PDB-8rr8: Galectin-3 with a small molecule inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rr8

タイトル

Galectin-3 with a small molecule inhibitor

要素

Galectin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of NK T cell activation / mononuclear cell migration / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Mac Sweeney, A. / Sager, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Galectin-3 with a small molecule inhibitor
著者: Remen, L. / Zumbrunn, C. / Sager, C.P. / Grisostomi, C. / Mac Sweeney, A. / Gatfield, J. / Huehn, E. / Vercauteren, E. / Fournier, E. / Schmidt, G. / Davenport, R. / Iglarz, M. / Nayler, O. / Bolli, M.H.

履歴

登録	2024年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rr8.cif.gz	166.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rr8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/8rr8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rr7C 8rr9C 8rraC 8rrbC 8rrcC 8rreC 8rrfC 8rrgC 8s67C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Galectin-3

ヘテロ分子

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.500, 57.340, 61.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen 分子量: 15701.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物	ChemComp-A1H2S / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-4-[4-[4-chloranyl-2,3-bis(fluoranyl)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-6-[[1-[(3~{R},4~{R})-4-fluoranyloxolan-3-yl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-oxan-3-ol 分子量: 544.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄ClF₃N₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.1 M DL-Malic acid pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→42.081 Å / Num. obs: 37873 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.46 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 8.66
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 6110 / CC_1/2: 0.257 / R_rim(I) all: 2.02

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→30.994 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 5.818 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2163	1038	5.115 %
R_work	0.166	19256	-
all	0.168	-	-
obs	-	20294	99.926 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.415 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	3.498 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.083 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.994 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1108	0	37	58	1203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.653	1.85	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.585	1.763	2634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.737	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.552	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.284	10	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.57	10	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	175
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.685	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	631
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.222	2.393	570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.203	2.392	570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.355	4.317	716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.356	4.319	717
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.385	2.791	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.378	2.791	637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.931	4.97	931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.924	4.969	932
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.736	27.199	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.587	26.706	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.23	3	2350

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.325	74	0.299	1368	0.3	1444	0.919	0.949	99.8615	0.292
1.539-1.581	0.35	92	0.314	1352	0.317	1444	0.928	0.942	100	0.3
1.581-1.627	0.342	75	0.282	1334	0.286	1409	0.941	0.951	100	0.266
1.627-1.677	0.256	63	0.257	1278	0.257	1341	0.931	0.969	100	0.229
1.677-1.731	0.249	62	0.243	1266	0.244	1328	0.96	0.972	100	0.213
1.731-1.792	0.323	68	0.192	1204	0.199	1272	0.938	0.982	100	0.16
1.792-1.859	0.217	56	0.163	1186	0.165	1242	0.982	0.989	100	0.125
1.859-1.935	0.239	63	0.141	1126	0.146	1190	0.979	0.991	99.916	0.112
1.935-2.021	0.181	55	0.139	1098	0.141	1153	0.982	0.992	100	0.112
2.021-2.119	0.248	65	0.149	1016	0.154	1083	0.96	0.989	99.8153	0.122
2.119-2.233	0.229	63	0.148	991	0.153	1054	0.969	0.988	100	0.127
2.233-2.368	0.288	52	0.139	937	0.145	989	0.947	0.989	100	0.123
2.368-2.53	0.282	58	0.146	878	0.153	937	0.959	0.99	99.8933	0.131
2.53-2.731	0.205	35	0.153	851	0.155	888	0.977	0.988	99.7748	0.14
2.731-2.99	0.246	28	0.171	776	0.174	804	0.961	0.982	100	0.166
2.99-3.339	0.139	33	0.154	710	0.153	743	0.986	0.984	100	0.159
3.339-3.848	0.207	47	0.144	618	0.149	666	0.974	0.987	99.8499	0.154
3.848-4.694	0.102	22	0.137	544	0.135	569	0.993	0.988	99.4728	0.156
4.694-6.564	0.198	16	0.159	444	0.161	460	0.966	0.986	100	0.197
6.564-30.994	0.269	11	0.219	279	0.221	290	0.966	0.973	100	0.249

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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