PDB-8s6z: CD28 in complex with the antibody Fab fragment AI3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s6z

タイトル

CD28 in complex with the antibody Fab fragment AI3

要素

Heavy chain Fab fragment of AI3 antibody
Light chain of AI3 antibody
T-cell-specific surface glycoprotein CD28

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Complex / CD28

機能・相同性

機能・相同性情報

Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Co-stimulation by CD28 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Majocchi, S. / Giovanni, M. / Malinge, P. / Fischer, N. / Svensson, L.A. / Kelpsas, V. / Rose, N.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cancer Immunol Res / 年: 2025
タイトル: NI-3201 Is a Bispecific Antibody Mediating PD-L1-Dependent CD28 Co-stimulation on T Cells for Enhanced Tumor Control.
著者: Majocchi, S. / Lloveras, P. / Nouveau, L. / Legrand, M. / Viandier, A. / Malinge, P. / Charreton, M. / Raymond, C. / Pace, E.A. / Millard, B.L. / Svensson, L.A. / Kelpsas, V. / Anceriz, N. / ...

履歴

登録	2024年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年1月22日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_assembly_gen Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.3	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s6z.cif.gz	535.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s6z.ent.gz	376.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/8s6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/8s6z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Heavy chain Fab fragment of AI3 antibody

B: Light chain of AI3 antibody

C: T-cell-specific surface glycoprotein CD28

D: Heavy chain Fab fragment of AI3 antibody

E: Light chain of AI3 antibody

F: T-cell-specific surface glycoprotein CD28

ヘテロ分子

131 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Heavy chain Fab fragment of AI3 antibody

B: Light chain of AI3 antibody

C: T-cell-specific surface glycoprotein CD28

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
65.6 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Heavy chain Fab fragment of AI3 antibody

E: Light chain of AI3 antibody

F: T-cell-specific surface glycoprotein CD28

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
65.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.874, 117.939, 145.719
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	1 - 212	1 - 216
2	1	1	1 - 212	1 - 216
3	2	2	1 - 212	1 - 216
4	2	2	1 - 212	1 - 216
5	3	3	1 - 118	1 - 122
6	3	3	1 - 118	1 - 122

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質	T-cell-specific surface glycoprotein CD28 / TP44 分子量: 15159.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD28 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P10747

-
抗体 , 2種, 4分子 ADBE

#1: 抗体	Heavy chain Fab fragment of AI3 antibody 分子量: 23468.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Light chain of AI3 antibody 分子量: 24212.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 10分子

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#8: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 66分子

#5: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: Crystallization trials were set up using the CD28-AI3 Fab at 15.8 mg/mL in phosphate buffered saline (PBS) pH 7.4. Drops were set up using 100 nl protein and 100 nL reservoir solution ...詳細: Crystallization trials were set up using the CD28-AI3 Fab at 15.8 mg/mL in phosphate buffered saline (PBS) pH 7.4. Drops were set up using 100 nl protein and 100 nL reservoir solution containing 200 mM zinc acetate, 0.1 M imidazole pH 8.0, 20% w/v PEG 3000.

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Crystallization trials were set up using the CD28-AI3 Fab at 15.8 mg/mL in phosphate buffered saline (PBS) pH 7.4. Drops were set up using 100 nl protein and 100 nL reservoir solution ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX IV

/ ビームライン: BioMAX / 波長: 0.999873 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.999873 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.05→91.843 Å / Num. obs: 25981 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.243 / R_pim(I) all: 0.112 / R_rim(I) all: 0.268 / Χ²: 99.5 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.63-91.67	8.9	0.057	1279	0.998	0.026	0.063
3.05-3.26	10.5	1.912	4612	0.602	0.884	2.112

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
EDNA		データ収集
XDS	Jun 30, 2023	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.05→91.843 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 57.088 / SU ML: 0.445 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.478 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2575	1327	5.118 %
R_work	0.1975	24599	-
all	0.201	-	-
obs	-	25926	99.969 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.441 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.175 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.263 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.912 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→91.843 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8507	0	251	27	8785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	8939
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.687	1.811	12147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.586	1.733	18854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.844	5	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.267	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.976	10	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.974	10	358
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	7353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	4178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	5062
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.071	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.137	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.248	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.109	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.864	6.84	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.863	6.841	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.17	12.311	5532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.169	12.311	5533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.117	7.394	4505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.116	7.395	4506
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.172	13.368	6615
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.171	13.368	6616
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.784	86.363	35237
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.785	86.365	35229
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.057	0.05	6379
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.051	0.05	6725
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.113	0.05	3487

