[日本語] English
万見
- PDB-8sj9: Crystal structure of the H1 hemagglutinin COBRA X6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sj9
タイトルCrystal structure of the H1 hemagglutinin COBRA X6
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / hemagglutinin / receptor binding / virus entry / fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Dzimianski, J.V. / DuBois, R.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00052 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the broad antigenicity of the computationally optimized influenza hemagglutinin X6.
著者: Kaito A Nagashima / John V Dzimianski / Meng Yang / Jan Abendroth / Giuseppe A Sautto / Ted M Ross / Rebecca M DuBois / Thomas E Edwards / Jarrod J Mousa /
要旨: Influenza causes significant morbidity and mortality. As an alternative approach to current seasonal vaccines, the computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) platform has been ...Influenza causes significant morbidity and mortality. As an alternative approach to current seasonal vaccines, the computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) platform has been previously applied to hemagglutinin (HA). This approach integrates wild-type HA sequences into a single immunogen to expand the breadth of accessible antibody epitopes. Adding to previous studies of H1, H3, and H5 COBRA HAs, we define the structural features of another H1 subtype COBRA, X6, that incorporates HA sequences from before and after the 2009 H1N1 influenza pandemic. We determined structures of this antigen alone and in complex with COBRA-specific as well as broadly reactive and functional antibodies, analyzing its antigenicity. We found that X6 possesses features representing both historic and recent H1 HA strains, enabling binding to both head- and stem-reactive antibodies. Overall, these data confirm the integrity of broadly reactive antibody epitopes of X6 and contribute to design efforts for a next-generation vaccine.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_related_exp_data_set
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_last
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,73021
ポリマ－172,6933
非ポリマー5,03718
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18230 Å2
ΔGint34 kcal/mol
Surface area61300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.504, 218.725, 68.572
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 57564.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Computationally designed
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0G2RXV5

-
糖 , 3種, 15分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.4, 22% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 29281 / % possible obs: 98.12 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 107.08 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.25→3.45 Å / Rmerge(I) obs: 1.268 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2921 / CC1/2: 0.312 / % possible all: 98.35

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→44.43 Å / SU ML: 0.5533 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.568
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2763 1399 4.78 %
Rwork0.2212 27873 -
obs0.2239 29272 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 123.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→44.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11507 0 327 0 11834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001912121
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.452316434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05291819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00382114
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.17921726
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.370.42171240.33752793X-RAY DIFFRACTION98.35
3.37-3.50.351290.32062760X-RAY DIFFRACTION98.1
3.5-3.660.36191540.29752779X-RAY DIFFRACTION97.9
3.66-3.850.36421700.26912785X-RAY DIFFRACTION98.66
3.85-4.090.29691530.23522767X-RAY DIFFRACTION98.28
4.09-4.410.2911180.2122807X-RAY DIFFRACTION98.39
4.41-4.850.22611510.17832784X-RAY DIFFRACTION98.23
4.85-5.550.23431390.18912785X-RAY DIFFRACTION97.99
5.56-6.990.3011260.22742817X-RAY DIFFRACTION98.43
7-44.430.22331350.19472796X-RAY DIFFRACTION97.28
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.1998792382231.065188856471.22292500479.390504129977.269412945376.10956963516-0.1799603835590.4168896874460.120161031206-0.8564313299750.411668576902-0.882970216057-0.9434277879850.176188547743-0.2034664648920.876031767601-0.2378272474940.04302813340640.998871151041-0.08817694899640.911842477419-4.64048170748-31.5565293707-31.9616873954
