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- PDB-8sdo: ATAD2 bromodomain in complex with "oncohistone" mutation H4S1CK5a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sdo
タイトルATAD2 bromodomain in complex with "oncohistone" mutation H4S1CK5ac (res 1-15) ligand
要素
  • ATPase family AAA domain-containing protein 2
  • Histone H4
キーワードPROTEIN BINDING / Bromodomain / epigenetics / Nuclear protein / cancer / histone mutations
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain ...ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATPase family AAA domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Malone, K.L. / Nix, J.C. / Glass, K.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM129338 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15GM104865 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Impact of Combinatorial Histone Modifications on Acetyllysine Recognition by the ATAD2 and ATAD2B Bromodomains.
著者: Phillips, M. / Malone, K.L. / Boyle, B.W. / Montgomery, C. / Kressy, I.A. / Joseph, F.M. / Bright, K.M. / Boyson, S.P. / Chang, S. / Nix, J.C. / Young, N.L. / Jeffers, V. / Frietze, S. / Glass, K.C.
履歴
登録2023年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase family AAA domain-containing protein 2
B: Histone H4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2062
ポリマ－19,2062
非ポリマー00
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.941, 53.941, 159.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1350-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ATPase family AAA domain-containing protein 2 / AAA nuclear coregulator cancer-associated protein / ANCCA


分子量: 17858.201 Da / 分子数: 1 / 変異: C1101A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q6PL18, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: タンパク質・ペプチド Histone H4


分子量: 1347.570 Da / 分子数: 1 / 変異: S1C / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.4 M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic, pH 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0722 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→27.46 Å / Num. obs: 16480 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 43.36 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 18.91
反射 シェル解像度: 2.01→2.082 Å / Num. unique obs: 1529 / CC1/2: 0.372

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→27.46 Å / SU ML: 0.2562 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.1737
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2305 762 4.64 %
Rwork0.2007 15649 -
obs0.2021 16411 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→27.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1128 0 0 168 1296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00641161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89041568
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0503172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071210
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.9932461
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01-2.160.30571640.28242965X-RAY DIFFRACTION97.96
2.17-2.380.30461460.2753069X-RAY DIFFRACTION99.88
2.38-2.730.22751430.20123108X-RAY DIFFRACTION99.97
2.73-3.440.25511640.20643139X-RAY DIFFRACTION100
3.44-27.460.19811450.17973368X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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