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- PDB-8s65: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (DXR) as target f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s65
タイトル1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (DXR) as target for anti Toxoplasma gondii compounds: crystal structure, biochemical characterization and biological evaluation of inhibitors
要素1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / NADPH binding / isomerase activity / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / 溶液散乱 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Mazzone, F. / Hoeppner, A. / Reiners, J. / Applegate, V. / Abdullaziz, M. / Gottstein, J. / Wesemann, M. / Kurz, T. / Smits, S.H. / Pfeffer, K.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)270650915 ドイツ
German Research Foundation (DFG)417919780 ドイツ
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2024
タイトル: 1-Deoxy-d-xylulose 5-phosphate reductoisomerase as target for anti Toxoplasma gondii agents: crystal structure, biochemical characterization and biological evaluation of inhibitors.
著者: Mazzone, F. / Hoeppner, A. / Reiners, J. / Gertzen, C.G.W. / Applegate, V. / Abdullaziz, M.A. / Gottstein, J. / Degrandi, D. / Wesemann, M. / Kurz, T. / Smits, S.H.J. / Pfeffer, K.
履歴
登録2024年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,79612
ポリマ－103,7752
非ポリマー2,02110
水1629
1
A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9237
ポリマ－51,8881
非ポリマー1,0356
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8745
ポリマ－51,8881
非ポリマー9864
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.524, 159.524, 75.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGARGARG(chain 'A' and (resid 25 through 465 or resid 467 through 472 or resid 501 through 504))AA25 - 18225 - 182
12LYSLYSALAALA(chain 'A' and (resid 25 through 465 or resid 467 through 472 or resid 501 through 504))AA221 - 464221 - 464
13ALAALAARGARG(chain 'A' and (resid 25 through 465 or resid 467 through 472 or resid 501 through 504))AA467 - 471467 - 471
14NAPNAPNAPNAP(chain 'A' and (resid 25 through 465 or resid 467 through 472 or resid 501 through 504))AC501
15FOMFOMFOMFOM(chain 'A' and (resid 25 through 465 or resid 467 through 472 or resid 501 through 504))AD502
26ARGARGARGARG(chain 'B' and (resid 25 through 182 or resid 221...BB25 - 18225 - 182
27LYSLYSALAALA(chain 'B' and (resid 25 through 182 or resid 221...BB221 - 464221 - 464
28ALAALAARGARG(chain 'B' and (resid 25 through 182 or resid 221...BB467 - 471467 - 471
29NAPNAPFOMFOM(chain 'B' and (resid 25 through 182 or resid 221...BI - J501 - 502

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase


分子量: 51887.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: TGME49_214850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: S8ESX0, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase

-
非ポリマー , 5種, 19分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FOM / 3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / FOSMIDOMYCIN / 3-ホスホノ1-(N-ホルミルヒドロキシアミノ)プロパン


分子量: 183.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10NO5P / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
溶液散乱

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM Na citrate tribasic, 27% PEG smear low, 150 mM HEPES pH 7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.918402 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918402 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→66.5 Å / Num. obs: 35431 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 65.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.56→2.61 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 3503 / CC1/2: 0.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.56→66.5 Å / SU ML: 0.3427 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.9303
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2254 2004 5.66 %
Rwork0.1937 33427 -
obs0.1956 35431 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→66.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6275 0 124 9 6408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02166532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.02618877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07781002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01281148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.4979940
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.620.39641400.32852378X-RAY DIFFRACTION98.63
2.62-2.690.37211410.2962354X-RAY DIFFRACTION99.52
2.69-2.770.35241440.27642386X-RAY DIFFRACTION99.65
2.77-2.860.31591460.25392397X-RAY DIFFRACTION99.57
2.86-2.960.31461410.24232376X-RAY DIFFRACTION99.64
2.96-3.080.28491430.23222392X-RAY DIFFRACTION99.45
3.08-3.220.29461440.23222392X-RAY DIFFRACTION99.37
3.22-3.390.27281390.22252405X-RAY DIFFRACTION99.45
3.39-3.60.23991450.1982397X-RAY DIFFRACTION99.22
3.6-3.880.21891420.18342366X-RAY DIFFRACTION99.44
3.88-4.270.19371440.16832391X-RAY DIFFRACTION98.48
4.27-4.890.18651460.1482396X-RAY DIFFRACTION98.8
4.89-6.160.19771430.18742396X-RAY DIFFRACTION98.56
6.16-66.50.18081460.1752401X-RAY DIFFRACTION96.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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