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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sdd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of fluoroacetate dehalogenase Daro3835 H274N mutant with D107-glycolyl intermediate | ||||||
![]() | Alpha/beta hydrolase fold protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / FLUOROACETATE / DEHALOGENASE / ALPHA/BETA HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Alpha/beta hydrolase fold protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Khusnutdinova, A. / Iakounine, A. / Savchenko, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into hydrolytic defluorination of difluoroacetate by microbial fluoroacetate dehalogenases. 著者: Khusnutdinova, A.N. / Batyrova, K.A. / Brown, G. / Fedorchuk, T. / Chai, Y.S. / Skarina, T. / Flick, R. / Petit, A.P. / Savchenko, A. / Stogios, P. / Yakunin, A.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 289.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 208.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8sdcC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33069.520 Da / 分子数: 2 / 変異: H274N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Daro_3835 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% (W/V) PEG3350, 0.2 M MGCL2, 0.1 M BIS-TRIS (PH 5.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46 Å / Num. obs: 43884 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 21.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 23.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 11.3 / Num. unique obs: 2917 / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.075 / % possible all: 85.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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