PDB-8s0l: Crystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nano...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s0l

タイトル

Crystal structure of the TMPRSS2 zymogen in complex with the nanobody A07

要素

Nanobody A07
Transmembrane protease serine 2

キーワード

PROTEASE/NANOBODY INHIBITOR / PROTEASE / NANOBODY / INHIBITOR / ZYMOGEN / PROTEIN BINDING / PROTEASE-NANOBODY INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / proteolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Duquerroy, S. / Fernandez, I. / Rey, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into TMPRSS2 maturation and HKU1 binding
著者: Fernandez, I. / Saunders, N. / Duquerroy, S. / Boland, W.H. / Arbabian, A. / Baquero, E. / Lafaye, P. / Haouz, A. / Buchrieser, J. / Schwartz, O. / Rey, F.

履歴

登録	2024年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s0l.cif.gz	227.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s0l.ent.gz	178.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s0l_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s0l_full_validation.pdf.gz	470.5 KB	表示
XML形式データ	8s0l_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	8s0l_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s0l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s0mC 8s0nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (6) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (6)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transmembrane protease serine 2

B: Nanobody A07

ヘテロ分子

60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.665, 53.808, 65.477
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.74, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-940- HOH
2	1	B-287- HOH
3	1	B-289- HOH
4	1	B-319- HOH

#1: タンパク質

Transmembrane protease serine 2 / Serine protease 10

分子量: 43678.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10 / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O15393, transmembrane protease serine 2

#2: 抗体

Nanobody A07

分子量: 16031.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20 %w/v PEG 3350, 0.05 M HEPES (pH 7.0), 1 %w/v Tryptone, 0.001 %w/v NaN3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 58045 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 2.643 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4194 / CC_1/2: 0.293 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→24.82 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2154	2568	4.43 %
R_work	0.1769	-	-
obs	0.1786	57982	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3850	0	15	401	4266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	5620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.479	1486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	594
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	739

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.4358	154	0.4032	2946	X-RAY DIFFRACTION	97
1.84-1.87	0.4043	147	0.3855	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.91	0.3805	147	0.35	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.96	0.2896	139	0.2969	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.01	0.3072	131	0.26	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.06	0.2722	142	0.2418	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.12	0.2984	145	0.2276	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.19	0.2586	135	0.2276	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.27	0.2419	127	0.2122	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.36	0.2254	147	0.1803	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.47	0.2062	131	0.1746	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.6	0.2226	169	0.1757	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.76	0.2059	161	0.1722	3068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.97	0.271	126	0.1811	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.27	0.205	162	0.1694	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.74	0.1958	154	0.1599	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-4.71	0.1655	134	0.1289	3154	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-24.82	0.1617	117	0.1472	3229	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5684	-0.0629	-0.0789	0.5683	0.1174	0.7119	0.3879	-0.303	-0.0615	-0.0375	0.2459	0.5309	-0.2393	-0.3507	0.0067	1.2249	0.0492	-0.078	1.243	-0.2044	1.2007	28.827	15.4658	22.4111
2	2.4906	-0.1294	1.4225	0.6175	-0.09	1.6309	-0.0972	-0.6132	-0.0395	0.2323	0.1219	-0.089	-0.0617	-0.1201	0.0047	0.4091	0.0714	0.0384	0.4917	0.0062	0.336	33.7229	-6.0386	16.0417
3	2.0459	0.6072	0.0766	1.7935	-0.0383	1.0268	-0.0968	-0.0263	0.0763	-0.05	0.0502	0.0829	-0.0365	0.025	0	0.2583	0.0109	0.0105	0.2522	0.0171	0.2553	18.9653	-1.65	-2.9728
4	1.5304	0.3726	0	1.9113	-0.3353	0.6668	-0.1575	0.0413	0.096	-0.1967	0.1093	-0.0689	0.0182	0.0491	0.0002	0.2762	-0.0176	0.0043	0.2937	0.0037	0.2945	28.6975	3.281	-7.4283
5	0.087	0.0182	-0.0682	0.0719	-0.007	0.1048	0.0229	-0.0542	-0.0641	0.4614	0.1211	-0.7782	-0.1269	0.3104	-0.0001	0.4296	-0.0353	-0.143	0.4129	-0.0035	0.6966	21.6373	27.3338	-16.5398
6	0.0365	0.0252	0.0029	0.0312	-0.0164	0.0284	-0.1174	0.271	0.3214	-0.5546	-0.1228	0.2161	-0.1535	-0.3448	-0.0007	0.5032	0.0225	-0.0648	0.3992	0.0274	0.4223	1.1721	32.8402	-28.7529
7	0.2283	-0.0102	0.2296	0.5964	-0.1321	0.2477	0.0047	0.1478	0.003	0.1365	-0.0835	-0.2113	-0.084	0.0548	0.0002	0.3421	-0.0147	-0.0363	0.2988	0.0122	0.3548	16.034	22.6973	-18.6484
8	0.0829	0.0031	0.002	0.1109	-0.0646	0.0381	-0.0143	-0.1822	0.0784	0.6378	-0.0152	0.2022	-0.0311	-0.0606	-0.0002	0.4851	-0.0136	0.0336	0.3433	-0.0156	0.4187	4.1113	26.7008	-12.0185
9	0.2512	0.147	0.3226	0.7164	-0.0231	0.4792	0.118	0.1067	-0.5323	-0.0182	0.0009	0.3697	0.3667	-0.1698	0.0034	0.406	-0.0124	-0.0563	0.3581	-0.0019	0.4625	6.3991	15.7233	-20.5832
10	0.2371	0.2394	0.1891	0.6263	-0.0971	0.4797	0.1502	0.0264	0.0767	-0.2727	-0.1594	0.1168	0.0077	0.0147	0.0001	0.3923	0.0238	-0.0184	0.3946	-0.0336	0.3728	6.5877	24.5086	-24.2752
11	0.0011	-0.0269	0.0078	0.2798	-0.1296	0.0588	0.0075	-0.1796	-0.0616	0.2934	-0.0449	-0.0394	-0.0931	-0.0536	-0.0001	0.3757	-0.0508	-0.0331	0.3161	0.0481	0.3956	13.3238	19.2751	-11.4575
12	0.2153	0.0686	0.0041	0.0772	0.0287	0.1234	0.1085	0.4292	0.472	-0.4857	-0.167	0.6911	-0.5459	-0.3849	-0.002	0.4175	0.058	-0.0931	0.3436	0.0465	0.464	2.5395	35.5835	-23.1936

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 117 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 277 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 278 through 410 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 411 through 491 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 9 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 10 through 19 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 20 through 41 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 42 through 53 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 54 through 75 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 76 through 93 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 94 through 123 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 124 through 130 )

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