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- PDB-8sdd: Crystal structure of fluoroacetate dehalogenase Daro3835 H274N mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sdd
タイトルCrystal structure of fluoroacetate dehalogenase Daro3835 H274N mutant with D107-glycolyl intermediate
要素Alpha/beta hydrolase fold protein
キーワードHYDROLASE / FLUOROACETATE / DEHALOGENASE / ALPHA/BETA HYDROLASE
機能・相同性alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Alpha/beta hydrolase fold protein
機能・相同性情報
生物種Dechloromonas aromatica RCB (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Khusnutdinova, A. / Iakounine, A. / Savchenko, A.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: Febs J. / : 2023
タイトル: Structural insights into hydrolytic defluorination of difluoroacetate by microbial fluoroacetate dehalogenases.
著者: Khusnutdinova, A.N. / Batyrova, K.A. / Brown, G. / Fedorchuk, T. / Chai, Y.S. / Skarina, T. / Flick, R. / Petit, A.P. / Savchenko, A. / Stogios, P. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2023年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase fold protein
B: Alpha/beta hydrolase fold protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1392
ポリマ-66,1392
非ポリマー00
11,890660
1
A: Alpha/beta hydrolase fold protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0701
ポリマ-33,0701
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha/beta hydrolase fold protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0701
ポリマ-33,0701
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.937, 58.485, 138.188
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.023, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase fold protein


分子量: 33069.520 Da / 分子数: 2 / 変異: H274N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dechloromonas aromatica RCB (バクテリア)
遺伝子: Daro_3835 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q479B8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% (W/V) PEG3350, 0.2 M MGCL2, 0.1 M BIS-TRIS (PH 5.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46 Å / Num. obs: 43884 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 21.37 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 11.3 / Num. unique obs: 2917 / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.075 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30.4 Å / SU ML: 0.247 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 24.148
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2623 1995 4.55 %RANDOM
Rwork0.2189 41852 --
obs0.2209 43847 94.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4640 0 0 660 5300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00524770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73556482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0484695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052857
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.81181738
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.30771280.24412676X-RAY DIFFRACTION84.82
2.05-2.110.28321370.23582912X-RAY DIFFRACTION93.56
2.11-2.170.25111420.22952907X-RAY DIFFRACTION91.26
2.17-2.240.26851440.2242937X-RAY DIFFRACTION94.08
2.24-2.320.25541410.22712913X-RAY DIFFRACTION92.83
2.32-2.410.26891360.22983012X-RAY DIFFRACTION94.39
2.41-2.520.31841450.23492976X-RAY DIFFRACTION93.89
2.52-2.650.27261340.23322980X-RAY DIFFRACTION94.88
2.65-2.820.27831390.23653037X-RAY DIFFRACTION95.63
2.82-3.040.2711550.23563019X-RAY DIFFRACTION95.78
3.04-3.340.27971460.21943048X-RAY DIFFRACTION95.92
3.34-3.820.24721470.20763115X-RAY DIFFRACTION97.87
3.82-4.810.24211510.18613118X-RAY DIFFRACTION96.95
4.81-30.40.2361500.21643202X-RAY DIFFRACTION98.04
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.959418921350.544928729490.1985965490586.96290229034-1.981643362262.85500755261-0.08103011876520.4561845650780.000343892725814-0.6520497662240.198362859960.57546976690.101806986852-0.431350734542-0.1015925590120.160681637279-0.0110644716624-0.05848837191430.254704579615-0.001986596171960.21161290050939.7202580376-1.66839486499136.496120562
21.68301694738-0.0244390948918-0.3840233682940.404521784640.04612517863421.4681282487-0.041594450096-0.2802626047080.000643352071824-0.02528229982770.0176783400594-0.01038847836230.0233673307065-0.06228099514230.01235852100660.1365793737580.00080242416486-0.03657272035860.0798448955211-0.01142010218670.14327787451247.1261080625-3.73256241444152.825850525
