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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sjd | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Hermes transposase bound to two right-ends of its DNA transposon. | ||||||
要素 |
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キーワード | RECOMBINATION/DNA / transposase / transpososome / BED domain / protein-DNA complex / RECOMBINATION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleic acid metabolic process / protein dimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Musca domestica (イエバエ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lannes, L. / Dyda, F. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Zinc-finger BED domains drive the formation of the active Hermes transpososome by asymmetric DNA binding. 著者: Laurie Lannes / Christopher M Furman / Alison B Hickman / Fred Dyda / 要旨: The Hermes DNA transposon is a member of the eukaryotic hAT superfamily, and its transposase forms a ring-shaped tetramer of dimers. Our investigation, combining biochemical, crystallography and cryo- ...The Hermes DNA transposon is a member of the eukaryotic hAT superfamily, and its transposase forms a ring-shaped tetramer of dimers. Our investigation, combining biochemical, crystallography and cryo-electron microscopy, and in-cell assays, shows that the full-length Hermes octamer extensively interacts with its transposon left-end through multiple BED domains of three Hermes protomers contributed by three dimers explaining the role of the unusual higher-order assembly. By contrast, the right-end is bound to no BED domains at all. Thus, this work supports a model in which Hermes multimerizes to gather enough BED domains to find its left-end among the abundant genomic DNA, facilitating the subsequent interaction with the right-end. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sjd.cif.gz | 446.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sjd.ent.gz | 357.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sjd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sjd_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8sjd_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8sjd_validation.xml.gz | 73 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sjd_validation.cif.gz | 108.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/8sjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/8sjd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70210.570 Da / 分子数: 4 / 変異: Q2E,K128G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Musca domestica (イエバエ) / プラスミド: pBAD/Myc-His / 詳細 (発現宿主): no fusion tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: Q25438 #2: DNA鎖 | 分子量: 16909.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ) #3: DNA鎖 | 分子量: 14197.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ) #4: DNA鎖 | 分子量: 2162.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Musca domestica (イエバエ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Two right-end Hermes transpososome / タイプ: COMPLEX 詳細: Hermes transposase tetramer of dimers complex bound to two transposon right-end DNAs. The complex was obtained by mixing the purified protein and the DNA. Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.627 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Musca domestica (イエバエ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Top10 / プラスミド: pBAD/Myc-His | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The complex was formed in vitro by mixing the purified protein with the DNA and further purified by size exclusion chromatography. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1.66 sec. / 電子線照射量: 48.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9500 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2920000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53656 詳細: The 3D reconstruction is not representative of the complex in solution. The Hermes tranposase forms a tetramer of dimers assembled in a ring like shape. Only the Hermes dimers interacting ...詳細: The 3D reconstruction is not representative of the complex in solution. The Hermes tranposase forms a tetramer of dimers assembled in a ring like shape. Only the Hermes dimers interacting with the DNAs have been partially reconstructed. Their BED domains did not show any density. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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