17240.45480.1922-0.9491-0.15870.5217-0.15520.14120.91240.07770.6591-35.005243.098432.37
81.2281-0.32610.612.1345-1.63562.9567-0.0422-0.5009-0.26890.01960.44980.63220.4488-1.0528-0.41040.5603-0.1010.08090.95050.05330.6908-36.134243.533533.1066
92.79950.9761-0.23413.16470.26124.0541-0.27860.07010.6197-0.19070.0785-0.2994-0.5592-0.13830.1240.6566-0.0202-0.07440.40410.06480.7849-23.239772.031111.0548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 220 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 221 through 279 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 280 through 461 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 70 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 71 through 164 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 165 through 264 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 265 through 345 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 346 through 461 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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