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05722	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05722	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05091	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05091	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11281	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11281	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.05-3.129	0.365	98	0.359	1779	0.359	1877	0.878	0.871	100	0.361
3.129-3.215	0.332	95	0.328	1746	0.329	1841	0.875	0.894	100	0.325
3.215-3.308	0.311	91	0.291	1693	0.292	1784	0.927	0.93	100	0.284
3.308-3.41	0.288	85	0.253	1653	0.255	1738	0.947	0.95	100	0.239
3.41-3.521	0.238	75	0.216	1616	0.217	1691	0.954	0.966	100	0.199
3.521-3.645	0.285	90	0.204	1552	0.208	1642	0.924	0.97	100	0.186
3.645-3.782	0.237	71	0.205	1487	0.206	1558	0.955	0.971	100	0.181
3.782-3.936	0.284	61	0.178	1467	0.182	1529	0.944	0.976	99.9346	0.157
3.936-4.111	0.249	93	0.157	1378	0.162	1471	0.959	0.983	100	0.136
4.111-4.311	0.227	96	0.14	1310	0.146	1406	0.97	0.986	100	0.124
4.311-4.544	0.217	66	0.126	1270	0.131	1336	0.969	0.989	100	0.112
4.544-4.819	0.195	66	0.139	1196	0.142	1262	0.971	0.988	100	0.126
4.819-5.15	0.191	55	0.133	1151	0.136	1206	0.973	0.99	100	0.122
5.15-5.561	0.208	55	0.157	1053	0.159	1108	0.974	0.987	100	0.143
5.561-6.09	0.236	44	0.174	998	0.177	1043	0.964	0.984	99.9041	0.159
6.09-6.805	0.281	57	0.178	879	0.184	936	0.959	0.979	100	0.164
6.805-7.851	0.297	49	0.192	806	0.197	856	0.952	0.977	99.8832	0.181
7.851-9.598	0.268	35	0.198	686	0.201	722	0.961	0.981	99.8615	0.197
9.598-13.5	0.227	23	0.231	548	0.231	571	0.983	0.978	100	0.236
13.5-91.843	0.41	22	0.465	331	0.461	357	0.924	0.886	98.8796	0.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6313	-0.6732	0.5196	2.4504	-1.7884	4.4627	0.0525	0.0259	0.0922	-0.0923	0.1084	0.198	-0.1274	-0.3075	-0.1609	0.0546	0.0036	0.062	0.0337	0.0002	0.2314	18.9512	-9.6231	-27.0977
2	0.6774	-0.316	0.6921	1.1699	-1.1217	1.9469	-0.0386	0.0108	0.2014	0.2146	-0.0826	-0.1693	-0.326	0.1057	0.1211	0.1847	-0.0054	-0.0093	0.0183	0.0317	0.2405	33.5936	-0.7706	-31.9535
3	0.7791	0.8909	-2.3997	6.2928	-4.0211	7.7904	0.1095	-0.0399	-0.07	0.3055	-0.238	-0.2223	-0.3347	0.2482	0.1286	0.1656	0.0733	-0.0506	0.1139	-0.0518	0.2216	33.1666	-31.2059	10.9089
4	2.2611	1.2642	-1.993	2.6287	-2.4387	3.0617	0.0357	0.1996	0.1666	-0.0681	0.1682	0.3028	0.23	-0.2274	-0.2038	0.199	0.0045	-0.0688	0.0394	-0.011	0.194	21.9338	-22.3846	-54.2006
5	1.2317	0.8283	-0.524	2.1393	-1.2115	1.1264	0.0732	0.1495	-0.1834	-0.0836	-0.2795	-0.2561	0.1431	0.1085	0.2064	0.24	0.0639	0.0267	0.1118	0.0107	0.1259	32.7544	-33.4232	-45.7097
6	1.0291	0.0068	-0.1735	5.7356	-2.6037	6.0143	-0.0788	-0.2095	0.0582	0.0802	-0.0988	-0.1306	0.2569	0.3299	0.1776	0.0423	0.016	0.0582	0.1255	-0.0609	0.1885	49.5484	-2.5876	-84.6164

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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