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- PDB-8sh0: Structure of human POT1 DNA binding domain bound to a 5'-phosphor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sh0
タイトルStructure of human POT1 DNA binding domain bound to a 5'-phosphorylated junction of a telomeric DNA hairpin with a 3'-overhang
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
  • Protection of telomeres protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / shelterin / telomere / DNA junction / 5'-phosphorylated / POT-hole / chromosome end protection / POT1 / DBD / POT1-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA strand elongation / regulation of DNA helicase activity / positive regulation of DNA helicase activity / G-rich single-stranded DNA binding / telomere assembly / positive regulation of helicase activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / telomeric D-loop binding / telomerase inhibitor activity ...positive regulation of DNA strand elongation / regulation of DNA helicase activity / positive regulation of DNA helicase activity / G-rich single-stranded DNA binding / telomere assembly / positive regulation of helicase activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / telomeric D-loop binding / telomerase inhibitor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / establishment of protein localization to telomere / telomeric D-loop disassembly / shelterin complex / Telomere C-strand synthesis initiation / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere capping / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / : / single-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of telomere maintenance / nuclear telomere cap complex / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / G-rich strand telomeric DNA binding / DNA duplex unwinding / telomeric DNA binding / : / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance via telomerase / Telomere Extension By Telomerase / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / chromosome, telomeric region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protection of telomeres protein 1 (POT1), C-terminal insertion domain / Protection of telomeres protein 1, ssDNA-binding domain / ssDNA-binding domain of telomere protection protein / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Protection of telomeres protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Nandakumar, J. / Tesmer, V.M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120094 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM148276 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01HD108809 米国
American Cancer SocietyRSG-17-037-01-DMC 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Human POT1 protects the telomeric ds-ss DNA junction by capping the 5' end of the chromosome.
著者: Tesmer, V.M. / Brenner, K.A. / Nandakumar, J.
履歴
登録2023年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protection of telomeres protein 1
B: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2445
ポリマ－40,0672
非ポリマー1773
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.230, 67.230, 143.373
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protection of telomeres protein 1 / hPot1 / POT1-like telomere end-binding protein


分子量: 33811.828 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POT1 / プラスミド: pFBHTb-Smt3star-hPOT1-1-299
詳細 (発現宿主): human POT1 aa 1-299 cloned downstream of a sumo-star tag in the pFastBac vector with an N-terminal His tag
細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NUX5
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 6255.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: hDBD complex with 5prime-p-hp-ss1-12 was crystallized at 16C by the hanging drop method in a drop containing 0.8 microliter of 13 mg/ml protein-DNA complex (in 25 mM Tris (pH 8), 100 mM NaCl, ...詳細: hDBD complex with 5prime-p-hp-ss1-12 was crystallized at 16C by the hanging drop method in a drop containing 0.8 microliter of 13 mg/ml protein-DNA complex (in 25 mM Tris (pH 8), 100 mM NaCl, and 2 mM DTT) and 0.8 microliter well solution (0.1 M NaOAc (pH 5.2) and 10% PEG 20,000). Crystals were harvested in 25 mM Tris (pH 8), 100 mM NaCl, 0.1 M NaOAc (pH 5.2), and 10% PEG 20,000 and cryoprotected in harvesting solution supplemented with 30% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12723 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→71.69 Å / Num. obs: 20897 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.16→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 1.131 / Num. unique obs: 36315 / CC1/2: 0.858

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→45.19 Å / SU ML: 0.1923 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.272
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 1745 4.48 %
Rwork0.18 37199 -
obs0.1818 20846 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→45.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2339 420 12 120 2891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00342874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64613989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443455
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.90071065
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.220.28981660.2492X-RAY DIFFRACTION99.97
2.22-2.290.26941360.2293X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.380.26071280.2175X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.470.26161520.2527X-RAY DIFFRACTION99.97
2.47-2.580.31471460.2298X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.720.24691550.2032X-RAY DIFFRACTION99.91
2.72-2.890.2972060.2476X-RAY DIFFRACTION99.88
2.89-3.110.26211500.2207X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.430.22661000.1807X-RAY DIFFRACTION99.97
3.43-3.920.20231460.1652X-RAY DIFFRACTION99.97
3.92-4.940.17381300.1413X-RAY DIFFRACTION100
4.94-45.190.18731300.1562X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.27499705727-0.173399153837-0.3728638147483.594121180850.7019245229143.270035482570.050870999788-0.3744178932350.1958474352180.4901162693060.01158521375790.138417121677-0.3417452268510.194697044207-0.06898306383950.601934094101-0.03560513250490.01622110296070.2931851684940.03684474269250.303963747694-35.350075072219.684727498718.3831127361
24.284957654140.336866343078-0.9054487254294.151747587320.6683366222994.69639567628-0.0777320615252-0.437481296487-0.1478190255320.3347234506420.118650678848-0.5793307019370.01950542711180.570828457154-0.0316526645580.3963330604510.00997085334442-0.02250639720620.3865266333660.07433954225860.473081032418-17.34901093854.267196321656.70798622131
30.92433311554-0.268882267593-0.6353682329933.314166875240.6663820516453.94359613172-0.0989896645140.506199103054-0.198402829517-0.347284712090.0689292427101-0.7890294360650.2020397122010.372081149894-0.1192067048380.352520512526-0.03456399879280.05414221538740.3372894515010.03333443981640.46658211283-15.99377897491.45001077613-3.48168162653
40.6718785393160.443196878409-0.1246635435240.280894878207-0.0641725232860.423527847073-0.1799332546280.0726078458778-0.49319622976-0.5671112930510.000607319694018-1.083208823690.6934456672640.2135161931070.176049060970.7061196710610.0399057213970.1296398509150.3896042964930.1324978081170.794183565905-14.478979801-3.01221313633.83700173362
54.088593154360.429602362427-2.117205446092.148373845650.1311854834172.23738049270.013257565088-0.4359147146970.07585795302550.2647116792710.0308745168761-0.362530462528-0.06051030368660.407635088805-0.004313078993450.425807057624-0.045610939766-0.05893542092720.3887535991490.09120095105460.444459340887-16.60920667449.790584332845.11929465079
66.42345957935-2.960185777890.6138825634031.756357971220.3444200792281.94894626432-0.1700134949210.555695654091-0.7859671664360.511086200344-0.2283773099040.901870200519-0.466579130564-0.6901507838450.3051666566970.9230155612870.170764823906-0.00830390976350.677654461386-0.009664847211760.870731007586-52.964440395925.52115288548.34194795792
70.977713064910.622263999388-1.01748340820.9109663741360.3510859941423.67827544021-0.651513373679-0.247430648644-0.8332041181510.4558811453840.04207862024950.1464859175230.5989747198830.5986939906020.5018737134440.6874867819330.03699234852880.1827783386970.4180232320230.1720638310610.584024961072-36.0245271389-0.73371848177213.4242021759
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 143 )AA6 - 1431 - 138
22chain 'A' and (resid 144 through 184 )AA144 - 184139 - 179
33chain 'A' and (resid 185 through 232 )AA185 - 232180 - 227
44chain 'A' and (resid 233 through 258 )AA233 - 258228 - 253
55chain 'A' and (resid 259 through 299 )AA259 - 299254 - 294
66chain 'B' and (resid -7 through 2 )BB-7 - 2
77chain 'B' and (resid 3 through 12 )BB3 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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