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- PDB-8skw: MicroED structure of d(CGCGCG)2 Z-DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8skw
タイトルMicroED structure of d(CGCGCG)2 Z-DNA
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Z-DNA
機能・相同性SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Haymaker, A. / Bardin, A.A. / Martynowycz, M.W. / Nannenga, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM136508 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure determination of a DNA crystal by MicroED.
著者: Alison Haymaker / Andrey A Bardin / Tamir Gonen / Michael W Martynowycz / Brent L Nannenga /
要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) is a powerful tool for determining high-resolution structures of microcrystals from a diverse array of biomolecular, chemical, and material samples. In ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) is a powerful tool for determining high-resolution structures of microcrystals from a diverse array of biomolecular, chemical, and material samples. In this study, we apply MicroED to DNA crystals, which have not been previously analyzed using this technique. We utilized the d(CGCGCG) DNA duplex as a model sample and employed cryo-FIB milling to create thin lamella for diffraction data collection. The MicroED data collection and subsequent processing resulted in a 1.10 Å resolution structure of the d(CGCGCG) DNA, demonstrating the successful application of cryo-FIB milling and MicroED to the investigation of nucleic acid crystals.
履歴
登録2023年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8233
ポリマ－3,6202
非ポリマー2021
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area900 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area2570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)18.280, 32.000, 41.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Z-DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm
撮影電子線照射量: 0.003 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
EM回折 シェル解像度: 1.1→1.16 Å / フーリエ空間範囲: 97.9 % / 多重度: 9 / 構造因子数: 2564 / 位相残差: 24.07 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 98.9 % / 再高解像度: 1.1 Å / 測定した強度の数: 95258 / 構造因子数: 10374 / 位相誤差の除外基準: 20 / Rmerge: 25.8
反射Biso Wilson estimate: 9.68 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 18.28 Å / B: 32 Å / C: 41.67 Å / 空間群名: P212121 / 空間群番号: 19
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 1.1 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化解像度: 1.1→25.38 Å / SU ML: 0.1283 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.38
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 968 5.11 %
Rwork0.2098 17976 -
obs0.2105 18944 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 10.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→25.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 14 33 287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0198321
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d1.7587486
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.067953
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.017614
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d30.2547145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.160.30031370.27422564ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY97.86
1.16-1.230.26681360.24692580ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98.66
1.23-1.330.29321350.24912556ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98.97
1.33-1.460.25241410.24512575ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.23
1.46-1.670.21631420.21472572ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98.51
1.67-2.10.19721370.18382555ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98.93
2.1-25.380.20621400.19292574ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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