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Yorodumi- PDB-8sfu: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with n... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sfu | ||||||
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Title | Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with naringin | ||||||
Components | UDP-glycosyltransferase 202A2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / glycosylation / xenobiotic detoxification / flavonoids | ||||||
Function / homology | UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / membrane / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-ZWN / UDP-glycosyltransferase 202A2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Tetranychus urticae (two-spotted spider mite) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with naringin Authors: Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8sfu.cif.gz | 449.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8sfu.ent.gz | 283.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8sfu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 11 - 437 / Label seq-ID: 11 - 437
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 48950.504 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Tetranychus urticae (two-spotted spider mite) Gene: 107367435, UGT202A2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: T1KUK4 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Protein incubated with 1mM UDP and 2.5 mM naringin 0.2 M Sodium Chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 13, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→40 Å / Num. obs: 83547 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 27.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Redundancy: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4097 / CC1/2: 0.894 / CC star: 0.972 / Rpim(I) all: 0.301 / Rrim(I) all: 0.843 / % possible all: 96.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8→34.402 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.182 / SU B: 5.373 / SU ML: 0.087 / Average fsc free: 0.9674 / Average fsc work: 0.9767 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.12 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.838 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→34.402 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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