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万見
- PDB-8s7h: Fructose 6-phosphate aldolase (FSA) from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s7h
タイトルFructose 6-phosphate aldolase (FSA) from Escherichia coli
要素Fructose-6-phosphate aldolase 1
キーワードLYASE / fructose 6-phosphate aldolase
機能・相同性
機能・相同性情報


ketone catabolic process / fructose 6-phosphate aldolase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離 / fructose metabolic process / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase type 3B/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase, archaeal/bacterial / Transaldolase active site. / Transaldolase, active site / Transaldolase signature 1. / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-6-phosphate aldolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hebert, H. / Widersten, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private218-0061
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structure of the iminium reaction intermediate in an engineered aldolase explains the carboligation activity toward arylated ketones and aldehydes.
著者: Hans Hebert / Eda Sönmez / Pasi Purhonen / Mikael Widersten /
要旨: Two structures of fructose 6-phosphate aldolase, the wild-type and an engineered variant containing five active-site mutations, have been solved by cryoelectron microscopy (cryo-EM). The engineered ...Two structures of fructose 6-phosphate aldolase, the wild-type and an engineered variant containing five active-site mutations, have been solved by cryoelectron microscopy (cryo-EM). The engineered variant affords production of aldols from aryl substituted ketones and aldehydes. This structure was solved to a resolution of 3.1 Å and contains the critical iminium reaction intermediate trapped in the active site. This provides new information that rationalizes the acquired substrate scope and aids in formulating hypotheses of the chemical mechanism. A Tyr residue (Y131) is positioned for a role as catalytic acid/base during the aldol reaction and the different structures demonstrate mobility of this amino acid residue. Further engineering of this fructose 6-phosphate aldolase (FSA) variant, guided by this new structure, identified additional FSA variants that display improved carboligation activities with 2-hydroxyacetophenone and phenylacetaldehyde.
履歴
登録2024年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-6-phosphate aldolase 1
B: Fructose-6-phosphate aldolase 1
C: Fructose-6-phosphate aldolase 1
D: Fructose-6-phosphate aldolase 1
E: Fructose-6-phosphate aldolase 1
F: Fructose-6-phosphate aldolase 1
G: Fructose-6-phosphate aldolase 1
H: Fructose-6-phosphate aldolase 1
I: Fructose-6-phosphate aldolase 1
J: Fructose-6-phosphate aldolase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,95710
ポリマ－238,95710
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area36110 Å2
ΔGint-326 kcal/mol
Surface area75580 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Fructose-6-phosphate aldolase 1 / Fructose-6-phosphate aldolase A / FSAA


分子量: 23895.672 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The C-terminal TSHHHHH is a His-tag not observed in the map.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fsaA, fsa, mipB, ybiZ, b0825, JW5109 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P78055, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Fructose 6-phosphate aldolase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21-AI
緩衝液pH: 8.35
緩衝液成分濃度: 40 mM / 名称: bicine / 式: C6H13NO4
試料濃度: 2.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 48.64 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816
詳細: Images were collected in movie-mode, 45 frames at a dose of 1.08 e-/A2.
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Xmipp粒子像選択
2EPU2.11.1画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 251491
対称性点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162766 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 190 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: Initial fitting using Chimera and then Phenix
原子モデル構築PDB-ID: 1L6W

1l6w


Accession code: 1L6W / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00416380
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.97122290
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0352310
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0472730
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052860

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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