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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sfu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with naringin | ||||||
要素 | UDP-glycosyltransferase 202A2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / glycosylation (グリコシル化) / xenobiotic detoxification / flavonoids (フラボノイド) | ||||||
機能・相同性 | UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / 生体膜 / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-ZWN / UDP-glycosyltransferase 202A2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Tetranychus urticae (なみはだに) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with naringin 著者: Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sfu.cif.gz | 449.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sfu.ent.gz | 283.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sfu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 11 - 437 / Label seq-ID: 11 - 437
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48950.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107367435, UGT202A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1KUK4 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein incubated with 1mM UDP and 2.5 mM naringin 0.2 M Sodium Chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 83547 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 27.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4097 / CC1/2: 0.894 / CC star: 0.972 / Rpim(I) all: 0.301 / Rrim(I) all: 0.843 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→34.402 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.182 / SU B: 5.373 / SU ML: 0.087 / Average fsc free: 0.9674 / Average fsc work: 0.9767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.838 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.402 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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