27.595324959644.782870649514.543072408074.529795417063.853313886993.84484257032-0.8090238376581.77259863843-0.731798310811-1.6400298291.108212452-0.625377268249-1.347814444510.804234693764-0.3929553905131.10254642608-0.4172452202140.2729834335551.38279011904-0.2332645201321.00732221689-10.5979439013-58.9689591105-48.3477929639
35.634772529522.03623478833-0.1438040052736.43166832605-0.9869310131426.40659425-0.0699518038950.483752606879-0.544079459085-0.617614394350.0981249064622-0.2849836909210.321923644066-0.422565802824-0.08730411330840.61192747163-0.1614553469560.2300216919681.00453238477-0.2529923267620.768081965492-14.1377845439-77.2782264453-47.9044954768
48.71719924735-0.09245942486582.820883526765.281328671192.711742539826.47867049334-0.5566589546861.815723475130.100991222302-0.3010358578450.0140227005997-0.32875906342-0.837505734767-0.3094432395280.3115932536260.687030625225-0.2789692492840.3029144860341.33288068743-0.2343357857320.461749094004-19.8676812914-75.5164066518-46.1121851624
54.47358655063-3.21724167479-2.84017638228.155581673210.9340729283821.56775594021-0.218810701128-0.287595001771.0390920810.1843588833690.576488614082-0.773471062054-0.4649926577530.570385182423-0.4152335645420.616360101882-0.238248915002-0.1604253135541.21722562618-0.2038912130250.963084592768-4.06781147039-51.8066126376-40.0203035068
65.69584871960.3378388314352.555202449524.16032159733.652941578066.33780379745-0.122938792598-0.04524985580070.571271301517-0.685938470080.560315431846-0.623228577037-1.127791190420.382557719528-0.313430009920.8839321521-0.1548773470730.1189768449840.6606937201080.03221320956940.708735864307-4.42526775324-21.9598001841-21.4799387405
76.75855826616.646709273463.004457905139.23595689122.312093212345.757473387190.4712478633390.528906621970.542976518121.836586627440.0182174332974-1.41771167831-0.162755379428-0.390021253147-0.4599056626990.621229389280.02290256489640.1374964082510.729550775514-0.03003081448480.91769798926.66537134102-19.3968571756-15.7636911733
82.67485121423.192863790870.4879734582397.076624764131.343049234570.8578169719410.357630311426-0.008668201725960.6774352678491.26584581683-0.2178574411560.051866293991-0.1832584385920.0347332434133-0.205251073491.07052153623-0.121449527471-0.162979889630.6783521066870.02311025665170.883293242089-1.70348234313-18.9006146225-11.7710602796
91.63758038528-1.16676656795-0.7011886177091.048026812711.137897669890.0459635280090.260297515842-0.11223240885-0.3418392840690.0918424371883-0.115971001676-0.113702557778-0.813209708113-0.7794543233860.1630957142191.279092147410.0392220614272-0.3506506657050.815826334305-0.06009057520261.13022686469-35.3938514903-33.3269443618-9.17569723168
100.581243290487-0.253688096661-1.471282637981.05480226303-1.559909304878.51397395205-0.5017752545121.40675481001-1.41838068679-1.61348014989-1.269615528033.240432830911.13185515621-1.044701871941.181829204951.661564790170.30161668631-0.8827337544431.5504792247-0.7320905180352.26023946467-49.7624482635-49.5524729-29.1932657836
111.159663995470.3102014617730.3251534928525.504968698990.604624138355.87572814175-0.06015291705350.546299964345-0.292910014743-0.2967442323090.08128262929110.0752795191356-0.0204256488758-0.234190722353-0.01275364654490.457033754844-0.0992759245337-0.08773264840981.06193561278-0.06982240435050.846917142645-46.1703848269-69.0645812509-36.7542161377
128.896216956284.9450005848-4.53624664236.84165283051-1.552092479892.36678008227-0.8209874697980.0761984490207-0.287928273726-0.428902599602-0.5472387957380.00426162531449-0.53619266732-1.23166239731.220671998981.1911707324-0.0134930350169-0.2595647818830.693318987829-0.2391226164141.04118439833-42.3019688833-41.9926652119-19.0666738135
133.661855111593.479514466263.034989978375.211371567255.492607119997.72114564544-0.8496338005810.07148720629270.65087276233-0.5048710280930.2316340360210.965770215733-0.7482159557480.3096160754530.7168022171470.6871131217290.1181001409490.03383514922260.857532666007-0.08507883037360.797068541155-25.146615099-27.9785194546-4.11485781232
140.7212073225933.192704950332.598850033189.108254956267.071065572894.41228428692-0.142162131657-0.4518317689520.816758179131-2.41537986640.569129222287-0.0650660640609-2.31662581938-0.0201897330563-0.5518048666881.553829188390.115787857741-0.04742670994970.817690178193-0.231553768431.58346748391-23.4610263251-6.67274121805-3.07302877478
