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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8skt | ||||||
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タイトル | Structure of ternary complex of mouse cGAS with dsDNA and bound ATP with 5 mM Mn2+ | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / IMMUNE SYSTEM / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of immune response / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, S. / Sohn, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural basis for 2'-5'/3'-5'-cGAMP synthesis by cGAS. 著者: Wu, S. / Gabelli, S.B. / Sohn, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 453.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 305.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8eaeC ![]() 8g10C ![]() 8g1jC ![]() 8g23C ![]() 8gimC ![]() 8ginC ![]() 8gioC ![]() 8gipC ![]() 8girC ![]() 8gisC ![]() 8gitC ![]() 8shkC ![]() 8shuC ![]() 8shyC ![]() 8shzC ![]() 8si0C ![]() 8sj0C ![]() 8sj1C ![]() 8sj2C ![]() 8sj8C ![]() 4lezS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 6分子 ACEFIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 42640.254 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 147-507) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 詳細 (発現宿主): His*6-MBP-Tev-AgeI-mcGAS CAT, Kanamycin resistance 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 5514.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: custom synthesized by IDT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 33分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 32% MPD, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5 PH範囲: 6.0-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月30日 |
放射 | モノクロメーター: horizontal bounce Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.8914 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→29.58 Å / Num. obs: 58811 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 54.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.82 Å / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Num. measured all: 25955 / Num. unique obs: 4001 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.289 / Rrim(I) all: 0.747 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I) obs: 2.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4LEZ 解像度: 2.69→29.58 Å / SU ML: 0.3271 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.094 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→29.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -18.7762303418 Å / Origin y: -9.63462094297 Å / Origin z: 20.6768283631 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |