PDB-8s3x: LIM Domain Kinase 2 (LIMK2) bound to compound 52

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s3x

タイトル

LIM Domain Kinase 2 (LIMK2) bound to compound 52

要素

LIM domain kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Inhibitor / Actin cytoskeleton

機能・相同性

機能・相同性情報

cornea development in camera-type eye / establishment of vesicle localization / head development / astral microtubule organization / negative regulation of cilium assembly / cis-Golgi network / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / EPHB-mediated forward signaling / positive regulation of protein localization to nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Mathea, S. / Chatterjee, D. / Preuss, F. / Ple, K. / Knapp, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Tetrahydropyridine LIMK inhibitors: Structure activity studies and biological characterization.
著者: Champire, A. / Berabez, R. / Braka, A. / Cosson, A. / Corret, J. / Girardin, C. / Serrano, A. / Aci-Seche, S. / Bonnet, P. / Josselin, B. / Brindeau, P. / Ruchaud, S. / Leguevel, R. / ...

履歴

登録	2024年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s3x.cif.gz	495.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s3x.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/8s3x	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LIM domain kinase 2

B: LIM domain kinase 2

C: LIM domain kinase 2

D: LIM domain kinase 2

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
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1

A: LIM domain kinase 2

C: LIM domain kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
70.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: LIM domain kinase 2

D: LIM domain kinase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.911, 86.921, 103.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.380, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	LIM domain kinase 2 / LIMK-2 分子量: 34799.707 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 330-632 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P53671, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1H41 / 4-(5-cyclopropyl-7~{H}-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)-~{N}-[3-(3-methoxyphenyl)phenyl]-3,6-dihydro-2~{H}-pyridine-1-carboxamide 分子量: 465.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₇N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 16% PEG8000 0.04M potassium phosphate dibasic 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→45.83 Å / Num. obs: 47823 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 42.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.25
反射シェル	解像度: 2.59→2.68 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.556 / Num. unique obs: 4734

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot	0.9.8.1	モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.59→45.83 Å / SU ML: 0.394 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.1049
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2875	2380	4.99 %
R_work	0.2388	45337	-
obs	0.2413	47717	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→45.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8006	0	140	13	8159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0057	8357
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8208	11406
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0497	1309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	1565
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.5591	1265

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.59-2.64	0.4241	163	0.3414	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.64-2.7	0.3806	143	0.3198	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.7-2.76	0.3578	150	0.3208	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.76-2.83	0.3235	136	0.3103	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.83-2.91	0.4209	130	0.306	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.91-2.99	0.3798	151	0.2934	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.99-3.09	0.3418	119	0.2721	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.09-3.2	0.2806	142	0.2569	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.2-3.33	0.3174	134	0.2719	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.33-3.48	0.3003	117	0.2527	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.48-3.66	0.31	115	0.2255	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.66-3.89	0.2433	154	0.223	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.89-4.19	0.2521	135	0.2064	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.19-4.62	0.2411	163	0.1982	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.44
4.62-5.28	0.2448	149	0.1958	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.64
5.28-6.65	0.2528	169	0.2337	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.51
6.65-45.83	0.2647	110	0.2038	2750	X-RAY DIFFRACTION	98.11

