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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s2e | ||||||
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タイトル | Fab4251-DS-SOSIP complex | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / HIV | ||||||
生物種 | ![]() HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
![]() | Nortier, P. / Perez, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: RAIN: a Machine Learning-based identification for HIV-1 bNAbs. 著者: Laurent Perez / Mathilde Foglierini / ![]() 要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) are promising candidates for the treatment and prevention of HIV-1 infection. Despite their critical importance, automatic detection of HIV-1 bNAbs from immune ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) are promising candidates for the treatment and prevention of HIV-1 infection. Despite their critical importance, automatic detection of HIV-1 bNAbs from immune repertoire is still lacking. Here, we developed a straightforward computational method for apid utomatic dentification of bAbs ) based on Machine Learning methods. In contrast to other approaches using one-hot encoding amino acid sequences or structural alignment for prediction, RAIN uses a combination of selected sequence-based features for accurate prediction of HIV-1 bNAbs. We demonstrate the performance of our approach on non-biased, experimentally obtained sequenced BCR repertoires from HIV-1 immune donors. RAIN processing leads to the successful identification of novel HIV-1 bNAbs targeting the CD4-binding site of the envelope glycoprotein. In addition, we validate the identified bNAbs using neutralization assay and we solve the structure of one of them in complex with the soluble native-like heterotrimeric envelope glycoprotein by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Overall, we propose a method to facilitate and accelerate HIV-1 bNAbs discovery from non-selected immune repertoires. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 367.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 98.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 6分子 AECBDF
#3: タンパク質 | 分子量: 49558.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Envelope glycoprotein gp120|Human immunodeficiency virus 1 由来: (組換発現) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) 発現宿主: ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 14561.529 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) 発現宿主: ![]() |
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-抗体 / タンパク質 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 23951.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 22257.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-糖 , 4種, 45分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | #7: 多糖 | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Envelope glycoprotein Human immunodeficiency virus 1 with Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 400 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 39.89 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 15163 |
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解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72497 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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