[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8sjm: [3T12] Self-assembling left-handed tensegrity triangle with 12 in... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sjm | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | [3T12] Self-assembling left-handed tensegrity triangle with 12 interjunction base pairs and R3 symmetry | |||||||||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||||||||
![]() | DNA / Tensegrity triangle / DNA nanotechnology / nanomaterials | |||||||||||||||||||||
Function / homology | DNA / DNA (> 10)![]() | |||||||||||||||||||||
Biological species | synthetic construct (others) | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Janowski, J. / Vecchioni, S. / Sha, R. / Ohayon, Y.P. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
| |||||||||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Engineering tertiary chirality in helical biopolymers. Authors: Janowski, J. / Pham, V.A.B. / Vecchioni, S. / Woloszyn, K. / Lu, B. / Zou, Y. / Erkalo, B. / Perren, L. / Rueb, J. / Madnick, J. / Mao, C. / Saito, M. / Ohayon, Y.P. / Jonoska, N. / Sha, R. | |||||||||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 93.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 62.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8sjnC ![]() 8sjoC ![]() 8sjpC ![]() 8sjqC ![]() 8sjrC ![]() 8sjsC ![]() 8sjtC ![]() 8sjuC ![]() 8sjvC ![]() 8sjwC ![]() 8sl5C ![]() 8sz5C ![]() 5w6wS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: DNA chain | Mass: 5141.352 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|---|
#2: DNA chain | Mass: 4345.829 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 5852.770 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: DNA chain | Mass: 3638.379 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 14.58 Å3/Da / Density % sol: 91.57 % / Description: Rhombohedral |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 / Details: 100 mM MOPS, 1.25 M magnesium sulfate / Temp details: 338K-293K at 0.4K/hr |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jun 12, 2022 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00743 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 8.08→86.216 Å / Num. obs: 858 / % possible obs: 82.7 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 441.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 5.7 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 5W6W Resolution: 8.08→46.86 Å / SU ML: 0.5391 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / Phase error: 19.3246 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 580.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 8.08→46.86 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 8.08→46.86 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|