PDB-8s67: Galectin-3 with a small molecule inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s67

タイトル

Galectin-3 with a small molecule inhibitor

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of NK T cell activation / mononuclear cell migration / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.097 Å

データ登録者

Mac Sweeney, A. / Sager, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Galectin-3 with a small molecule inhibitor
著者: Remen, L. / Zumbrunn, C. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Mac Sweeney, A. / Gatfield, J. / Huehn, E. / Vercauteren, E. / Fournier, E. / Schmidt, G. / Davenport, R. / Iglarz, M. / Nayler, O. / Bolli, M.H.

履歴

登録	2024年2月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s67.cif.gz	171.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s67.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/8s67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/8s67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rr7C 8rr8C 8rr9C 8rraC 8rrbC 8rrcC 8rreC 8rrfC 8rrgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.448, 56.887, 61.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-A1H5A / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(1-~{tert}-butyl-1,2,3-triazol-4-yl)methyl]-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-4-[4-[3,4,5-tris(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]oxan-3-ol 分子量: 496.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇F₃N₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4M Sodium malonate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.886 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.886 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.097→30.708 Å / Num. obs: 51801 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 8.8 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 2590 / CC_1/2: 0.828 / R_rim(I) all: 0.847 / % possible all: 79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.097→30.708 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / WR_factor R_free: 0.157 / WR_factor R_work: 0.139 / SU B: 0.913 / SU ML: 0.02 / Average fsc free: 0.9854 / Average fsc work: 0.9898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1535	2531	4.886 %
R_work	0.1361	49267	-
all	0.137	-	-
obs	-	51798	98.009 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.235 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.827 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.144 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.317 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.097→30.708 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1103	0	38	175	1316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.862	1.883	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.697	1.835	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.578	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.033	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.129	10	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.376	10	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.037	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.12	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.142	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.82	0.652	567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.768	0.649	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.106	1.171	711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.11	1.172	712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.591	0.901	643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.569	0.899	643
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.628	1.554	943
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.593	1.551	943
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.785	11.629	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.363	8.33	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.79	3	2362

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.097-1.125	0.198	154	0.18	2946	0.181	3852	0.979	0.983	80.4777	0.146
1.125-1.156	0.189	185	0.159	3330	0.161	3746	0.984	0.988	93.8334	0.13
1.156-1.189	0.193	183	0.158	3421	0.16	3650	0.981	0.988	98.7397	0.126
1.189-1.226	0.179	172	0.148	3385	0.149	3564	0.977	0.989	99.8036	0.119
1.226-1.266	0.168	178	0.134	3287	0.136	3465	0.984	0.991	100	0.108
1.266-1.31	0.137	168	0.121	3133	0.122	3301	0.99	0.992	100	0.1
1.31-1.36	0.147	174	0.124	3078	0.125	3252	0.986	0.992	100	0.103
1.36-1.415	0.151	149	0.115	2928	0.117	3078	0.987	0.992	99.9675	0.1
1.415-1.478	0.136	152	0.11	2838	0.112	2990	0.988	0.993	100	0.099
1.478-1.55	0.124	124	0.106	2735	0.107	2859	0.991	0.994	100	0.098
1.55-1.634	0.131	125	0.104	2591	0.105	2716	0.99	0.994	100	0.1
1.634-1.732	0.143	115	0.116	2503	0.117	2618	0.988	0.992	100	0.118
1.732-1.852	0.147	99	0.122	2316	0.123	2415	0.987	0.991	100	0.128
1.852-1.999	0.12	112	0.119	2156	0.119	2268	0.993	0.992	100	0.129
1.999-2.189	0.131	107	0.129	2014	0.129	2121	0.989	0.99	100	0.147
2.189-2.446	0.142	83	0.139	1840	0.139	1923	0.987	0.988	100	0.165
2.446-2.822	0.17	70	0.162	1629	0.162	1699	0.983	0.984	100	0.197
2.822-3.448	0.144	88	0.149	1362	0.149	1450	0.987	0.986	100	0.19
3.448-4.846	0.156	61	0.136	1104	0.137	1166	0.984	0.989	99.9142	0.185
4.846-30.708	0.254	32	0.209	671	0.211	704	0.955	0.974	99.858	0.31

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