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Yorodumi- PDB-8sf5: Promiscuous amino acid gamma synthase from Caldicellulosiruptor h... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sf5 | ||||||
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Title | Promiscuous amino acid gamma synthase from Caldicellulosiruptor hydrothermalis in open conformation | ||||||
Components | O-acetylhomoserine/O-acetylserine sulfhydrylase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Pyridoxal Phosphate / Amino acid synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information cysteine synthase / cysteine synthase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Caldicellulosiruptor hydrothermalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Buller, A.R. / Zmich, A.P. / Bingman, C.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2023 Title: Multiplexed Assessment of Promiscuous Non-Canonical Amino Acid Synthase Activity in a Pyridoxal Phosphate-Dependent Protein Family. Authors: Zmich, A. / Perkins, L.J. / Bingman, C. / Acheson, J.F. / Buller, A.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8sf5.cif.gz | 304.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8sf5.ent.gz | 238.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8sf5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sf5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sf5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8sf6C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48327.789 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caldicellulosiruptor hydrothermalis (bacteria) Gene: Calhy_1610 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: E4QC33 #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 16% PEG 3350, 0.125 M Sodium Thiocyanate pH 8.0. Protein was 20 mg/mL in 50 mM HEPES pH 7.5. Four microliter drops were formed with a 1:1 mixture of protein and well solution. Crystals ...Details: 16% PEG 3350, 0.125 M Sodium Thiocyanate pH 8.0. Protein was 20 mg/mL in 50 mM HEPES pH 7.5. Four microliter drops were formed with a 1:1 mixture of protein and well solution. Crystals formed slowly over the course of 10 months |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Sep 22, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→45 Å / Num. obs: 38922 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.7 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.126 / Net I/σ(I): 13.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 2810 / CC1/2: 0.473 / Rrim(I) all: 1.949 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3→44.324 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 23.443 / SU ML: 0.241 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.233 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.219 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→44.324 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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