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- PDB-8sk5: Crystal structure of the SARS-CoV-2 neutralizing VHH 7A9 bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sk5
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-2 neutralizing VHH 7A9 bound to the spike receptor binding domain
要素
  • Spike protein S1
  • anti-SARS-CoV-2 receptor binding domain VHH
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / VHH / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.011 Å
データ登録者Noland, C.L. / Pande, K. / Zhang, L. / Zhou, H. / Galli, J. / Eddins, M. / Gomez-Llorente, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Discovery and multimerization of cross-reactive single-domain antibodies against SARS-like viruses to enhance potency and address emerging SARS-CoV-2 variants.
著者: Hollingsworth, S.A. / Noland, C.L. / Vroom, K. / Saha, A. / Sam, M. / Gao, Q. / Zhou, H. / Grandy, D.U. / Singh, S. / Wen, Z. / Warren, C. / Ma, X.S. / Malashock, D. / Galli, J. / Go, G. / ...著者: Hollingsworth, S.A. / Noland, C.L. / Vroom, K. / Saha, A. / Sam, M. / Gao, Q. / Zhou, H. / Grandy, D.U. / Singh, S. / Wen, Z. / Warren, C. / Ma, X.S. / Malashock, D. / Galli, J. / Go, G. / Eddins, M. / Mayhood, T. / Sathiyamoorthy, K. / Fridman, A. / Raoufi, F. / Gomez-Llorente, Y. / Patridge, A. / Tang, Y. / Chen, S.J. / Bailly, M. / Ji, C. / Kingsley, L.J. / Cheng, A.C. / Geierstanger, B.H. / Gorman, D.M. / Zhang, L. / Pande, K.
履歴
登録2023年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: anti-SARS-CoV-2 receptor binding domain VHH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8913
ポリマ－44,3202
非ポリマー5711
水2,828157
1
A: Spike protein S1
ヘテロ分子

B: anti-SARS-CoV-2 receptor binding domain VHH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8913
ポリマ－44,3202
非ポリマー5711
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z+1/31
Buried area1830 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.903, 93.903, 121.386
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 26095.348 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: タンパク質 anti-SARS-CoV-2 receptor binding domain VHH


分子量: 18224.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.011→81.322 Å / Num. obs: 29582 / % possible obs: 70.9 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 42.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 294120
反射 シェル解像度: 2.011→2.216 Å / % possible obs: 14.2 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.999 / Num. measured all: 10152 / Num. unique obs: 1476 / Rpim(I) all: 0.405 / Rrim(I) all: 1.08 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.011→36.23 Å / SU ML: 0.2173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1462
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 1470 4.97 %
Rwork0.1832 28102 -
obs0.1845 29572 70.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.011→36.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2519 0 38 157 2714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00242640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56483591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0427388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0638390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.011-2.080.4946120.3322139X-RAY DIFFRACTION4.05
2.08-2.150.2527250.2862504X-RAY DIFFRACTION14.17
2.15-2.240.3475490.27021035X-RAY DIFFRACTION28.75
2.24-2.340.24940.26641726X-RAY DIFFRACTION48.9
2.34-2.460.29811630.2782861X-RAY DIFFRACTION80.45
2.46-2.620.28311930.24983564X-RAY DIFFRACTION99.97
2.62-2.820.25711960.22833577X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.10.2281740.22053616X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.550.21311960.18063611X-RAY DIFFRACTION100
3.55-4.470.18921660.14793681X-RAY DIFFRACTION99.97
4.47-36.230.16642020.15183788X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3163376519540.8254102616460.3417355472440.711740028960.3309448462780.5762865364350.1744509072470.61551585280.278992369002-0.403308598881-0.209090421134-0.576306926047-0.01036556856630.6340940170110.0001527206902640.3982862980120.0217837966350.004066751381280.6223837226620.1113280602580.491265745186.72328145626-35.16156597142.59043365965
20.366422713878-0.6735351793590.251811652870.154269216358-0.1713675096990.4423218953760.02483360047930.1219214866330.179001545193-0.4460203905670.0207117412691-0.955242399938-0.3802681524410.758606494587-7.01240551705E-80.506377138269-0.08155567645-0.02396485718290.9108540225690.10773781340.65360650171118.0968635999-33.90748106198.12968586139
31.771719992631.548760740480.5555825730970.836599168767-0.9454200438192.43243119293-0.0106513117878-0.03684581149290.2941773325820.223947788356-0.139836780474-0.409712598945-0.2013128341180.678172509864-3.23049868448E-80.367280555139-0.0525564581575-0.1063255737760.6203449463780.05248740010570.3992803190219.56644781858-32.774122188714.4426601186
43.70680559827-0.2270652775291.420743668352.475859353350.4437110533762.09047697746-0.2076229320860.212401069230.5360163446790.0617063427699-0.0146538222798-0.143716931608-0.3453684282310.1314515776583.27774143988E-80.361937873401-0.032317554795-0.06447773175210.3599248209780.05026394527230.38555934881-2.99919098748-27.7628444711.0620183806
50.940598342942-0.1733977799260.4606635000940.506358706621-1.089372193050.4234777804310.0425166859864-0.07284391361440.3627327853360.188938880959-0.0657094948633-0.0589762530969-0.4306734142060.06132880533156.29133207359E-80.4952900648370.0375412819366-0.07512085983560.478697459574-0.04261475595020.43704165504-22.6898651318-23.37607082098.1625560992
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80.200455298864-0.0513793056065-1.215841930441.97936645101-0.4594727648461.578537793570.0908413932127-0.33404419282-0.741878401330.275134289728-0.0194490927451-0.07798192825610.561163966582-0.0538152983274-1.46250003377E-60.5219759639320.01936085366980.05381275116880.377390953746-0.1606930463780.553348400184-14.4777568148-58.7368767327-3.89122747732
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 333 through 358 )AA333 - 3581 - 26
22chain 'A' and (resid 359 through 375 )AA359 - 37527 - 43
33chain 'A' and (resid 376 through 409 )AA376 - 40944 - 77
44chain 'A' and (resid 410 through 469 )AA410 - 46978 - 137
55chain 'A' and (resid 470 through 494 )AA470 - 494138 - 162
66chain 'A' and (resid 495 through 506 )AA495 - 506163 - 174
77chain 'A' and (resid 507 through 527 )AA507 - 527175 - 195
88chain 'B' and (resid 1 through 17 )BE1 - 171 - 17
99chain 'B' and (resid 18 through 39 )BE18 - 3918 - 39
1010chain 'B' and (resid 40 through 51 )BE40 - 5140 - 51
1111chain 'B' and (resid 52 through 62 )BE52 - 6252 - 62
1212chain 'B' and (resid 63 through 78 )BE63 - 7863 - 78
1313chain 'B' and (resid 79 through 88 )BE79 - 8879 - 88
1414chain 'B' and (resid 89 through 114 )BE89 - 11489 - 114
1515chain 'B' and (resid 115 through 135 )BE115 - 135115 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る