[日本語] English
万見
- PDB-8s5a: The crystal structure of FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s5a
タイトルThe crystal structure of FAN1 Nuclease bound to 5' phosphorylated p(dG)/3'(dT-dT-dT-dT) double flap DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
  • Fanconi-associated nuclease 1
キーワードDNA / nuclease FAN1
機能・相同性
機能・相同性情報


flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / nucleotide-excision repair ...flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / ubiquitin-modified protein reader activity / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / double-strand break repair via homologous recombination / cilium / DNA repair / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain ...: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain / VRR_NUC / Rad18-like CCHC zinc finger / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Fanconi-associated nuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.645 Å
データ登録者Costanzi, E. / Thomsen, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A FAN1 point mutation associated with accelerated Huntington's disease progression alters its PCNA-mediated assembly on DNA.
著者: Jonas Aretz / Gayathri Jeyasankar / Anna Salerno-Kochan / Maren Thomsen / Gabriel Thieulin-Pardo / Tasir Haque / Edith Monteagudo / Dan Felsenfeld / Michael Finley / Thomas F Vogt / Julien ...著者: Jonas Aretz / Gayathri Jeyasankar / Anna Salerno-Kochan / Maren Thomsen / Gabriel Thieulin-Pardo / Tasir Haque / Edith Monteagudo / Dan Felsenfeld / Michael Finley / Thomas F Vogt / Julien Boudet / Brinda C Prasad /
要旨: FAN1 is an endo- and exo-nuclease involved in DNA and interstrand crosslink repair. Genome-wide association studies of people with Huntington's disease revealed a strong association between the FAN1 ...FAN1 is an endo- and exo-nuclease involved in DNA and interstrand crosslink repair. Genome-wide association studies of people with Huntington's disease revealed a strong association between the FAN1 R507H mutation and early disease onset, however the underlying mechanism(s) remains unclear. FAN1 has previously been implicated in modulating triplet repeat expansion in a PCNA dependent manner. To examine the role of PCNA on FAN1 activation, we solved the cryo-EM structures of a PCNA-FAN1-DNA complex. Our findings reveal that the FAN1 R507 residue directly interacts with PCNA D232. Biophysical interaction studies demonstrated that FAN1 enhances the binding affinity of PCNA for DNA, a synergistic effect disrupted in mutants carrying the R507H mutation. In contrast, PCNA does not affect the affinity of FAN1 for DNA but does modulate FAN1 activity upon ternary complex formation. The weakened and functionally altered FAN1 R507H-PCNA-DNA complex may partly impair the FAN1-mediated repair of CAG extrahelical extrusions, providing a potential explanation for the mutation's role in accelerating disease progression.
履歴
登録2024年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fanconi-associated nuclease 1
B: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4297
ポリマ－87,3144
非ポリマー1163
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area34230 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)91.626, 100.547, 112.879
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Fanconi-associated nuclease 1 / FANCD2/FANCI-associated nuclease 1 / hFAN1 / Myotubularin-related protein 15


分子量: 74162.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAN1, KIAA1018, MTMR15
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y2M0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, phosphodiesterase I

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*AP*CP*GP*CP*CP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*A)-3')


分子量: 5718.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*GP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量: 2507.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 4925.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 19分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Hepes/MOPS pH: 7.25, 0.1M Sodium formate 0.1M Ammonium acetate 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 0.1M Sodium oxamate 21% v/v Ethylene ...詳細: 0.1 M Hepes/MOPS pH: 7.25, 0.1M Sodium formate 0.1M Ammonium acetate 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 0.1M Sodium oxamate 21% v/v Ethylene glycol 21 % w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.645→43.395 Å / Num. obs: 31091 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.645→2.691 Å / Num. unique obs: 1538 / CC1/2: 0.845

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.645→43.395 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / WRfactor Rfree: 0.288 / WRfactor Rwork: 0.241 / SU B: 15.89 / SU ML: 0.314 / Average fsc free: 0.8331 / Average fsc work: 0.8521 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.502 / ESU R Free: 0.309 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2731 823 2.647 %
Rwork0.2343 30267 -
all0.235 --
obs-31090 99.849 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 84.729 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.12 Å20 Å2-0 Å2
2--8.218 Å20 Å2
3----2.099 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.645→43.395 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4785 816 3 16 5620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0125630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.5467803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1791.70411259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1795587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.26321.24242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91915769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3671535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1590.21041
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1510.24448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1590.22524
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.22300
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0310.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1610.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0830.23
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7679.3162364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7579.3142363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.82113.9632945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8213.9652946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4479.5043266
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4479.5013265
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.43514.2254858
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.43514.2274859
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.983103.7186325
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.981103.7166324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.645-2.7140.36550.3812219X-RAY DIFFRACTION99.8682
2.714-2.7880.317560.3852138X-RAY DIFFRACTION99.7726
2.788-2.8690.365590.3422081X-RAY DIFFRACTION99.7669
2.869-2.9570.391430.3142062X-RAY DIFFRACTION99.763
2.957-3.0540.419510.3041954X-RAY DIFFRACTION99.8506
3.054-3.1610.312510.2961925X-RAY DIFFRACTION99.8484
3.161-3.280.273500.2751826X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.4130.34480.2481782X-RAY DIFFRACTION99.9454
3.413-3.5650.313310.2561723X-RAY DIFFRACTION100
3.565-3.7380.273590.2551622X-RAY DIFFRACTION99.9405
3.738-3.940.32460.2341563X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.1780.279460.2031491X-RAY DIFFRACTION100
4.178-4.4660.243430.191368X-RAY DIFFRACTION100
4.466-4.8220.237420.1911314X-RAY DIFFRACTION100
4.822-5.280.211320.1941214X-RAY DIFFRACTION100
5.28-5.90.31260.2261108X-RAY DIFFRACTION100
5.9-6.8060.337280.266978X-RAY DIFFRACTION100
6.806-8.3180.216300.22834X-RAY DIFFRACTION99.7691
8.318-11.6920.214200.166669X-RAY DIFFRACTION99.7106
11.692-43.3950.27770.281396X-RAY DIFFRACTION95.9524

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る