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- PDB-8s4k: Crystal structure of Fab-2B1 in complex with rocuronium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s4k
タイトルCrystal structure of Fab-2B1 in complex with rocuronium
要素
  • Fab-2B1 VH
  • Fab-2B1 VL
キーワードIMMUNE SYSTEM / NeuroMuscular Blocking Agents Rocuronium-induced anaphylaxis
機能・相同性rocuronium
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Saul, F.A. / Haouz, A. / Bruhns, P.
資金援助 フランス, European Union, 3件
組織認可番号国
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)EQU202203014631 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE15-0027 フランス
European Research Council (ERC)ERC-2013-CoG 616050European Union
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2024
タイトル: Rocuronium-specific antibodies drive perioperative anaphylaxis but can also function as reversal agents in preclinical models.
著者: Dejoux, A. / Zhu, Q. / Ganneau, C. / Goff, O.R. / Godon, O. / Lemaitre, J. / Relouzat, F. / Huetz, F. / Sokal, A. / Vandenberghe, A. / Pecalvel, C. / Hunault, L. / Derenne, T. / Gillis, C.M. ...著者: Dejoux, A. / Zhu, Q. / Ganneau, C. / Goff, O.R. / Godon, O. / Lemaitre, J. / Relouzat, F. / Huetz, F. / Sokal, A. / Vandenberghe, A. / Pecalvel, C. / Hunault, L. / Derenne, T. / Gillis, C.M. / Iannascoli, B. / Wang, Y. / Rose, T. / Mertens, C. / Nicaise-Roland, P. / England, P. / Mahevas, M. / de Chaisemartin, L. / Le Grand, R. / Letscher, H. / Saul, F. / Pissis, C. / Haouz, A. / Reber, L.L. / Chappert, P. / Jonsson, F. / Ebo, D.G. / Millot, G.A. / Bay, S. / Chollet-Martin, S. / Gouel-Cheron, A. / Bruhns, P.
履歴
登録2024年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab-2B1 VH
L: Fab-2B1 VL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4294
ポリマ－49,6612
非ポリマー7682
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19070 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)161.568, 40.517, 69.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-331-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab-2B1 VH


分子量: 25359.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab-2B1 VL


分子量: 24301.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-RBR / rocuronium / ロクロニウム


分子量: 529.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H53N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 70% (v/v) MPD 0.1M HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979261 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979261 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→68.63 Å / Num. obs: 59091 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Num. unique obs: 8520 / CC1/2: 0.666

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.466 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20551 1198 2 %RANDOM
Rwork0.1785 ---
obs0.17907 57787 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.518 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.43 Å20 Å20.4 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---1.88 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3241 0 46 341 3628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.674634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4191.67126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3835421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.29222.786140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.9515542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7281513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1562.5891690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1512.5881689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0353.8742106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0363.8752107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3542.9311703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3532.9311703
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0544.2462526
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.67231.4353652
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.52731.0613602
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.62 Å / Total num. of bins used: 40
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 45 -
Rwork0.35 2029 -
obs--93.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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