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万見
- PDB-8s8o: Solution Structure of cAMP-dependent Protein Kinase RII-alpha Sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s8o
タイトルSolution Structure of cAMP-dependent Protein Kinase RII-alpha Subunit Dimerization and Docking Domain Complex with Microtubule Associated Protein 2c (84-111)
要素
  • Isoform 3 of Microtubule-associated protein 2
  • cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
キーワードPROTEIN BINDING / AKAP / PKA / MAP2c / IDP / protein-protein complex / 4-helix bundle / microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


CA3 pyramidal cell dendrite / primary dendrite / apical distal dendrite / positive regulation of anterograde synaptic vesicle transport / proximal neuron projection / : / positive regulation of anterograde dense core granule transport / regulation of organelle transport along microtubule / distal dendrite / basal dendrite ...CA3 pyramidal cell dendrite / primary dendrite / apical distal dendrite / positive regulation of anterograde synaptic vesicle transport / proximal neuron projection / : / positive regulation of anterograde dense core granule transport / regulation of organelle transport along microtubule / distal dendrite / basal dendrite / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / ROBO receptors bind AKAP5 / dendritic filopodium / negative regulation of axon extension / dystroglycan binding / nucleotide-activated protein kinase complex / proximal dendrite / negative regulation of microtubule depolymerization / axon hillock / dendritic branch / axon initial segment / apical dendrite / microtubule bundle formation / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / dendrite morphogenesis / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / cAMP-dependent protein kinase complex / negative regulation of microtubule polymerization / ciliary base / establishment of cell polarity / protein kinase A catalytic subunit binding / central nervous system neuron development / dendrite development / dendritic growth cone / PKA activation in glucagon signalling / plasma membrane raft / DARPP-32 events / Hedgehog 'off' state / cAMP binding / dendrite cytoplasm / SH2 domain binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / axonogenesis / nuclear periphery / dendritic shaft / response to progesterone / microtubule cytoskeleton organization / ruffle membrane / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron projection development / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / response to estradiol / actin cytoskeleton / regulation of protein localization / actin binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / microtubule cytoskeleton / cell body / microtubule binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / microtubule / postsynapse / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / intracellular signal transduction / protein domain specific binding / focal adhesion / neuronal cell body / centrosome / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / protein-containing complex / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MAP2/Tau projection / MAP2/Tau projection domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...MAP2/Tau projection / MAP2/Tau projection domain / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / Microtubule-associated protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics / simulated annealing
データ登録者Bartosik, V. / Lanikova, A. / Janackova, Z. / Padrta, P. / Zidek, L.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation20-12669S チェコ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural basis of binding the unique N-terminal domain of microtubule-associated protein 2c to proteins regulating kinases of signaling pathways.
著者: Bartosik, V. / Plucarova, J. / Lanikova, A. / Janackova, Z. / Padrta, P. / Jansen, S. / Varecka, V. / Gruber, T. / Feller, S.M. / Zidek, L.
履歴
登録2024年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
C: Isoform 3 of Microtubule-associated protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5953
ポリマ－14,5953
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit


分子量: 5789.617 Da / 分子数: 2
断片: N-terminal docking and dimerization domain, residues 1-52
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAR2A, PKR2, PRKAR2 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: P13861
#2: タンパク質・ペプチド Isoform 3 of Microtubule-associated protein 2 / MAP-2


分子量: 3015.349 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal PKA binding region, residues 80-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Map2, Mtap2 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: P15146

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
132isotropic13D 1H-15N NOESY
142isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
151isotropic13D 1H-15N NOESY filtered
161isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic filtered
172isotropic13D 1H-15N NOESY filtered
182isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic filtered
191isotropic12D 1H-15N HSQC
1122isotropic12D 1H-15N HSQC
1113anisotropic12D 1H-15N HSQC
1104isotropic12D 1H-15N HSQC
1143anisotropic12D 1H-15N HSQC IPAP
1134isotropic12D 1H-15N HSQC IPAP
1151isotropic13D HNCA
1161isotropic13D HN(CO)CA
1171isotropic13D HN(CA)CB
1181isotropic13D CBCA(CO)NH
1191isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1205isotropic23D 1H-15N NOESY
1215isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1225isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1232isotropic13D HNCA
1242isotropic13D HN(CO)CA
1252isotropic13D HN(CA)CB
1262isotropic13D CBCA(CO)NH
1272isotropic33D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution10.5 mM [U-13C; U-15N] Microtubule associated protein 2c, 2 mM cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit, 50 mM MOPS, 100 mM sodium chloride, 10 % v/v D2O, 17 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O(13C_15N)MAP2c_RIIDD90% H2O/10% D2O
solution20.56 mM Microtubule associated protein 2c, 1.12 mM [U-13C; U-15N] cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit, 50 mM MOPS, 100 mM sodium chloride, 10 % v/v D2O, 10 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2OMAP2c_(13C_15N)RIIDD90% H2O/10% D2O5mm tube
filamentous virus30.1 mM [U-15N] Microtubule associated protein 2c, 0.4 mM cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit, 50 mM MOPS, 100 mM sodium chloride, 8 % v/v D2O, 40 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O(15N)MAP2c_RIIDD_Pf190% H2O/10% D2O5mm tube
solution40.23 mM [U-15N] Microtubule associated protein 2c, 0.92 mM cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit, 50 mM MOPS, 100 mM sodium chloride, 7.5 % v/v D2O, 90% H2O/10% D2O(15N)MAP2c_RIIDD_CTRL90% H2O/10% D2O5mm Shigemi tube
solution50.45 mM I,V-13C; I,L,V-15N Microtubule associated protein 2c, 1.8 mM cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit, 50 mM MOPS, 100 mM sodium chloride, 7.5 % v/v D2O, 90% H2O/10% D2O(speclab)MAP2c_RIIDD90% H2O/10% D2O5mm Shigemi tube
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMicrotubule associated protein 2c[U-13C; U-15N]1
2 mMcAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunitnatural abundance1
50 mMMOPSnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
10 % v/vD2Onatural abundance1
17 mMsodium azidenatural abundance1
0.56 mMMicrotubule associated protein 2cnatural abundance2
1.12 mMcAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit[U-13C; U-15N]2
50 mMMOPSnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
10 % v/vD2Onatural abundance2
10 mMsodium azidenatural abundance2
0.1 mMMicrotubule associated protein 2c[U-15N]3
0.4 mMcAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunitnatural abundance3
50 mMMOPSnatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
8 % v/vD2Onatural abundance3
40 mg/mLPf1 phagenatural abundance3
0.23 mMMicrotubule associated protein 2c[U-15N]4
0.92 mMcAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunitnatural abundance4
50 mMMOPSnatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
7.5 % v/vD2Onatural abundance4
0.45 mMMicrotubule associated protein 2cI,V-13C; I,L,V-15N5
1.8 mMcAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunitnatural abundance5
50 mMMOPSnatural abundance5
100 mMsodium chloridenatural abundance5
7.5 % v/vD2Onatural abundance5
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: 1 / pH: 6.9 / 圧: 1 bar / 温度: 300.2 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9501
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD8502
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospincollection
NMRPipe11.2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.115Goddardpeak picking
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
CYANA3.98.15Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
SCULPTOR3.1Charavay, Eynard, Hus, Bouvignies and Blackledgestructure calculation
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
SCULPTOR3.1Charavay, Eynard, Hus, Bouvignies and Blackledge精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
molecular dynamics1MDSA SCULPTOR-CNS TIP3P
simulated annealing2MDSA SCULPTOR-CNS TIP3P
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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