PDB-8sfk: Crystal structure of the engineered SsoPox variant IVE2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sfk

タイトル

Crystal structure of the engineered SsoPox variant IVE2

要素

Aryldialkylphosphatase

キーワード

HYDROLASE / Lactonase / quorum sensing / phosphotriesterase / arylesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Jacquet, P. / Billot, R. / Shimon, A. / Hoekstra, N. / Bergonzi, C. / Jenks, A. / Daude, D. / Elias, M.H.

資金援助

フランス,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Other government	DGA	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	10-IAHU-03	フランス
Other government	Mndrive	米国
Other government	Biotechnology Institute	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM133487	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Changes in Active Site Loops Conformation Relates to a Transition from Lactonase to Phosphotriesterase
著者: Jacquet, P. / Billot, R. / Shimon, A. / Hoekstra, N. / Bergonzi, C. / Jenks, A. / Chabriere, E. / Daude, D. / Elias, M.H.

履歴

登録	2023年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sfk.cif.gz	166.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sfk.ent.gz	129.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sfk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8sfk_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sfk_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	8sfk_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	8sfk_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8sf2C 8sf9C 8sfaC 8sfbC 8sfcC 8sfdC 8sfmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Aryldialkylphosphatase

ヘテロ分子

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Aryldialkylphosphatase

ヘテロ分子

D: Aryldialkylphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
71.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.060, 74.670, 137.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Aryldialkylphosphatase / Paraoxonase / SsoPox / Phosphotriesterase-like lactonase 分子量: 35530.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: php, SSO2522 / Variant: IVE2 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q97VT7, aryldialkylphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% (w/v) PEG 8000 and Tris-HCl buffer (pH 8.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.96802 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96802 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→49.477 Å / Num. obs: 67061 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.34 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 19.91
反射シェル	解像度: 1.4→1.5 Å / Num. unique obs: 12397 / CC_1/2: 0.917 / R_rim(I) all: 0.633

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→49.477 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1693	3345	5 %
R_work	0.1354	-	-
obs	0.1371	66910	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→49.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2500	0	8	464	2972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2725
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.869	3705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.443	1630
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	488

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2178	136	0.2002	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
1.42-1.4412	0.1933	137	0.1678	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4412-1.4637	0.2286	138	0.1671	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4637-1.4877	0.1846	136	0.1505	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4877-1.5134	0.2158	138	0.142	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5134-1.5409	0.1709	137	0.128	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5409-1.5705	0.1573	139	0.1279	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5705-1.6026	0.1523	139	0.1254	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6026-1.6375	0.1558	137	0.1229	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6375-1.6755	0.1754	137	0.1251	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6755-1.7175	0.147	141	0.1276	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7175-1.7639	0.1664	137	0.1297	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7639-1.8158	0.1734	138	0.1288	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8158-1.8744	0.1444	140	0.1212	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8744-1.9414	0.1522	139	0.1251	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9414-2.0191	0.1677	140	0.1297	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.111	0.1467	140	0.1301	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.111-2.2223	0.1543	139	0.1327	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2223-2.3616	0.1562	141	0.1319	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3616-2.5439	0.1713	140	0.1416	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5439-2.7999	0.1921	142	0.146	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7999-3.205	0.2045	141	0.1387	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.205-4.0376	0.1734	144	0.126	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0376-49.477	0.1504	149	0.1414	2827	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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