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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sjv | |||||||||||||||||||||
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タイトル | [4T24] Self-assembling left-handed tensegrity triangle with 24 interjunction base pairs and R3 symmetry | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA / Tensegrity triangle / DNA nanotechnology / nanomaterials | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 8.59 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Janowski, J. / Vecchioni, S. / Sha, R. / Ohayon, Y.P. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, フランス, 6件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024 タイトル: Engineering tertiary chirality in helical biopolymers. 著者: Janowski, J. / Pham, V.A.B. / Vecchioni, S. / Woloszyn, K. / Lu, B. / Zou, Y. / Erkalo, B. / Perren, L. / Rueb, J. / Madnick, J. / Mao, C. / Saito, M. / Ohayon, Y.P. / Jonoska, N. / Sha, R. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sjv.cif.gz | 117.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sjv.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8sjv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sjv_validation.pdf.gz | 371.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8sjv_full_validation.pdf.gz | 375.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8sjv_validation.xml.gz | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sjv_validation.cif.gz | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/8sjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/8sjv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sjmC 8sjnC 8sjoC 8sjpC 8sjqC 8sjrC 8sjsC 8sjtC 8sjuC 8sjwC 8sl5C 8sz5C 5w6wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6465.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 5264.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 6095.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 7326.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 17.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 92.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 100 mM MOPS, 1.25 M magnesium sulfate / Temp details: 338K-293K at 0.4K/hr |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月13日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 8.265→80.47 Å / Num. obs: 1125 / % possible obs: 79.8 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 592.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.5 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5W6W 解像度: 8.59→32.75 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 38.8327 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 1112.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 8.59→32.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 8.59→32.75 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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