PDB-8s2w: SSX structure of Arabidopsis thaliana Pdx1.3 grown in seeded batc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s2w

タイトル

SSX structure of Arabidopsis thaliana Pdx1.3 grown in seeded batch conditions

要素

Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

キーワード

LYASE / Vitamin B6

機能・相同性

機能・相同性情報

response to non-ionic osmotic stress / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / hyperosmotic salinity response / pyridoxal phosphate biosynthetic process / response to UV-B / amino acid metabolic process / endomembrane system ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Stubbs, J. / Tews, I. / Maly, M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Droplet microfluidics for time-resolved serial crystallography.
著者: Stubbs, J. / Hornsey, T. / Hanrahan, N. / Esteban, L.B. / Bolton, R. / Maly, M. / Basu, S. / Orlans, J. / de Sanctis, D. / Shim, J.U. / Shaw Stewart, P.D. / Orville, A.M. / Tews, I. / West, J.

履歴

登録	2024年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s2w.cif.gz	218.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s2w.ent.gz	170.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s2w_validation.pdf.gz	456 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s2w_full_validation.pdf.gz	461.8 KB	表示
XML形式データ	8s2w_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	8s2w_validation.cif.gz	53 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s2uC 8s2vC 8s2xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
375 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.9, 177.9, 117.3
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 22 - 289 / Label seq-ID: 21 - 288

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3 / AtPDX1.3 / AtPDX1 / 1 / PLP synthase subunit PDX1.3 分子量: 31182.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PDX13, GIP2, PDX1L3, RSR4, At5g01410, T10O8.120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q8L940, pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.05 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: 600 mM Sodium citrate and 100 mM HEPES pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→93.33 Å / Num. obs: 47878 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 47.4 % / B_iso Wilson estimate: 49.36 Å² / CC_1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Net I/σ(I): 4.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 45.18 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 4703 / CC_1/2: 0.17 / CC star: 0.54 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	解説: SOS Chip / 手法: fixed target
Serial crystallography data reduction	Crystal hits: 20268 / Frames indexed: 19325 / Frames total: 245400

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrystFEL	0.10.2	データ削減
CrystFEL	0.10.2	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→64.472 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / WR_factor R_free: 0.171 / WR_factor R_work: 0.144 / SU B: 12.573 / SU ML: 0.233 / Average fsc free: 0.9497 / Average fsc work: 0.9585 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.21 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1934	2316	4.838 %	RANDOM
R_work	0.1676	45557	-	-
all	0.169	-	-	-
obs	-	47873	99.994 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.434 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.005 Å²	-0.002 Å²	0 Å²
2-	-	-0.005 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.016 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→64.472 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8056	0	20	181	8257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	8208
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.814	11079
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.458	1.76	18562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.304	5	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.892	5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.18	10	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.129	10	358
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9902
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	7812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	4597
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.157	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.34	5.61	4299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.339	5.609	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.57	10.076	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.57	10.077	5373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.847	6.203	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.714	6.191	3894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.179	11.139	5707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.099	11.118	5684
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.006	53.031	8883
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.013	52.954	8863
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.062	0.05	8409
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.061	0.05	8418
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.064	0.05	8400
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.059	0.05	8408
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.07	0.05	8381
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.07	0.05	8374

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06218	0.05011
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06218	0.05011
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06117	0.05011
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06117	0.05011
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06418	0.05011
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06418	0.05011
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05898	0.05011
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05898	0.05011
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07044	0.05011
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07044	0.05011
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06959	0.05011
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06959	0.05011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.5-2.565	0.355	166	0.376	3359	0.375	3525	0.907	0.896	100	0.372
2.565-2.635	0.42	151	0.368	3317	0.37	3469	0.866	0.899	99.9712	0.363
2.635-2.711	0.377	172	0.343	3138	0.345	3310	0.888	0.913	100	0.332
2.711-2.795	0.344	135	0.318	3164	0.319	3299	0.924	0.927	100	0.309
2.795-2.886	0.315	150	0.297	3009	0.298	3159	0.927	0.94	100	0.282
2.886-2.987	0.293	135	0.267	2891	0.268	3026	0.941	0.953	100	0.245
2.987-3.1	0.239	185	0.239	2764	0.239	2949	0.962	0.962	100	0.216
3.1-3.226	0.241	207	0.204	2679	0.207	2886	0.954	0.973	100	0.179
3.226-3.369	0.211	120	0.168	2554	0.17	2674	0.973	0.982	100	0.146
3.369-3.533	0.18	101	0.147	2501	0.149	2602	0.976	0.987	100	0.132
3.533-3.723	0.163	152	0.134	2308	0.136	2460	0.984	0.989	100	0.119
3.723-3.948	0.16	122	0.118	2249	0.12	2371	0.984	0.992	100	0.107
3.948-4.22	0.13	87	0.1	2101	0.102	2188	0.988	0.994	100	0.093
4.22-4.556	0.114	101	0.087	1951	0.089	2052	0.991	0.995	100	0.083
4.556-4.989	0.119	103	0.084	1789	0.086	1892	0.992	0.996	100	0.08
4.989-5.573	0.115	84	0.102	1607	0.103	1691	0.991	0.994	100	0.096
5.573-6.428	0.188	42	0.133	1480	0.134	1522	0.979	0.99	100	0.126
6.428-7.853	0.177	41	0.131	1225	0.133	1266	0.98	0.99	100	0.133
7.853-11.024	0.128	56	0.111	926	0.111	982	0.99	0.993	100	0.126
11.024-64.472	0.169	6	0.187	547	0.187	553	0.983	0.978	100	0.213

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関連情報:EMDBヘッダ

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