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Yorodumi- PDB-8sf6: Promiscuous amino acid gamma synthase from Caldicellulosiruptor h... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8sf6 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Promiscuous amino acid gamma synthase from Caldicellulosiruptor hydrothermalis in closed conformation | ||||||
Components | O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Pyridoxal Phosphate / Amino acid synthase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationO-acetylhomoserine aminocarboxypropyltransferase activity / L-homocysteine biosynthetic process / cysteine synthase / cysteine synthase activity / transsulfuration / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Caldicellulosiruptor hydrothermalis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.702 Å | ||||||
Authors | Buller, A.R. / Zmich, A.P. / Bingman, C.A. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2023Title: Multiplexed Assessment of Promiscuous Non-Canonical Amino Acid Synthase Activity in a Pyridoxal Phosphate-Dependent Protein Family. Authors: Zmich, A. / Perkins, L.J. / Bingman, C. / Acheson, J.F. / Buller, A.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8sf6.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8sf6.ent.gz | 1001.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8sf6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8sf6_validation.pdf.gz | 561.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8sf6_full_validation.pdf.gz | 623.4 KB | Display | |
| Data in XML | 8sf6_validation.xml.gz | 144.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 8sf6_validation.cif.gz | 203.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sf6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8sf5C C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 48327.789 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caldicellulosiruptor hydrothermalis (bacteria)Gene: Calhy_1610 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 2047 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-MES / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ETE / | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.62 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Well solution of 100 mM MES buffer, pH 6.5, 4-5% w/v gamma-PGA (Na+ form, low molecular weight), 12-15% w/v PEG 4000. Well solution was mixed in a 1:1 ratio with Cahy protein at 20 mg/mL |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.1165 Å |
| Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Oct 18, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.1165 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.7→40 Å / Num. obs: 446747 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 14 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 15.1 |
| Reflection shell | Resolution: 1.7→1.75 Å / Redundancy: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 2.022 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 31785 / CC1/2: 0.794 / % possible all: 93.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.702→39.925 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 4.154 / SU ML: 0.064 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.081 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 30.765 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.702→39.925 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Caldicellulosiruptor hydrothermalis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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