PDB-8sbh: YeiE effector binding domain from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sbh

タイトル

YeiE effector binding domain from E. coli

要素

Transcriptional regulator YeiE, LysR family

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / LysR-type transcriptional regulator / LTTR / sulfur metabolism / sulfite / cysteine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Momany, C. / Nune, M. / Brondani, J.C. / Afful, D. / Neidle, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: FinR, a LysR-type transcriptional regulator involved in sulfur homeostasis with homologs in diverse microorganisms
著者: Momany, C. / Nune, M. / Brondani, J.C. / Afful, D. / Neidle, E.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.

#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2023年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sbh.cif.gz	310.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sbh.ent.gz	214 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sbh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8sbfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator YeiE, LysR family

B: Transcriptional regulator YeiE, LysR family

ヘテロ分子

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.098, 71.098, 196.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-436- HOH
2	1	B-502- HOH

#1: タンパク質	Transcriptional regulator YeiE, LysR family 分子量: 23806.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: yeiE, b2157, JW2144 / プラスミド: pET28b(+).SapKO-CH.YeiE_EBD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACR4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 詳細: YeiE-EBD was dialyzed into 20 mM TRIS, 10 mM mercaptolethanol, pH 8.0 . 2 mcl protein was mixed with 2 mcl Hampton Research Index cocktail 30 HR-IN-30 (0.1 M sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS ...詳細: YeiE-EBD was dialyzed into 20 mM TRIS, 10 mM mercaptolethanol, pH 8.0 . 2 mcl protein was mixed with 2 mcl Hampton Research Index cocktail 30 HR-IN-30 (0.1 M sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 1.5 M ammonium sulfate)

結晶

マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.79 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 6.5
詳細: YeiE-EBD was dialyzed into 20 mM TRIS, 10 mM mercaptolethanol, pH 8.0 . 2 mcl protein was mixed with 2 mcl Hampton Research Index cocktail 30 HR-IN-30 (0.1 M sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日 / 詳細: Insertion device

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→100 Å / Num. obs: 38819 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 0.789 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.93-1.96	3.2	0.444	1892	0.82	0.949	0.291	0.534	0.621	99.9
1.96-2	3.2	0.358	1877	0.875	0.966	0.236	0.431	0.598	100
2-2.04	3.2	0.287	1938	0.906	0.975	0.19	0.345	0.613	100
2.04-2.08	3.2	0.262	1889	0.917	0.978	0.171	0.314	0.645	100
2.08-2.12	3.2	0.217	1927	0.952	0.988	0.143	0.261	0.648	100
2.12-2.17	3.2	0.192	1907	0.958	0.989	0.126	0.231	0.654	100
2.17-2.23	3.2	0.183	1929	0.96	0.99	0.12	0.22	0.639	100
2.23-2.29	3.2	0.158	1921	0.968	0.992	0.104	0.19	0.678	100
2.29-2.36	3.2	0.137	1907	0.975	0.994	0.09	0.165	0.713	100
2.36-2.43	3.2	0.123	1928	0.983	0.996	0.081	0.147	0.679	100
2.43-2.52	3.2	0.112	1937	0.985	0.996	0.073	0.134	0.709	100
2.52-2.62	3.2	0.103	1935	0.984	0.996	0.067	0.123	0.732	100
2.62-2.74	3.2	0.093	1941	0.986	0.996	0.061	0.112	0.829	100
2.74-2.88	3.2	0.08	1941	0.99	0.997	0.053	0.096	0.934	100
2.88-3.06	3.2	0.066	1952	0.993	0.998	0.044	0.08	1.003	100
3.06-3.3	3.2	0.054	1956	0.995	0.999	0.036	0.065	0.994	100
3.3-3.63	3.2	0.042	1987	0.996	0.999	0.028	0.051	1.009	100
3.63-4.16	3.2	0.035	2000	0.997	0.999	0.023	0.042	1.031	100
4.16-5.24	3.1	0.031	2030	0.998	1	0.02	0.038	0.973	99.8
5.24-100	3	0.034	2025	0.997	0.999	0.022	0.041	1.068	91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.93→31.8 Å / SU ML: 0.1269 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.0928
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.181	1119	2.89 %	5%
R_work	0.1664	37549	-	-
obs	0.1669	38668	99.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→31.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3170	0	76	349	3595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	3360
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6173	4551
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	579
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3583	1265

