PDB-8sam: Crystal structure of class III lanthipeptide synthetase LP-GS-Thu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sam

タイトル

Crystal structure of class III lanthipeptide synthetase LP-GS-ThurKC in complex with ATP

要素

Class III lanthipeptide, Class III lanthionine synthetase LanKC fusion

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / lanthipeptide / synthetase / kinase / lyase / cyclase / complex / class III / RIPP / natural product / transferase / bacterial / labionin

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide modification / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis serovar andalousiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Hernandez Garcia, A. / Nair, S.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: Structure and Function of a Class III Metal-Independent Lanthipeptide Synthetase.
著者: Hernandez Garcia, A. / Nair, S.K.

履歴

登録	2023年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sam.cif.gz	383.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sam.ent.gz	292.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sam.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8sam_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sam_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8sam_validation.xml.gz	63 KB	表示
CIF形式データ	8sam_validation.cif.gz	88.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sa/8sam	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Class III lanthipeptide, Class III lanthionine synthetase LanKC fusion

B: Class III lanthipeptide, Class III lanthionine synthetase LanKC fusion

ヘテロ分子

207 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Class III lanthipeptide, Class III lanthionine synthetase LanKC fusion

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
103 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Class III lanthipeptide, Class III lanthionine synthetase LanKC fusion

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
103 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.025, 228.659, 84.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.504, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: -29 - 862 / Label seq-ID: 3 - 894

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Class III lanthipeptide, Class III lanthionine synthetase LanKC fusion 分子量: 102906.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar andalousiensis (バクテリア) 遺伝子: EVG22_32215, EVG22_32220, EVG22_32230, EVG22_32235, EVG22_32240, lanKC プラスミド: pET His6 TEV LIC cloning vector (2B-T) / 詳細 (発現宿主): Addgene plasmid #29666 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U1BAR4, UniProt: A0A6H0TJ16
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.73 % / 解説: large plate crystals
結晶化	温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium citrate tribasic monohydrate and 19 % w/v PEG 3350, protein incubated at 18 mg/mL with 3mM ATP and 3mM Magnesium Chloride and soaked for 6 hours with 7 mM ATP and 7 mM Calcium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.00798 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→49.005 Å / Num. obs: 94386 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.157 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 1.372 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 928 / CC_1/2: 0.376 / R_rim(I) all: 1.555 / % possible all: 82.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→49.005 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 9.275 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.23 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2505	4665	4.95 %
R_work	0.203	89583	-
all	0.205	-	-
obs	-	94248	86.441 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.008 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.855 Å²	-0 Å²	-0.701 Å²
2-	-	3.844 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.553 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.005 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13860	0	64	405	14329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	14192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.192	1.627	19161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.808	5	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.094	23.9	741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.202	15	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.509	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10568
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	6775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	9861
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.27	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.969	5.848	6860
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.991	8.757	8561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.614	6.159	7332
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.668	9.092	10600
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.302	77.469	22003
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.131	0.05	27496

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13125	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13125	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.206	0.359	352	0.359	6766	X-RAY DIFFRACTION	88.7089
2.206-2.266	0.354	214	0.356	4123	X-RAY DIFFRACTION	55.087
2.266-2.332	0.337	343	0.323	6829	X-RAY DIFFRACTION	93.8375
2.332-2.404	0.307	334	0.284	6595	X-RAY DIFFRACTION	93.5719
2.404-2.483	0.288	313	0.256	6388	X-RAY DIFFRACTION	92.979
2.483-2.57	0.29	332	0.242	6091	X-RAY DIFFRACTION	92.3508
2.57-2.667	0.282	320	0.23	5769	X-RAY DIFFRACTION	91.303
2.667-2.775	0.278	293	0.212	5566	X-RAY DIFFRACTION	90.8654
2.775-2.899	0.283	285	0.212	5237	X-RAY DIFFRACTION	88.9497
2.899-3.04	0.28	238	0.205	4599	X-RAY DIFFRACTION	81.8859
3.04-3.204	0.27	241	0.208	4648	X-RAY DIFFRACTION	86.6998
3.204-3.399	0.288	245	0.204	4596	X-RAY DIFFRACTION	90.4691
3.399-3.633	0.23	217	0.185	4252	X-RAY DIFFRACTION	89.3443
3.633-3.924	0.226	198	0.176	3895	X-RAY DIFFRACTION	88.0973
3.924-4.298	0.224	191	0.17	3534	X-RAY DIFFRACTION	86.8501
4.298-4.804	0.203	167	0.154	3132	X-RAY DIFFRACTION	84.2226
4.804-5.546	0.207	141	0.175	2618	X-RAY DIFFRACTION	80.8854
5.546-6.788	0.28	100	0.195	2143	X-RAY DIFFRACTION	76.4485
6.788-9.583	0.194	83	0.155	1831	X-RAY DIFFRACTION	85.7143
9.583-49.005	0.183	58	0.174	972	X-RAY DIFFRACTION	81.0386

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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