PDB-8s2u: SSX structure of Lysozyme grown in batch conditions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s2u

タイトル

SSX structure of Lysozyme grown in batch conditions

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Stubbs, J. / Tews, I. / Maly, M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2024
タイトル: Droplet microfluidics for time-resolved serial crystallography.
著者: Stubbs, J. / Hornsey, T. / Hanrahan, N. / Esteban, L.B. / Bolton, R. / Maly, M. / Basu, S. / Orlans, J. / de Sanctis, D. / Shim, J.U. / Shaw Stewart, P.D. / Orville, A.M. / Tews, I. / West, J.

履歴

登録	2024年2月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s2u.cif.gz	44.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s2u.ent.gz	27.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/8s2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s2vC 8s2wC 8s2xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79, 79, 37.9
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-333- HOH
2	1	A-358- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: batch mode / pH: 3 詳細: Protein dissolved in 20 mM sodium acetate pH 4.6 Protein and precipitant mixed in a 1:4 ratio Precipitant solution: 6% PEG 6000 (w/v), 3.4M NaCl and 1M sodium acetate pH 3.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→79 Å / Num. obs: 11636 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 438 % / B_iso Wilson estimate: 30.46 Å² / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 47.67 % / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 669 / CC_1/2: 0.49 / CC star: 0.81 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	解説: SOS Chip / 手法: fixed target
Serial crystallography data reduction	Crystal hits: 34032 / Frames indexed: 29954 / Frames total: 81800

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
CrystFEL	0.10.2	データ削減
CrystFEL	0.10.2	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→55.924 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.148 / SU B: 3.927 / SU ML: 0.108 / Average fsc free: 0.9331 / Average fsc work: 0.9534 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2307	581	5.01 %
R_work	0.1706	11016	-
all	0.173	-	-
obs	-	11597	99.991 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.199 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→55.924 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	2	59	1062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.551	1.778	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.562	1.8	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.997	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.961	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.871	10	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.297	10	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.091	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.118	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.719	3.403	527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.721	3.401	527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.43	6.092	660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.453	6.1	661
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.325	4	523
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.321	4.004	524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.642	7.085	765
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.638	7.089	766
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.004	33.734	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.97	33.543	1232

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.478	40	0.415	788	0.418	828	0.731	0.85	100	0.411
1.847-1.897	0.417	50	0.392	777	0.393	827	0.839	0.869	100	0.393
1.897-1.952	0.315	41	0.373	735	0.37	776	0.922	0.888	100	0.372
1.952-2.012	0.293	35	0.3	741	0.299	776	0.93	0.927	100	0.293
2.012-2.078	0.26	32	0.258	723	0.258	755	0.948	0.95	100	0.239
2.078-2.151	0.3	39	0.204	686	0.208	725	0.937	0.969	100	0.179
2.151-2.232	0.223	35	0.191	679	0.193	714	0.971	0.976	100	0.166
2.232-2.323	0.229	37	0.158	634	0.162	671	0.957	0.984	100	0.133
2.323-2.426	0.199	37	0.146	609	0.148	646	0.98	0.987	100	0.123
2.426-2.544	0.229	27	0.152	612	0.155	639	0.968	0.984	100	0.128
2.544-2.682	0.196	35	0.151	551	0.153	586	0.981	0.986	100	0.128
2.682-2.844	0.251	24	0.154	541	0.158	565	0.954	0.986	100	0.133
2.844-3.04	0.163	25	0.138	522	0.139	547	0.98	0.988	100	0.121
3.04-3.282	0.161	21	0.142	480	0.142	501	0.983	0.987	100	0.129
3.282-3.595	0.237	24	0.155	439	0.159	463	0.972	0.985	100	0.148
3.595-4.017	0.264	24	0.147	403	0.154	427	0.965	0.986	100	0.147
4.017-4.634	0.237	14	0.114	371	0.117	385	0.97	0.991	100	0.118
4.634-5.666	0.14	21	0.141	310	0.141	331	0.99	0.988	100	0.146
5.666-7.972	0.219	16	0.171	251	0.175	268	0.98	0.982	99.6269	0.181
7.972-55.924	0.582	4	0.177	164	0.181	168	0.769	0.979	100	0.204

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関連情報:EMDBヘッダ

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