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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8skb | ||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of GDP-mannose 3,5 epimerase de Myrciaria dubia in complex with NAD | ||||||||||||
要素 | GDP-mannose 3,5 epimerase | ||||||||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / GDP-mannose 3 / 5 epimerase / Enzyme | ||||||||||||
機能・相同性 | NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Myrciaria dubia (植物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Santillan, J.A.V. / Cabrejos, D.A.L. / Pereira, H.M. / Gomez, J.C.C. / Garratt, R.C. | ||||||||||||
資金援助 | Peru, ブラジル, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Exp.Bot. / 年: 2024 タイトル: Structural insights into the Smirnoff-Wheeler pathway for vitamin C production in the Amazon fruit camu-camu. 著者: Vargas, J.A. / Sculaccio, S.A. / Pinto, A.P.A. / Pereira, H.D. / Mendes, L.F.S. / Flores, J.F. / Cobos, M. / Castro, J.C. / Garratt, R.C. / Leonardo, D.A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8skb.cif.gz | 527.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8skb.ent.gz | 434.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8skb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8skb_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8skb_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8skb_validation.xml.gz | 50.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8skb_validation.cif.gz | 68.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/8skb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/8skb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46500.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myrciaria dubia (植物) / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: GDP-mannose 3,5-epimerase #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris pH8.5, 30% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97718 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.58→107.2 Å / Num. obs: 47036 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.276 / Rpim(I) all: 0.121 / Rrim(I) all: 0.302 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 294769 |
反射 シェル | 解像度: 2.58→2.67 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.343 / Num. measured all: 27532 / Num. unique obs: 4579 / CC1/2: 0.524 / Rpim(I) all: 0.6 / Rrim(I) all: 1.476 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→107.2 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.58→107.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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