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- PDB-8s2x: SSX structure of Arabidopsis thaliana Pdx1.3 grown in microfluidi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s2x
タイトルSSX structure of Arabidopsis thaliana Pdx1.3 grown in microfluidic droplets
要素Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
キーワードLYASE (リアーゼ) / Vitamin B6 (ビタミンB6)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to non-ionic osmotic stress / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / hyperosmotic salinity response / pyridoxine biosynthetic process / response to UV-B / amino acid metabolic process ...response to non-ionic osmotic stress / response to lipid hydroperoxide / chlorophyll metabolic process / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / hyperosmotic salinity response / pyridoxine biosynthetic process / response to UV-B / amino acid metabolic process / 細胞内膜系 / response to salt stress / response to oxidative stress / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / リン酸塩 / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stubbs, J. / Tews, I. / Maly, M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S008470/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T008768/1 英国
引用
#1: ジャーナル: BioRxiv / : 2024
タイトル: Droplet microfluidics for time-resolved serial crystallography
著者: Stubbs, J. / Tews, I. / Maly, M.
履歴
登録2024年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,87712
ポリマ-124,7284
非ポリマー1,1488
3,351186
1
A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子

A: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
B: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
C: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
D: Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,63036
ポリマ-374,18512
非ポリマー3,44524
21612
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area45560 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area110500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.3, 180.3, 119.2
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A
32A
42A
53A
63A
74A
84A
95A
105A
116A
126A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-IDComponent-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLY22 - 28921 - 288
211GLYGLY22 - 28921 - 288
322LEULEU22 - 28821 - 287
422LEULEU22 - 28821 - 287
533GLUGLU22 - 29021 - 289
633GLUGLU22 - 29021 - 289
744LEULEU22 - 28821 - 287
844LEULEU22 - 28821 - 287
955GLYGLY22 - 28921 - 288
1055GLYGLY22 - 28921 - 288
1166LEULEU22 - 28821 - 287
1266LEULEU22 - 28821 - 287

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12

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要素

#1: タンパク質
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3 / AtPDX1.3 / AtPDX1 / 1 / PLP synthase subunit PDX1.3


分子量: 31182.057 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PDX13, GIP2, PDX1L3, RSR4, At5g01410, T10O8.120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8L940, pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化温度: 294 K / 手法: microfluidic / pH: 7 / 詳細: 600 mM Sodium citrate and 100 mM HEPES pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→94.75 Å / Num. obs: 50011 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 44.2 % / Biso Wilson estimate: 45.27 Å2 / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 44.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4635 / CC1/2: 0.27 / CC star: 0.65 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery解説: SOS Chip / 手法: fixed target
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 20827 / Frames indexed: 20635 / Frames total: 245400

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
CrystFEL0.10.2データ削減
CrystFEL0.10.2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→65.396 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.173 / WRfactor Rwork: 0.141 / SU B: 10.207 / SU ML: 0.197 / Average fsc free: 0.9601 / Average fsc work: 0.9676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1883 2510 5.02 %
Rwork0.1584 47493 -
all0.16 --
obs-50003 99.984 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 59.187 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.006 Å20.003 Å20 Å2
2--0.006 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→65.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8088 0 72 186 8346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0128294
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0168155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.81511198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5041.7618676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.551080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.081582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.633101442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.10410362
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21548
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.27110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.24080
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.24502
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.140.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1620.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1070.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9565.5854314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9565.5874315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.52310.045390
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.52310.0425391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1936.2213980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.1096.2073961
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.72811.1715806
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.70211.1495783
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.96251.068662
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.95151.0858637
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.060.058047
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0630.058026
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0780.058021
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0590.058110
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.070.058076
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0750.057982
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.060140.0501
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.060140.0501
23AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.063360.0501
24AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.063360.0501
35AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.078350.0501
36AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.078350.0501
47AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.058790.0501
48AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.058790.0501
59AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.070240.0501
510AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.070240.0501
611AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.075290.0501
612AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.075290.0501
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.5-2.5650.3522090.34835190.34837300.9050.90599.94640.341
2.565-2.6350.3111570.31734380.31735960.9320.92999.97220.306
2.635-2.7110.3471360.29533590.29734970.9110.93899.94280.279
2.711-2.7950.2491620.25732530.25634150.9590.9571000.234
2.795-2.8860.2711390.25231160.25332550.9490.9581000.229
2.886-2.9870.2741460.23630700.23732160.9460.9641000.211
2.987-3.10.2491840.22328840.22530680.9590.9691000.198
3.1-3.2260.2581880.1927830.19429720.9570.97799.96640.167
3.226-3.3690.2341400.17227010.17528410.9630.9811000.151
3.369-3.5330.1751430.14525650.14627080.9810.9871000.129
3.533-3.7240.1581150.12724880.12826030.9850.991000.114
3.724-3.9490.1721360.11422790.11624150.9820.9921000.103
3.949-4.220.117990.09922090.123080.9910.9941000.093
4.22-4.5570.123900.08620270.08821170.9910.9951000.083
4.557-4.9890.12780.08918970.0919750.9920.9951000.086
4.989-5.5740.1381100.11416800.11617900.9880.9931000.11
5.574-6.4290.154780.1314850.13215630.9850.991000.126
6.429-7.8540.1561040.12412170.12713210.9850.9911000.127
7.854-11.0280.142620.129790.12210410.9890.9921000.133
11.028-65.3960.204340.1995440.25780.9650.981000.229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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