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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sap | ||||||
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タイトル | Crystal structure of class III lanthipeptide synthetase ThurKC | ||||||
![]() | Class III lanthionine synthetase LanKC | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / lanthipeptide / synthetase / kinase / lyase / cyclase / complex / class III / RIPP / natural product / transferase / bacterial / labionin | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptide modification / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hernandez Garcia, A. / Nair, S.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and Function of a Class III Metal-Independent Lanthipeptide Synthetase. 著者: Hernandez Garcia, A. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 363.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 282.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8samC ![]() 8saoC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 4 - 863 / Label seq-ID: 7 - 866
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 100018.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lanKC / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 % / 解説: plates |
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結晶化 | 温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis tris propane/ hydrochloric acid pH 7.5, 200 mM sodium fluoride, and 3% 2-propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12706 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.52→115.115 Å / Num. obs: 68899 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.52→2.528 Å / Rmerge(I) obs: 0.824 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 698 / CC1/2: 0.829 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.984 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.52→115.115 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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