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- PDB-8s32: GroEL with bound GroTAC peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s32
タイトルGroEL with bound GroTAC peptide
要素
  • Chaperonin GroEL
  • GroTAC
キーワードCHAPERONE / GroEL / GroTAC / PROTAC / degrader / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / : / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Wroblewski, K. / Izert-Nowakowska, M.A. / Goral, T.K. / Klimecka, M.M. / Kmiecik, S. / Gorna, M.W.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Foundation for Polish SciencePOIR.04.04.00-00-5EC1 ポーランド
Polish National Science Centre2020/39/B/NZ2/01301 ポーランド
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2025
タイトル: Targeted protein degradation in Escherichia coli using CLIPPERs.
著者: Matylda Anna Izert-Nowakowska / Maria Magdalena Klimecka / Anna Antosiewicz / Karol Wróblewski / Jakub Józef Kowalski / Katarzyna Justyna Bandyra / Tomasz Góral / Sebastian Kmiecik / ...著者: Matylda Anna Izert-Nowakowska / Maria Magdalena Klimecka / Anna Antosiewicz / Karol Wróblewski / Jakub Józef Kowalski / Katarzyna Justyna Bandyra / Tomasz Góral / Sebastian Kmiecik / Remigiusz Adam Serwa / Maria Wiktoria Górna /
要旨: New, universal tools for targeted protein degradation in bacteria can help to accelerate protein function studies and antimicrobial research. We describe a new method for degrading bacterial proteins ...New, universal tools for targeted protein degradation in bacteria can help to accelerate protein function studies and antimicrobial research. We describe a new method for degrading bacterial proteins using plasmid-encoded degrader peptides which deliver target proteins for degradation by a highly conserved ClpXP protease. We demonstrate the mode of action of the degraders on a challenging essential target, GroEL. The studies in bacteria are complemented by in vitro binding and structural studies. Expression of degrader peptides results in a temperature-dependent growth inhibition and depletion of GroEL levels over time. The reduction of GroEL levels is accompanied by dramatic proteome alterations. The presented method offers a new alternative approach for regulating protein levels in bacteria without genomic modifications or tag fusions. Our studies demonstrate that ClpXP is an attractive protease for the future use in bacterial-targeted protein degradation.
履歴
登録2024年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月28日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月28日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年9月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperonin GroEL
B: Chaperonin GroEL
C: Chaperonin GroEL
D: Chaperonin GroEL
E: Chaperonin GroEL
F: Chaperonin GroEL
G: Chaperonin GroEL
H: Chaperonin GroEL
I: Chaperonin GroEL
J: Chaperonin GroEL
K: Chaperonin GroEL
L: Chaperonin GroEL
M: Chaperonin GroEL
N: Chaperonin GroEL
O: GroTAC
P: GroTAC
Q: GroTAC
R: GroTAC
S: GroTAC
T: GroTAC
U: GroTAC
V: GroTAC
W: GroTAC
X: GroTAC
Y: GroTAC
Z: GroTAC
1: GroTAC
2: GroTAC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)847,95928
ポリマ－847,95928
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area57000 Å2
ΔGint-324 kcal/mol
Surface area298270 Å2

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要素

#1: タンパク質
Chaperonin GroEL / 60 kDa chaperonin / Chaperonin-60 / Cpn60 / GroEL protein


分子量: 57391.711 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: groEL, groL, mopA, b4143, JW4103 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): Deletion of affinity tags / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0A6F5, chaperonin ATPase
#2: タンパク質・ペプチド
GroTAC


分子量: 3176.783 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1A complex of GroEL with GroTAC peptideCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2GroELCOMPLEX#11RECOMBINANT
3GroTACCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.8 MDaNO
210.8 MDaNO
314 kDa/nmNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli (大腸菌)562
32Escherichia coli (大腸菌)562
43synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株プラスミド
21Escherichia coli (大腸菌)562C43(DE3)pET28a
32Escherichia coli (大腸菌)562C43(DE3)pET28a
43synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
詳細: ATP was added to the sample immediately before disposing on a grid
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES pH 8.01
2200 mMpotassium chlorideKCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
41 mMATP1
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 240000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 16.67 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4672
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.3粒子像選択
2EPU3.4画像取得
4cryoSPARC4.3CTF補正
9cryoSPARC4.4初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.4最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.4分類
12cryoSPARC4.4３次元再構成
19Coot0.9.8.5モデル精密化
20PHENIX1.21.5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 350383
対称性点対称性: D7 (2回x7回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 203031 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 40 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: 0.88
詳細: The C-alpha model was obtained by two rounds of ab initio modeling using machine learning-based ModelAngelo 1.09 software. The incorrectly assigned GroEL residues were then manually corrected. ...詳細: The C-alpha model was obtained by two rounds of ab initio modeling using machine learning-based ModelAngelo 1.09 software. The incorrectly assigned GroEL residues were then manually corrected. The C-alpha trace of the GroTAC peptide was initially constructed by ModelAngelo, with residue identities suggested through a comparison to the 1MNF PDB structure. The reconstruction to full-atom was performed using cg2all 1.5 software. The first stage of refinement was done in Coot (0.9.8.5). The final refinement stage involved two rounds of phenix.real_space_refine (Phenix 1.21.5207).
原子モデル構築詳細: The CA model was obtained by ModelAngelo (1.09) and then subsequently rebuilt to full-atom by cg2all (1.5).
Source name: Other / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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