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- PDB-8s31: Crystal structure of human PLK1 Polo-Box Domain in complex with M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s31
タイトルCrystal structure of human PLK1 Polo-Box Domain in complex with Mis18BP1
要素
  • Mis18-binding protein 1
  • Serine/threonine-protein kinase PLK1
キーワードCELL CYCLE / PLK1 / Mis18 complex / Centromere / Chromosome mis segregation
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / synaptonemal complex disassembly / Golgi inheritance / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / mitotic nuclear membrane disassembly / polo kinase / protein localization to nuclear envelope ...Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / synaptonemal complex disassembly / Golgi inheritance / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / mitotic nuclear membrane disassembly / polo kinase / protein localization to nuclear envelope / Phosphorylation of Emi1 / nuclear membrane disassembly / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / synaptonemal complex / female meiosis chromosome segregation / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / outer kinetochore / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / microtubule bundle formation / mitotic chromosome condensation / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic spindle assembly / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / centrosome cycle / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / sister chromatid cohesion / regulation of mitotic cell cycle phase transition / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic spindle pole / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of proteolysis / mitotic cytokinesis / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / spindle midzone / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / protein localization to chromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / regulation of mitotic cell cycle / Condensation of Prophase Chromosomes / AURKA Activation by TPX2 / regulation of cytokinesis / mitotic spindle organization / RHO GTPases Activate Formins / establishment of protein localization / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / protein destabilization / kinetochore / positive regulation of protein localization to nucleus / centriolar satellite / spindle / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / double-strand break repair / mitotic cell cycle / peptidyl-serine phosphorylation / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / protein kinase activity / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SANT associated / KNL2-like / SANTA (SANT Associated) / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. ...SANT associated / KNL2-like / SANTA (SANT Associated) / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PLK1 / Mis18-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.134 Å
データ登録者Jeyaprakash, A.A. / Medina-Pritchard, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/X001245/1 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: PLK1-mediated phosphorylation cascade activates Mis18 complex to ensure centromere inheritance.
著者: Parashara, P. / Medina-Pritchard, B. / Abad, M.A. / Sotelo-Parrilla, P. / Thamkachy, R. / Grundei, D. / Zou, J. / Spanos, C. / Kumar, C.N. / Basquin, C. / Das, V. / Yan, Z. / Al-Murtadha, A.A. ...著者: Parashara, P. / Medina-Pritchard, B. / Abad, M.A. / Sotelo-Parrilla, P. / Thamkachy, R. / Grundei, D. / Zou, J. / Spanos, C. / Kumar, C.N. / Basquin, C. / Das, V. / Yan, Z. / Al-Murtadha, A.A. / Kelly, D.A. / McHugh, T. / Imhof, A. / Rappsilber, J. / Jeyaprakash, A.A.
履歴
登録2024年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
B: Serine/threonine-protein kinase PLK1
C: Mis18-binding protein 1
D: Mis18-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5414
ポリマ－58,5414
非ポリマー00
水3,801211
1
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
C: Mis18-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2702
ポリマ－29,2702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase PLK1
D: Mis18-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2702
ポリマ－29,2702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.147, 67.147, 254.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 368 through 419 or (resid 420...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 368 and (name N or name...
d_1ens_2(chain "C" and ((resid -1 and (name N or name...
d_2ens_2(chain "D" and resid -1 through 6)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1GLUGLUARGARGAA368 - 5947 - 233
d_2ens_1GLUGLUARGARGBB368 - 5947 - 233
d_1ens_2ASNASNLEULEUCC-1 - 62 - 9
d_2ens_2ASNASNLEULEUDD-1 - 62 - 9

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.495154516332, -0.367964035532, 0.787035242864), (-0.868691981409, 0.195078362065, -0.455322604413), (0.0140087969236, -0.909146248526, -0.416241339129)-23.0712447928, 71.2820976234, 43.9921980179
2given(-0.48170970082, -0.387364381181, 0.786069081143), (-0.87627691578, 0.202964923765, -0.436971402489), (0.00972270579094, -0.899307553573, -0.437208637928)-22.7967299496, 70.4233508413, 44.5986090602

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK1 / Polo-like kinase 1 / PLK-1 / Serine/threonine-protein kinase 13 / STPK13


分子量: 27877.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK1, PLK / プラスミド: pEC-A-HT-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold / 参照: UniProt: P53350, polo kinase
#2: タンパク質・ペプチド Mis18-binding protein 1 / Kinetochore-associated protein KNL-2 homolog / HsKNL-2 / P243


分子量: 1392.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P0N0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM MES (pH 6.0), 20 mM Sodium Oxalate, 1.2 M Sodium Malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.67021 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.67021 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.134→29.08 Å / Num. obs: 37897 / % possible obs: 99.16 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 34.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1043 / Rrim(I) all: 0.1101 / Net I/σ(I): 15.79
反射 シェル解像度: 2.134→2.211 Å / Rmerge(I) obs: 0.7229 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique obs: 3442 / CC1/2: 0.799 / CC star: 0.942 / Rpim(I) all: 0.2468 / Rrim(I) all: 0.7656 / % possible all: 92.13

