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- PDB-8sgh: Cryo-EM structure of Karyopherin-beta2 bound to HNRNPH2 PY-NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sgh
タイトルCryo-EM structure of Karyopherin-beta2 bound to HNRNPH2 PY-NLS
要素
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2, N-terminally processed
  • Transportin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / RNA-binding protein TNPO1 Cryo-EM KapB2 HNRNP
機能・相同性
機能・相同性情報


Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Intraflagellar transport / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / 繊毛 / small GTPase binding ...Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Intraflagellar transport / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / 繊毛 / small GTPase binding / protein import into nucleus / postsynaptic density / ribonucleoprotein complex / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CHHC-type / RNPHF zinc finger / Importin beta family / HEATリピート / HEATリピート / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain ...Zinc finger, CHHC-type / RNPHF zinc finger / Importin beta family / HEATリピート / HEATリピート / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2 / Transportin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Gonzalez, A. / Fung, H.Y.J. / Chook, Y.M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141461 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069909 米国
Welch FoundationI-1532 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS120465 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: A new Karyopherin-β2 binding PY-NLS epitope of HNRNPH2 linked to neurodevelopmental disorders.
著者: Abner Gonzalez / Hong Joo Kim / Brian D Freibaum / Ho Yee Joyce Fung / Chad A Brautigam / J Paul Taylor / Yuh Min Chook /
要旨: The HNRNPH2 proline-tyrosine nuclear localization signal (PY-NLS) is mutated in HNRNPH2-related X-linked neurodevelopmental disorder, causing the normally nuclear HNRNPH2 to accumulate in the ...The HNRNPH2 proline-tyrosine nuclear localization signal (PY-NLS) is mutated in HNRNPH2-related X-linked neurodevelopmental disorder, causing the normally nuclear HNRNPH2 to accumulate in the cytoplasm. We solved the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of Karyopherin-β2/Transportin-1 bound to the HNRNPH2 PY-NLS to understand importin-NLS recognition and disruption in disease. HNRNPH2 RPGPY is a typical R-X-P-Y motif comprising PY-NLS epitopes 2 and 3, followed by an additional Karyopherin-β2-binding epitope, we term epitope 4, at residues DRP; no density is present for PY-NLS epitope 1. Disease variant mutations at epitopes 2-4 impair Karyopherin-β2 binding and cause aberrant cytoplasmic accumulation in cells, emphasizing the role of nuclear import defect in disease. Sequence/structure analysis suggests that strong PY-NLS epitopes 4 are rare and thus far limited to close paralogs of HNRNPH2, HNRNPH1, and HNRNPF. Epitope 4-binidng hotspot Karyopherin-β2 W373 corresponds to close paralog Karyopherin-β2b/Transportin-2 W370, a pathological variant site in neurodevelopmental abnormalities, suggesting that Karyopherin-β2b/Transportin-2-HNRNPH2/H1/F interactions may be compromised in the abnormalities.
履歴
登録2023年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transportin-1
B: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2, N-terminally processed


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,7332
ポリマ－115,7332
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Transportin-1 / Importin beta-2 / Karyopherin beta-2 / M9 region interaction protein / MIP


分子量: 101738.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNPO1, KPNB2, MIP1, TRN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92973
#2: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2, N-terminally processed


分子量: 13993.811 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 103-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPH2, FTP3, HNRPH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P55795

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Karyopherin-beta2 bound to hnRNP H2 PY-NLS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 nM NaCl, 2 mM BME, 0.003125% [w/v] NP-40
試料濃度: 2.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
11cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC分類
14cryoSPARC３次元再構成
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208572 / 詳細: Non-uniform refinement / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Initial docking performed using Chimera, then manual model building by Coot, ISOLDE in ChimerX and Phenix real-space refinement.
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00313814
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66625090
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.1692173
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411083
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0092026

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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