PDB-8s2v: SSX structure of Lysozyme grown in microfluidic droplets

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s2v

タイトル

SSX structure of Lysozyme grown in microfluidic droplets

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Stubbs, J. / Tews, I. / Maly, M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Droplet microfluidics for time-resolved serial crystallography.
著者: Stubbs, J. / Hornsey, T. / Hanrahan, N. / Esteban, L.B. / Bolton, R. / Maly, M. / Basu, S. / Orlans, J. / de Sanctis, D. / Shim, J.U. / Shaw Stewart, P.D. / Orville, A.M. / Tews, I. / West, J.

履歴

登録	2024年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s2v.cif.gz	44 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s2v.ent.gz	27.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s2v_validation.pdf.gz	393 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s2v_full_validation.pdf.gz	392.9 KB	表示
XML形式データ	8s2v_validation.xml.gz	7.4 KB	表示
CIF形式データ	8s2v_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s2uC 8s2wC 8s2xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.9, 78.9, 37.9
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-333- HOH
2	1	A-336- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.23 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: microfluidic / pH: 3 詳細: 20 mg/mL Lysozyme dissolved in 20 mM sodium acetate pH 4.6 Precipitant: 6% PEG 6000 (W/V), 3.4M NaCl and 1M sodium acetate pH 3.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→78.9 Å / Num. obs: 11607 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 464 % / B_iso Wilson estimate: 24.06 Å² / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 51.94 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 663 / CC_1/2: 0.44 / CC star: 0.78 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	解説: SOS Chip / 手法: fixed target
Serial crystallography data reduction	Crystal hits: 22815 / Frames indexed: 22304 / Frames total: 81800

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrystFEL	0.10.2	データ削減
CrystFEL	0.10.2	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→55.853 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / WR_factor R_free: 0.185 / WR_factor R_work: 0.136 / SU B: 2.801 / SU ML: 0.081 / Average fsc free: 0.9647 / Average fsc work: 0.9773 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1897	581	5.023 %
R_work	0.1456	10986	-
all	0.148	-	-
obs	-	11567	99.991 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.594 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.001 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.002 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→55.853 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	2	66	1069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.767	1.787	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.601	1.812	2303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.733	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.959	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.028	10	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.988	10	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	889
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.205	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.043	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.497	2.856	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.427	2.856	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.149	5.117	692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.185	5.125	693
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.351	3.418	548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.348	3.42	549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.812	6.019	798
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.807	6.021	799
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.614	27.898	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.613	27.463	1273

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.341	40	0.331	777	0.331	817	0.885	0.918	100	0.329
1.847-1.897	0.259	50	0.27	778	0.269	828	0.941	0.947	100	0.257
1.897-1.952	0.236	41	0.239	735	0.239	776	0.962	0.962	100	0.224
1.952-2.012	0.194	35	0.197	740	0.197	775	0.976	0.974	100	0.169
2.012-2.078	0.193	32	0.16	721	0.162	753	0.98	0.982	100	0.138
2.078-2.151	0.241	39	0.147	677	0.152	716	0.962	0.986	100	0.127
2.151-2.232	0.194	35	0.15	686	0.152	721	0.978	0.987	100	0.13
2.232-2.323	0.212	37	0.136	631	0.14	668	0.97	0.988	100	0.117
2.323-2.426	0.195	37	0.137	606	0.14	643	0.977	0.989	100	0.121
2.426-2.544	0.151	27	0.134	613	0.134	640	0.982	0.989	100	0.117
2.544-2.682	0.159	36	0.134	548	0.136	584	0.984	0.989	100	0.119
2.682-2.844	0.202	23	0.136	541	0.138	564	0.972	0.989	100	0.123
2.844-3.04	0.213	25	0.144	520	0.148	545	0.975	0.986	100	0.135
3.04-3.282	0.178	21	0.141	479	0.143	500	0.984	0.988	100	0.139
3.282-3.594	0.193	24	0.143	437	0.146	461	0.98	0.989	100	0.146
3.594-4.017	0.202	24	0.123	405	0.127	429	0.984	0.991	100	0.133
4.017-4.634	0.165	15	0.097	371	0.099	386	0.983	0.994	100	0.109
4.634-5.666	0.1	20	0.13	307	0.128	328	0.993	0.991	99.6951	0.151
5.666-7.972	0.193	16	0.167	252	0.169	268	0.986	0.984	100	0.19
7.972-55.853	0.437	4	0.15	163	0.152	167	0.623	0.983	100	0.189

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関連情報:EMDBヘッダ

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