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- PDB-8s42: Ternary structure of 14-3-3s, C-RAF phosphopeptide (pS259) and co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s42
タイトルTernary structure of 14-3-3s, C-RAF phosphopeptide (pS259) and compound 80 (1124898)
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Stabilizer / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs / GP1b-IX-V activation signalling / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / face development / pseudopodium / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of cell differentiation / thyroid gland development / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / somatic stem cell population maintenance / keratinocyte proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / phosphoserine residue binding / MAP kinase kinase kinase activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of protein-containing complex assembly / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Schwann cell development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / activation of adenylate cyclase activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of protein localization / response to muscle stretch / myelination / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / thymus development / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / RAF activation / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Stimuli-sensing channels / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / intracellular protein localization / insulin receptor signaling pathway / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Konstantinidou, M. / Vickery, H. / Pennings, M.A.M. / Virta, J. / Visser, E.J. / Oetelaar, M.C.M. / Overmans, M. / Neitz, J. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM147696 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small molecule stabilization of the 14-3-3sigma/CRAF complex inhibits the MAPK pathway
著者: Konstantinidou, M. / Vickery, H. / Pennings, M.A.M. / Virta, J. / Visser, E.J. / Oetelaar, M.C.M. / Overmans, M. / Neitz, J. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R.
履歴
登録2024年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 14-3-3 protein sigma
P: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1286
ポリマ－27,6132
非ポリマー5154
水5,477304
1
B: 14-3-3 protein sigma
P: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子

B: 14-3-3 protein sigma
P: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,25612
ポリマ－55,2264
非ポリマー1,0308
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area22850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.701, 112.302, 63.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 1070.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 4種, 308分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-A1H5F / 2-chloranyl-1-[8-[3-fluoranyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]sulfonyl-5-oxa-2,8-diazaspiro[3.5]nonan-2-yl]ethanone


分子量: 430.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H15ClF4N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES pH=7.1-7.7 0.19 M CaCl2 5% glycerol 24-29% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.885603 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885603 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.63 Å / Num. obs: 32215 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1676 / CC1/2: 0.786

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→45.63 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1936 1591 4.94 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.175 32194 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1881 0 35 304 2220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007449
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.901470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.013279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.25711320.23422750X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.820.21611510.20392733X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.890.2191590.19932717X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.980.24041380.19182775X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.080.19751520.17112744X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.210.18461570.16172737X-RAY DIFFRACTION99
2.21-2.380.16551300.16032757X-RAY DIFFRACTION99
2.38-2.620.19581330.16972805X-RAY DIFFRACTION100
2.62-30.20831440.17812806X-RAY DIFFRACTION100
3-3.780.19251450.16992837X-RAY DIFFRACTION100
3.78-45.630.17471500.16832942X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.6497 Å / Origin y: 17.1399 Å / Origin z: 7.6225 Å
111213212223313233
T0.1242 Å20.0103 Å2-0.0013 Å2-0.1455 Å2-0.0103 Å2--0.1405 Å2
L0.4468 °2-0.2791 °2-0.1777 °2-0.7597 °20.1385 °2--0.6155 °2
S-0.0008 Å °-0.0137 Å °0.0196 Å °0.0111 Å °0.0182 Å °0.0525 Å °-0.022 Å °-0.0715 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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