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-2.02	0.2231	136	0.2131	4622	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.02-2.12	0.1919	138	0.1835	4610	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.12-2.26	0.1875	138	0.1687	4616	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.26-2.43	0.2054	139	0.1598	4661	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.43-2.68	0.1972	139	0.1715	4674	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.68-3.06	0.1852	141	0.1657	4714	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.06-3.86	0.1711	142	0.1443	4775	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.86-31.8	0.1644	146	0.1707	4877	X-RAY DIFFRACTION	96.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.99215892705	0.773086290966	-1.76711860205	6.19039079101	-3.54694243885	3.18187281701	-0.0138068356621	0.0918879691665	0.0631741492285	-0.00134369543387	0.0508604753078	-0.0243915656358	-0.213032030133	0.0995891040734	-0.0921405988707	0.132361467605	-0.0383686320493	-0.0193081070432	0.155675923985	-0.011587201175	0.0591093513179	45.9747419326	50.2733424801	66.2312713017
2	1.93005663773	3.35406734296	-2.02350958849	7.90174437551	-2.3352054044	2.91761033642	-0.0414612376807	0.0651342450746	-0.122576549113	0.22782902653	0.0108260218439	-1.19323124174	-0.0539002834	1.27722377742	0.0114185229626	0.182759991652	-0.0802393696583	-0.0196257551104	0.461403247677	-0.0152218728728	0.32220077736	57.5978647656	46.8661922283	66.7629749075
3	0.947221441682	1.3772452181	-0.361991534915	4.42402583743	-0.0802523794011	1.61026455477	-0.171936471379	0.199984433967	0.109165409248	-0.47448946788	0.211169702491	0.16283463783	-0.248761504815	0.0857504363039	-0.0670903447675	0.208154890417	-0.0642950979617	-0.0344599292878	0.206497153107	0.0148213263389	0.122365766194	42.1874898349	51.6095500642	60.3125144396
4	9.61508845944	6.3475580516	3.18500487761	7.49905982788	5.59417719764	4.82463207626	0.499854097047	0.140273512198	-0.616406639117	0.171304013522	0.0299431560354	-0.0442093070118	1.7999238396	0.179072027895	-0.515177188342	0.402149842575	-0.0674240683476	-0.0307438857924	0.191989504474	0.013213126187	0.234575981771	28.7638438117	21.3053925353	65.079250102
5	8.45188707392	7.74405345248	3.93508897819	9.15410477801	5.62634509835	9.27972029399	0.0519036912269	-0.00639322641759	0.152118649487	0.00811207026805	-0.100819742326	0.262984837807	-0.0141006967518	-0.812287210386	0.0893021870199	0.118133534807	-0.0238671952273	-0.0118290477653	0.276100229946	0.0253801188043	0.139884172416	24.6172197625	35.6738866143	63.575326379
6	6.07410542823	1.15206794527	3.81857553287	4.90366021369	4.76787120685	6.41487953208	-0.148764647771	-0.0339457996509	0.128444333864	-0.315942164971	-0.212702867129	0.404615671121	-0.35746331456	-1.00202411427	0.224218694068	0.1852779335	-0.0168845194915	-0.0255614299715	0.27762023216	0.0277481739781	0.178950433637	25.0311640232	38.7056461351	61.0402059433
7	8.33265125387	6.52772281254	-1.37934455457	5.69259577796	-1.18121989636	8.64134041339	0.260714008537	-0.234665557451	-0.232156054569	0.414963358609	-0.221057756384	0.0129086067944	0.215926061338	-0.00982306295734	0.0150036956272	0.120183599594	-0.020471626275	-0.00851174969826	0.114139739936	-0.0105276528487	0.0998839221075	31.9028164883	33.8577864485	73.5987938007
8	2.37965614038	1.04853038816	2.07217306715	3.45772837219	1.30164440828	8.69880479297	-0.0157866148151	0.124589858491	-0.315386281495	-0.137151975771	0.167899176008	-0.166889468548	0.576756489327	0.103370485288	-0.159727032355	0.164358860392	-0.0327503167134	0.00981393113855	0.131266937265	-0.0249451734261	0.121206629008	37.5185925453	29.6956579347	63.2465166562
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16	5.18070891174	3.02281119984	1.06476874536	6.43618415307	-1.47649391777	1.20074673116	0.162817830803	-1.53339865335	-0.239260175898	1.96143587435	-0.940424028522	0.775060750443	0.307105048977	-0.756677732068	0.566904432855	1.14345112664	-0.600602746938	0.36606609583	1.11815321535	-0.286599086205	0.756977067522	20.273347551	37.0853460711	91.1356115239

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 90 through 103 )	A	A	90 - 103	1 - 14
2	2	chain 'A' and (resid 104 through 114 )	A	A	104 - 114	15 - 25
3	3	chain 'A' and (resid 115 through 166 )	A	A	115 - 166	26 - 77
4	4	chain 'A' and (resid 167 through 179 )	A	A	167 - 179	78 - 90
5	5	chain 'A' and (resid 180 through 195 )	A	A	180 - 195	91 - 106
6	6	chain 'A' and (resid 196 through 220 )	A	A	196 - 220	107 - 131
7	7	chain 'A' and (resid 221 through 234 )	A	A	221 - 234	132 - 145
8	8	chain 'A' and (resid 235 through 260 )	A	A	235 - 260	146 - 171
9	9	chain 'A' and (resid 261 through 276 )	A	A	261 - 276	172 - 187
10	10	chain 'A' and (resid 277 through 288 )	A	A	277 - 288	188 - 199
11	11	chain 'B' and (resid 90 through 114 )	B	B	90 - 114	1 - 25
12	12	chain 'B' and (resid 115 through 152 )	B	B	115 - 152	26 - 63
13	13	chain 'B' and (resid 153 through 190 )	B	B	153 - 190	64 - 101
14	14	chain 'B' and (resid 191 through 204 )	B	B	191 - 204	102 - 115
15	15	chain 'B' and (resid 205 through 276 )	B	B	205 - 276	116 - 187
16	16	chain 'B' and (resid 277 through 288 )	B	B	277 - 288	188 - 199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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