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Yorodumi- PDB-8sbf: Full-length structure of the LysR-type transcriptional regulator,... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sbf | ||||||
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Title | Full-length structure of the LysR-type transcriptional regulator, ACIAD0746, from Acinetobacter baylyi | ||||||
Components | Putative transcriptional regulator (LysR family) | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / LysR-type / LTTR / transcriptional regulator / cysteine biosynthesis / sulfur metabolism / sulfite | ||||||
Function / homology | LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / DNA-binding transcription factor activity / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Putative transcriptional regulator (LysR family) Function and homology information | ||||||
Biological species | Acinetobacter baylyi ADP1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.29 Å | ||||||
Authors | Momany, C. / Nune, M. / Brondani, J.C. / Afful, D. / Neidle, E. / Galloway, N.R. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: FinR, a LysR-type transcriptional regulator involved in sulfur homeostasis with homologs in diverse microorganisms Authors: Momany, C. / Nune, M. / Brondani, J.C. / Afful, D. / Neidle, E. / Galloway, N.R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8sbf.cif.gz | 833.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8sbf.ent.gz | 584.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8sbf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8sbf_validation.pdf.gz | 470.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8sbf_full_validation.pdf.gz | 483.9 KB | Display | |
Data in XML | 8sbf_validation.xml.gz | 48.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8sbf_validation.cif.gz | 68.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/8sbf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8sbhC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33478.625 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Polyhistidine purification tag added to C-terminus / Source: (gene. exp.) Acinetobacter baylyi ADP1 (bacteria) / Gene: ACIAD0746 / Plasmid: pET28b(+).SapKO-CH.ACIAD0746 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q6FE56 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: microbatch / pH: 7.5 Details: ACIAD0746 was dialyzed against 20 mM TRIS, 500 mM NaCl, 10 mM mercaptolethanol, 10% glycerol, pH 8. 2 microL protein was mixed with 2 microL Hampton Research HR-CSI-23 (0.2 M MgCl2, 0.1 M ...Details: ACIAD0746 was dialyzed against 20 mM TRIS, 500 mM NaCl, 10 mM mercaptolethanol, 10% glycerol, pH 8. 2 microL protein was mixed with 2 microL Hampton Research HR-CSI-23 (0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v PEG 400) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2012 / Details: Insertion device | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.29→100 Å / Num. obs: 57811 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.582 / Net I/av σ(I): 45.9 / Net I/σ(I): 19.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.29→26.45 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.7333 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.29→26.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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