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- PDB-8sj8: Structure of binary complex of human cGAS and bound ppp(2'-5')GpG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sj8
タイトルStructure of binary complex of human cGAS and bound ppp(2'-5')GpG
要素Cyclic GMP-AMP synthase
キーワードTRANSFERASE / IMMUNE SYSTEM / ligands / intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / paracrine signaling / STING mediated induction of host immune responses / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic GMP-AMP synthase / paracrine signaling / STING mediated induction of host immune responses / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon production / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / determination of adult lifespan / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / innate immune response / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OKR / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu, S. / Sohn, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The structural basis for 2'-5'/3'-5'-cGAMP synthesis by cGAS.
著者: Wu, S. / Gabelli, S.B. / Sohn, J.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9083
ポリマ－42,9741
非ポリマー9342
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, GTP interacts with cGAS even without DNA.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.766, 59.584, 124.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / h-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42974.473 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (UNP residues 157-522) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGAS, C6orf150, MB21D1 / プラスミド: nHMT hCAT WT
詳細 (発現宿主): His*6-MBP-Tev-AgeI-hcGAS CAT, Kanamycin resistance
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-OKR / [[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate


分子量: 868.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28N10O21P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.45 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5mM magnesium chloride, 0.1M Tris-HCl pH8.5, and 8% (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→28.98 Å / Num. obs: 23430 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Num. measured all: 8463 / Num. unique obs: 1413 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.187 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 8.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20210205データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
MOLREP11.7.03位相決定
Coot0.9.6モデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4K8V

4k8v


解像度: 2.5→28.98 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 2361 10.08 %
Rwork0.2141 --
obs0.2197 23430 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2685 0 56 7 2748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.111390
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.550.34751430.25571257X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.610.32081390.2411244X-RAY DIFFRACTION99
2.61-2.670.31271430.25261270X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.730.33791370.2411246X-RAY DIFFRACTION99
2.73-2.810.30511400.27631278X-RAY DIFFRACTION99
2.81-2.890.29641330.27411202X-RAY DIFFRACTION98
2.89-2.980.31421400.2681266X-RAY DIFFRACTION98
2.98-3.090.32321390.24091210X-RAY DIFFRACTION99
3.09-3.210.38711420.23921259X-RAY DIFFRACTION99
3.21-3.360.31181350.24991221X-RAY DIFFRACTION99
3.36-3.540.31781410.24031240X-RAY DIFFRACTION98
3.54-3.760.27741400.20821248X-RAY DIFFRACTION98
3.76-4.050.24681370.20151237X-RAY DIFFRACTION98
4.05-4.450.21441430.17611226X-RAY DIFFRACTION98
4.45-5.090.22591330.17441221X-RAY DIFFRACTION97
5.09-6.40.24281350.19881214X-RAY DIFFRACTION96
6.41-28.980.21121410.1761230X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.7121 Å / Origin y: 14.5557 Å / Origin z: 17.0513 Å
111213212223313233
T0.2638 Å20.0722 Å2-0.0083 Å2-0.3225 Å2-0.0391 Å2--0.2512 Å2
L2.1941 °20.4018 °20.0638 °2-1.9522 °20.3801 °2--1.946 °2
S-0.0511 Å °-0.431 Å °0.1963 Å °0.243 Å °-0.0076 Å °0.1006 Å °-0.2765 Å °-0.1642 Å °0.0381 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 161:521) or (chain A and resseq 602:602)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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