34.17676669861-1.92484108927-0.7938887137364.351030722942.246322280312.863722219290.00713711433689-0.7473352638020.5286377630070.2579497938080.181086728705-0.141164915468-0.0375050189360.226140269372-0.1784012569560.13565960673-0.0564486463415-0.0075249533090.227273318404-0.03616750372660.22252090933661.56212099175.44507550577154.900643245
43.430407839781.09073568569-1.543878845731.46267974309-1.374813643761.938944868520.240535974357-0.2643240029350.35895641176-0.145512678385-0.0834675126027-0.0535408283233-0.4184200354330.0800265549733-0.0718649281830.244898946927-0.0323261121028-0.01978360057040.0802019801159-0.01182530137220.23731944928253.928567607311.2536301346146.056657548
52.02023910648-0.50050368454-0.6123958377797.04696891623-0.8847615647062.5340084154-0.328663817522-0.514776765228-0.5660814092240.2656454268070.2328511603520.706244555574-0.0079427401145-0.2149915564150.1213401556150.236891091576-0.01113031148230.04454294703870.938550051701-0.08695699138310.5903951450333.5048398658-5.71263097596204.399428582
60.8443451059870.5702353990350.9950237004141.033221200721.180453220561.581423185870.0180699661161-0.524429964101-0.229461419940.528010825840.1833765964870.06154688734070.276044423703-0.249604996246-0.05170057741870.370509220470.2059703594030.03655106866990.9368714550740.0530552464830.12238332231240.1960413052-8.38195404854207.860937476
70.7916775532250.541582208383-0.1283644927280.764046314006-0.1702436256592.01768325606-0.27823131335-0.5220762360120.03761358152670.2335395216230.2287979042850.05964600927030.3098822480020.1298296030950.05995878425960.3041304094510.1227876671140.09015857486470.790869561119-0.02246201368810.22532909088141.4831984267-4.20080374316197.481443978
80.501083206280.504359711278-0.4818480750620.537785469172-0.6139475170931.003674776950.0479226204341-0.4001429305140.04749967960480.03502914421130.0401646372262-0.0717656491718-0.2119252424520.0664693640575-0.08305847336030.3266808899480.1631551754020.08543004436231.04648939516-0.001352796297640.10814401027351.4298975084-4.25471146276200.03146762
90.1230165099480.2377978576150.4238971435640.8703211725360.6847280788771.56283639532-0.123669855778-0.3335828229810.006808096278660.180610529770.117279735951-0.08170930164390.167465039040.4544262936770.006408851522910.2367884613840.02343767498230.006446233356730.5095268425630.03983635363390.15642681603550.8185183759-4.20931601358177.138044583
102.25573971684-0.615476600105-0.6288272602391.61212461360.4682075807492.47416104769-0.164181551152-0.422266371527-0.1775090619310.1130464891160.02790990590080.1466937986260.1865512959330.01912254985910.1442114931410.2060223988320.01415921113890.05166337362450.4760528025880.04747215380070.17461594180739.3552226787-6.31423441906183.82437723
111.015680061260.4582409413830.3466710377980.8655543385310.2430214423721.29191953919-0.152126006339-0.298910195566-0.1279575478960.119115058910.168472067682-0.08800935676920.4079326578990.751450557669-0.03966660627250.4442449764870.2059743241620.05749994755840.9448637262070.09998935018290.27656076518757.9337860992-12.321627759191.807832284
121.824736572731.033323100540.5974298851282.81901357171-1.618561427722.58818321241-0.0250105324939-0.41172115411-0.1061992886130.69988678979-0.225037818528-0.219355487026-0.3286916226240.5025742094490.2224271848750.8081136317970.3324674970990.1631465279560.9394357209980.2649564058050.38840128751753.7620361951-19.1666054497204.148713843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 236 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 237 through 270 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 271 through 296 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 16 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 17 through 34 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 35 through 95 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 96 through 134 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 135 through 161 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 162 through 228 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 229 through 280 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 281 through 296 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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