152.3003075172.056059752523.11309419963.617606474294.082745580114.988060053360.08400307282010.3265008232491.346632625150.406371748223-1.754247580911.55430035741-0.559611252575-1.488499323551.246671620130.7343633189370.329026317871-0.03174219315831.6934521416-0.03832810659621.42408388862-28.2238204449-52.1438176033-20.6493779343
160.888218919442-0.8007169629660.7205942825143.270364945641.954959874553.40851501476-0.654479408633-0.100005813270.6008906400670.1878622300280.826822192017-0.909883766349-1.095297597340.228859052811-0.08242031579041.549890705350.0954329373931-0.2268731533570.843324026155-0.3799802110231.33720156756-14.6453221897-10.4738862998-0.894513615972
171.807136307883.273115453951.350509418949.233792053142.242152747910.9151351787790.669761688767-0.382338290501-0.6727358270791.69141853883-0.0143189209654-2.179334327940.5459694458920.301802816619-0.6734047267441.13965694299-0.061200722643-0.1501856337580.991410987056-0.1655309183340.805479604587-2.82747089606-50.69150242320.844061868913
183.17307085005-4.74686747619-3.989035179079.546485888843.257972859478.25311774111-1.33861498454-4.66358543424-3.177640925865.293805609671.174500419111.380793896284.29069535694-0.4391576245470.4176981386113.49798491131-0.601634514352-0.1178253467492.161490237410.4763114562791.7590246049-15.947181031-83.6776651657-2.28334915793
195.859357123121.614938580982.211311666777.799056999413.841137013013.75468244088-0.3332565932040.5089584519970.09450120359810.555976145427-0.1112798961020.1163371968950.03022735024520.2562877519870.5474549031250.899666982189-0.08954317391630.22812947420.5126466839220.1094807752150.712617498153-16.5137150605-75.3949224909-12.9977011534
205.7831549451-2.90368750153-0.8441986940374.875641116863.741283815624.23033411892-0.181329471243-0.0601740386658-0.958209052350.6468340744650.0500285718881-0.3459322607730.802639102485-0.1020084726040.2629160817811.00118643549-0.2111453972510.04305241183460.6291424652840.02272985774810.699954948861-26.6781716782-92.1379949861-15.9383273325
217.935045050471.04901560725-2.350934251128.304963959351.882016626524.96518069984-0.1285481358040.671165369628-0.371302758266-0.254054842561-0.2143849384380.4778875629110.491526052241-0.2844327888380.1378577351780.779941969769-0.02517357054790.03672648556060.5944949191260.06299949029280.442114287612-27.5372283783-84.4629206438-21.4838764958
227.981990848550.4962136514632.132499450154.647232653185.429178926916.853633184190.893665730431-1.93822840486-0.2803895250192.93780117567-0.5006293572430.465261021214-0.4318105375750.773013783879-0.0512713760651.99528655749-0.33906398678-0.05651667466131.19478206856-0.03551954233540.56123664797-9.11648435432-63.2884522843-0.782245809846
232.47141898182.494558784572.134643945417.528232678455.553389739243.442764977960.184629088463-0.3455347506590.3015828858130.703221124022-0.161565984042-0.1384647556150.219853235125-0.194833229816-0.1491149307161.053766526580.0377376303062-0.1750494518090.63439348519-0.05010003649120.826258888913-2.6739094317-34.30119962745.93387257075
241.179602473172.12118870782.1138303963.751689364233.700756621745.496150083530.0319518146314-0.09030728683150.1857223266581.30862230211-0.202200911443-0.2352661561060.0919998273880.2800689516890.1236962570481.36800123228-0.128064659302-0.3672310760191.06302879688-0.2701410885480.990680384347-3.12633988013-24.91808709114.146324715
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 0:66)AA0 - 661 - 67
22(chain A and resid 67:94)AA67 - 9468 - 95
33(chain A and resid 95:211)AA95 - 21196 - 212
44(chain A and resid 212:250)AA212 - 250213 - 251
55(chain A and resid 251:287)AA251 - 287252 - 288
66(chain A and resid 288:349)AA288 - 349289 - 344
77(chain A and resid 350:390)AA350 - 390345 - 385
88(chain A and resid 391:490)AA391 - 490386 - 485
99(chain B and resid 1:67)BI1 - 671 - 67
1010(chain B and resid 68:80)BI68 - 8068 - 80
1111(chain B and resid 81:259)BI81 - 25981 - 259
1212(chain B and resid 260:286)BI260 - 286260 - 286
1313(chain B and resid 287:340)BI287 - 340287 - 334
1414(chain B and resid 341:383)BI341 - 383335 - 377
1515(chain B and resid 384:404)BI384 - 404378 - 398
1616(chain B and resid 405:490)BI405 - 490399 - 484
1717(chain C and resid 1:66)CQ1 - 661 - 66
1818(chain C and resid 67:73)CQ67 - 7367 - 73
1919(chain C and resid 74:106)CQ74 - 10674 - 106
2020(chain C and resid 107:193)CQ107 - 193107 - 193
2121(chain C and resid 194:260)CQ194 - 260194 - 260
2222(chain C and resid 261:288)CQ261 - 288261 - 288
2323(chain C and resid 289:394)CQ289 - 394289 - 389
2424(chain C and resid 395:491)CQ395 - 491390 - 486

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る