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.134→29.08 Å / SU ML: 0.2227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.2535
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2244 2001 5.28 %
Rwork0.195 35891 -
obs0.1967 37892 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.134→29.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3802 0 0 211 4013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26585250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0608588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083664
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0337532
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.724823897365
ens_2d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.599180022857
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.134-2.190.30191260.2372255X-RAY DIFFRACTION89.01
2.19-2.250.25851430.20792544X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.310.26031450.22372567X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.390.22831350.21782514X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.470.24341430.22492541X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.570.28491410.21612565X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.690.25381420.2312552X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.830.26641460.22192542X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.010.26011390.22492566X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.240.23411420.20642585X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.570.21811480.19342592X-RAY DIFFRACTION99.96
3.57-4.080.20261450.16692603X-RAY DIFFRACTION100
4.08-5.140.18571480.15492668X-RAY DIFFRACTION100
5.14-29.080.19951580.19342797X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.472745409631.142057785591.30114996141.232352549990.2065387986411.596680051560.0783420600560.126879221939-0.4257455903170.04047858929690.0851576113437-0.1095128737960.2169114453690.04062533361-0.1981964564510.2985840251010.02583359245770.02566148233850.219307894374-0.04772814324180.314680733425-0.38909734866217.755437359138.8889178534
28.04197377525-0.99805072132-1.626761627134.419730034670.6751658502445.80172368396-0.0219105137728-0.1365047749970.05344864613240.001804038967210.0562384852243-0.0120928764097-0.24255204034-0.0809150445187-0.01305326646080.2186911723040.00206731945799-0.03039734797250.156942678612-0.01712157773960.17070967436310.194062976234.495581576148.5806723421
33.379417439081.218064597841.264298269331.618041223870.7115706441232.228318882770.07790072304550.254671831249-0.393519452234-0.06785736780260.138455490785-0.2255289024340.3039957492170.178116081819-0.2147070627980.312360711150.01526450451070.01156642195990.21319230129-0.03609534324980.27891897142-1.1894126407215.164400950136.7388029932
42.5050248730.07089611594191.74445180241.53435795682-0.001925624472583.03301760461-0.0830435515495-0.216985762284-0.05260946977750.1391563213150.07821044098770.108812451667-0.270243061633-0.1976859313370.01354687932420.440995938585-0.08669172589340.008379036041080.2803227855220.005601820470410.2882608744824.1746099588968.190857713522.5303806648
50.297524688746-0.718221192187-0.04389468582083.303017412732.117929728682.528194463410.0254421351767-0.023969669867-0.2407174495730.04248177010920.0994538761025-0.01197548975590.1829588292710.0928580230345-0.1136109649090.37740867813-0.139065685317-0.01767819741270.316948933437-0.02105649632160.347519369434-1.2599949134148.76026395842.76546124965
65.39488627143-5.844977540081.124115302486.73595480938-1.845348454453.442405221470.1507118296420.3502490725120.69061574116-0.642509092209-0.0509152005219-0.479111328431-0.02919624825450.198402370509-0.1151838962380.589197715617-0.1992331070870.08723278899710.3676443135050.03437659988260.326123974755-0.44616640061952.4028280845-10.5528257705
75.653169793430.30416209092-1.858252348916.105365087621.13679668235.757843715790.1172853557250.146705037015-0.3428638086640.0964211768176-0.0490500460104-0.1001126131420.189320051752-0.3044729538760.07812339684280.331314180269-0.132807544869-0.03618018105230.2477755992070.007087336947870.318789816783-5.467138192641.4142461776-4.01636919151
80.2621738561760.7506762055380.4592659538128.09003781155-0.04702966997931.117441058890.09716567796250.259828806937-0.01397501880760.436861495902-0.1962243635171.105730977890.0745389766296-0.79737191185-0.0125108777410.405023486396-0.180027736790.06139272133260.3940788286040.05015209738970.395660934305-12.276626206855.24984474410.9354549586
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 373 through 444 )AA373 - 4446 - 77
22chain 'A' and (resid 445 through 489 )AA445 - 48978 - 122
33chain 'A' and (resid 490 through 594 )AA490 - 594123 - 227
44chain 'B' and (resid 373 through 405 )BB373 - 4056 - 38
55chain 'B' and (resid 406 through 444 )BB406 - 44439 - 77
66chain 'B' and (resid 445 through 469 )BB445 - 46978 - 102
77chain 'B' and (resid 470 through 489 )BB470 - 489103 - 122
88chain 'B' and (resid 490 through 499 )BB490 - 499123 - 132
99chain 'B' and (resid 500 through 510 )BB500 - 510133 - 143
1010chain 'B' and (resid 511 through 558 )BB511 - 558144 - 191
1111chain 'B' and (resid 559 through 594 )BB559 - 594192 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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