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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8shz | ||||||
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タイトル | Structure of human cGAS | ||||||
![]() | Cyclic GMP-AMP synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / IMMUNE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | ![]() cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of T cell activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway ...cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of T cell activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, S. / Sohn, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural basis for 2'-5'/3'-5'-cGAMP synthesis by cGAS. 著者: Wu, S. / Gabelli, S.B. / Sohn, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 118.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 735.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 740.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8eaeC ![]() 8g10C ![]() 8g1jC ![]() 8g23C ![]() 8gimC ![]() 8ginC ![]() 8gioC ![]() 8gipC ![]() 8girC ![]() 8gisC ![]() 8gitC ![]() 8shkC ![]() 8shuC ![]() 8shyC ![]() 8si0C ![]() 8sj0C ![]() 8sj1C ![]() 8sj2C ![]() 8sj8C ![]() 8sktC ![]() 4km5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42974.473 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (UNP residues 157-522) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 詳細 (発現宿主): His*6-MBP-Tev-AgeI-hcGAS CAT, Kanamycin resistance 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.62 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 8% w/v PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→28.96 Å / Num. obs: 26655 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 23.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Num. measured all: 8173 / Num. unique obs: 1475 / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 10 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4KM5 解像度: 2.4→28.96 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.644 Å / Origin y: 14.7486 Å / Origin z: 16.8591 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain A and resseq 161:522) or (chain A and resseq 601:601) |