PDB-8sap: Crystal structure of class III lanthipeptide synthetase ThurKC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sap

タイトル

Crystal structure of class III lanthipeptide synthetase ThurKC

要素

Class III lanthionine synthetase LanKC

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / lanthipeptide / synthetase / kinase / lyase / cyclase / complex / class III / RIPP / natural product / transferase / bacterial / labionin

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide modification / protein kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis serovar andalousiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Hernandez Garcia, A. / Nair, S.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: Structure and Function of a Class III Metal-Independent Lanthipeptide Synthetase.
著者: Hernandez Garcia, A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2023年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sap.cif.gz	363.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sap.ent.gz	282.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sap.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8sap_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sap_full_validation.pdf.gz	486.6 KB	表示
XML形式データ	8sap_validation.xml.gz	62.7 KB	表示
CIF形式データ	8sap_validation.cif.gz	86.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sap ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sap	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8samC 8saoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Class III lanthionine synthetase LanKC

B: Class III lanthionine synthetase LanKC

200 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Class III lanthionine synthetase LanKC

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
100 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Class III lanthionine synthetase LanKC

登録者が定義した集合体
100 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.296, 230.230, 84.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.617, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 4 - 863 / Label seq-ID: 7 - 866

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Class III lanthionine synthetase LanKC 分子量: 100018.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar andalousiensis (バクテリア) 遺伝子: lanKC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6H0TJ16
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.29 % / 解説: plates
結晶化	温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis tris propane/ hydrochloric acid pH 7.5, 200 mM sodium fluoride, and 3% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12706 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月30日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12706 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→115.115 Å / Num. obs: 68899 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.52→2.528 Å / R_merge(I) obs: 0.824 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 698 / CC_1/2: 0.829

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.52→115.115 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 11.409 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.578 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	3422	4.967 %
R_work	0.1892	65477	-
all	0.192	-	-
obs	-	68899	98.889 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.056 Å²	0 Å²	-1.312 Å²
2-	-	3.1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.293 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→115.115 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13522	0	0	384	13906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	13787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.239	1.626	18601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.092	5	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.94	23.814	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.603	15	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.298	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	6664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	9533
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	662
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.131	8.668	6693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.332	12.982	8354
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.66	9.003	7094
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.95	13.358	10247
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.335	114.649	21504
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.148	0.05	25536

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14843	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14843	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.52-2.585	0.38	247	0.314	4830	0.317	5103	0.635	0.683	99.4905	0.305
2.585-2.656	0.305	251	0.272	4740	0.274	5022	0.776	0.791	99.3827	0.26
2.656-2.733	0.291	247	0.241	4619	0.244	4906	0.833	0.85	99.1847	0.226
2.733-2.817	0.337	240	0.234	4431	0.239	4713	0.817	0.864	99.1088	0.22
2.817-2.909	0.264	212	0.214	4377	0.216	4627	0.885	0.895	99.1787	0.199
2.909-3.011	0.27	219	0.204	4030	0.208	4401	0.87	0.903	96.5462	0.188
3.011-3.125	0.282	210	0.19	3970	0.194	4306	0.885	0.917	97.0739	0.175
3.125-3.252	0.25	196	0.185	3932	0.188	4151	0.898	0.925	99.4459	0.172
3.252-3.397	0.28	185	0.19	3729	0.194	3936	0.888	0.924	99.4411	0.18
3.397-3.563	0.253	186	0.178	3547	0.182	3753	0.915	0.938	99.4671	0.174
3.563-3.755	0.246	183	0.181	3407	0.184	3616	0.914	0.941	99.281	0.179
3.755-3.983	0.236	170	0.182	3225	0.185	3417	0.929	0.943	99.3562	0.184
3.983-4.257	0.227	142	0.171	3063	0.174	3219	0.936	0.948	99.5651	0.182
4.257-4.598	0.242	144	0.164	2828	0.168	2979	0.931	0.95	99.765	0.179
4.598-5.036	0.249	132	0.163	2592	0.167	2742	0.917	0.947	99.3435	0.183
5.036-5.629	0.214	131	0.185	2286	0.187	2472	0.937	0.94	97.7751	0.206
5.629-6.497	0.26	101	0.209	2003	0.211	2190	0.915	0.932	96.0731	0.233
6.497-7.951	0.208	103	0.182	1767	0.184	1873	0.95	0.95	99.8398	0.216
7.951-11.218	0.182	81	0.151	1359	0.153	1441	0.957	0.965	99.9306	0.192
11.218-115.115	0.358	42	0.236	742	0.242	806	0.875	0.92	97.2705	0.383

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関連情報:EMDBヘッダ

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