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Yorodumi- PDB-8sk5: Crystal structure of the SARS-CoV-2 neutralizing VHH 7A9 bound to... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sk5 | ||||||
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Title | Crystal structure of the SARS-CoV-2 neutralizing VHH 7A9 bound to the spike receptor binding domain | ||||||
Components |
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Keywords | ANTIVIRAL PROTEIN / VHH / Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Lama glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.011 Å | ||||||
Authors | Noland, C.L. / Pande, K. / Zhang, L. / Zhou, H. / Galli, J. / Eddins, M. / Gomez-Llorente, Y. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2023 Title: Discovery and multimerization of cross-reactive single-domain antibodies against SARS-like viruses to enhance potency and address emerging SARS-CoV-2 variants. Authors: Hollingsworth, S.A. / Noland, C.L. / Vroom, K. / Saha, A. / Sam, M. / Gao, Q. / Zhou, H. / Grandy, D.U. / Singh, S. / Wen, Z. / Warren, C. / Ma, X.S. / Malashock, D. / Galli, J. / Go, G. / ...Authors: Hollingsworth, S.A. / Noland, C.L. / Vroom, K. / Saha, A. / Sam, M. / Gao, Q. / Zhou, H. / Grandy, D.U. / Singh, S. / Wen, Z. / Warren, C. / Ma, X.S. / Malashock, D. / Galli, J. / Go, G. / Eddins, M. / Mayhood, T. / Sathiyamoorthy, K. / Fridman, A. / Raoufi, F. / Gomez-Llorente, Y. / Patridge, A. / Tang, Y. / Chen, S.J. / Bailly, M. / Ji, C. / Kingsley, L.J. / Cheng, A.C. / Geierstanger, B.H. / Gorman, D.M. / Zhang, L. / Pande, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8sk5.cif.gz | 180.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8sk5.ent.gz | 116.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8sk5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8sk5_validation.pdf.gz | 803.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8sk5_full_validation.pdf.gz | 805.6 KB | Display | |
Data in XML | 8sk5_validation.xml.gz | 15.4 KB | Display | |
Data in CIF | 8sk5_validation.cif.gz | 21.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/8sk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/8sk5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26095.348 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: receptor binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 |
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#2: Protein | Mass: 18224.773 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.49 Å3/Da / Density % sol: 64.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 / Details: 0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 18% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 24, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.011→81.322 Å / Num. obs: 29582 / % possible obs: 70.9 % / Redundancy: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 42.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 294120 |
Reflection shell | Resolution: 2.011→2.216 Å / % possible obs: 14.2 % / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.999 / Num. measured all: 10152 / Num. unique obs: 1476 / Rpim(I) all: 0.405 / Rrim(I) all: 1.08 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.011→36.23 Å / SU ML: 0.2173 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.1462 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.011→36.23 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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