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.24927390167	0.763536125154	0.157681841879	1.75306959073	1.68199736483	1.9689183474	0.318004796871	0.0226133694435	-0.0179034055294	0.273269085687	-0.0214501231538	-0.195784189601	-0.422792530009	0.0679440738324	-0.24357519379	1.18716928111	-0.147238141806	0.149883118522	0.367201888876	-0.0786332926472	0.342940103204	46.3234448588	47.6563356958	31.091249963
2	0.219432684151	0.163275604549	0.240358035037	0.225742850647	-0.0214845900197	0.632361054461	-0.296325043344	0.179655684518	0.065838332723	-0.0382571848031	0.254954200709	-0.0296767811412	-0.850924320986	0.0468128140036	-0.0173805860765	1.79521772174	-0.168313521395	0.217816407945	0.470630185556	-0.043426816672	0.475573145627	45.0936828223	62.8021441247	37.0048010835
3	2.68422762747	-2.63423799932	0.140706805233	3.44792780848	-1.99822365426	4.77009917805	-0.191041641518	0.239567548813	0.335523270193	-0.283587053868	0.233376201024	0.166495940473	-0.56087975952	-0.0304852977905	-0.0385679260975	0.678710085472	-0.0459138053669	0.0585717043145	0.383191765238	-0.00413829991468	0.302102539805	-8.27641844379	22.4354022652	6.4728658248
4	0.810836325635	-0.00765336365389	-0.810341306275	0.635720700434	-1.05168150181	2.55837614143	0.00623475960981	0.224056830876	0.0356160391195	-0.608017644464	0.0543832402271	0.159308522507	0.00601733102063	-0.179731867679	0.0137840188312	0.879471108807	-0.00559014144521	0.0165664822539	0.333308759914	0.0205343803011	0.279994080284	-4.35461156499	13.450915749	2.58581464614
5	1.06860726986	-0.363298497501	-0.278047558896	2.01174366985	0.560358484969	2.98877196658	-0.0263638877452	-0.0516500414063	0.0469130670523	-0.0997518097328	0.103026768551	0.0696573298924	0.263281734757	0.0185779378059	-0.110875367811	0.655924982871	-0.00646726366495	0.065092182722	0.318799846348	-0.04051205392	0.214727546964	2.52360224135	4.48973477554	16.3077823863
6	0.917673360138	-1.13435187222	0.0953403212962	2.06513370639	-0.976267887072	1.11615628616	-0.244084184042	-0.125815495525	-0.206267931302	0.0289152416921	0.190101077629	-0.0919879894614	0.488820949934	-0.108672342051	-0.045486724597	1.20226514212	0.0660218805076	0.038367562158	0.318290355108	0.0315394067729	0.284580929928	3.54908431307	-13.8569451185	14.7315537066
7	2.40835348085	0.794955459945	2.36491205854	2.18564598481	1.15323971109	6.65863323353	0.0436928932649	0.443305825238	0.503606764999	-0.551991677463	0.0559579379556	0.551251180176	-0.728689714227	0.0214812718807	0.0593178708088	0.317688952967	0.239394200411	0.00586666917374	0.365676553115	0.131215546098	0.41727221302	32.2957290809	41.883658524	2.12436676455
8	3.22820314225	-0.859436081992	-0.988399299614	3.89966409168	-2.57331105672	3.29665613149	0.117719231041	-0.00698151978344	0.264728495361	-0.40033417966	-0.327039540263	-0.22221151747	-0.349732306252	0.327205945322	0.176431401202	0.464720813111	0.097231008785	0.0822533038676	0.216115167015	-0.00243639020473	0.237590250204	44.3701884993	35.3890992867	-2.31480212488
9	1.45016025316	-0.718636112191	0.121404496293	4.56590472495	-0.68930505208	4.03501390083	-0.000853527532395	-0.0599801535533	-0.0212418542954	0.458166643077	-0.0370688533597	0.0118018126724	-0.0610220091411	-0.0979147780454	0.00194445951138	0.276609300701	-0.0316188713358	0.059577530542	0.203010949331	-0.0298851963452	0.227044278865	42.2418858783	26.3934064693	14.7025303613
10	2.20464099855	-1.15356032499	-1.11015006636	4.97378426962	0.631049438137	0.564930694737	-0.152691846243	-0.0801627021582	-0.574166441315	-0.15944705766	5.12170373544E-5	-0.296958825383	0.837275916445	-0.0750950837334	0.0194598906181	0.858094222728	0.0033367609315	-0.0023819570875	0.286499172478	0.0294344774842	0.412016002732	48.1249318115	10.1200394133	15.9757782886
11	1.44475834843	0.0222927269812	-1.21045693998	0.134487968844	0.128514006182	2.8475801105	-0.141708877994	-0.0324511671951	-0.229154456738	0.141000679117	0.213256427162	0.224386698811	0.53998397229	-0.377311336527	0.0945998597177	1.07324329318	-0.0608202220069	0.281845820486	0.363654586744	0.0916299645196	0.414949049838	-14.5275139969	6.74365538375	46.9595700358
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15	3.55949542668	-2.18320079525	-2.89453032862	3.14932849779	1.53107148485	6.35323755175	-0.165276437361	-0.39473517643	-0.252557039841	0.723530819128	-0.0190558650807	0.761733577239	0.447057457057	-0.556448430879	0.189465046213	0.844270333036	-0.145177116591	0.306110164995	0.456829162861	-0.144199145625	0.482354632133	29.4857136325	27.2140084361	44.6122961137
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17	0.292348706566	-0.175190975764	0.0889306566533	0.612733414285	0.240412262035	1.75920619027	0.198121288453	-0.0316114994079	0.0919665868911	0.337442700155	-0.11922249532	-0.00239224909333	-0.289860984977	-0.0835248958167	0.106431302275	1.36849728433	-0.0882861120727	0.250371582854	0.365059207392	-0.0453574552413	0.319265350796	39.3950823641	42.2949027049	41.0349475489

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'D' and (resid 513 through 593 )	D	D	513 - 593	147 - 227
2	2	chain 'D' and (resid 594 through 631 )	D	D	594 - 631	228 - 263
3	3	chain 'A' and (resid 334 through 366 )	A	A	334 - 366	1 - 27
4	4	chain 'A' and (resid 367 through 424 )	A	A	367 - 424	28 - 82
5	5	chain 'A' and (resid 425 through 593 )	A	A	425 - 593	83 - 230
6	6	chain 'A' and (resid 594 through 631 )	A	A	594 - 631	231 - 268
7	7	chain 'B' and (resid 330 through 366 )	B	B	330 - 366	1 - 37
8	8	chain 'B' and (resid 367 through 397 )	B	B	367 - 397	38 - 68
9	9	chain 'B' and (resid 398 through 575 )	B	B	398 - 575	69 - 220
10	10	chain 'B' and (resid 576 through 631 )	B	B	576 - 631	221 - 275
11	11	chain 'C' and (resid 330 through 366 )	C	C	330 - 366	1 - 37
12	12	chain 'C' and (resid 367 through 424 )	C	C	367 - 424	38 - 93
13	13	chain 'C' and (resid 425 through 616 )	C	C	425 - 616	94 - 258
14	14	chain 'C' and (resid 617 through 631 )	C	C	617 - 631	259 - 273
15	15	chain 'D' and (resid 331 through 366 )	D	D	331 - 366	1 - 28
16	16	chain 'D' and (resid 367 through 424 )	D	D	367 - 424	29 - 84
17	17	chain 'D' and (resid 425 through 512 )	D	D	425 - 512	85 - 146

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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