PDB-8rz0: Synthetic immunogen RH5-34EM bound to monoclonal antibody R5.016

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rz0

タイトル

Synthetic immunogen RH5-34EM bound to monoclonal antibody R5.016

要素

R5.016 scFv
RH5-34EM

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / blood stage / synthetic vaccine immunogen / PfRH5

生物種

synthetic construct (人工物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Farrell, B. / Harrison, T. / Higgins, M.K.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Embo Mol Med / 年: 2024
タイトル: Rational structure-guided design of a blood stage malaria vaccine immunogen presenting a single epitope from PfRH5.
著者: Harrison, T.E. / Alam, N. / Farrell, B. / Quinkert, D. / Lias, A.M. / King, L.D.W. / Barfod, L.K. / Draper, S.J. / Campeotto, I. / Higgins, M.K.

履歴

登録	2024年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.2	2025年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rz0.cif.gz	573.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rz0.ent.gz	471.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/8rz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rz1C 8rz2C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RH5-34EM

B: R5.016 scFv

C: RH5-34EM

D: R5.016 scFv

E: RH5-34EM

F: R5.016 scFv

G: RH5-34EM

H: R5.016 scFv

ヘテロ分子

165 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RH5-34EM

B: R5.016 scFv

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: RH5-34EM

D: R5.016 scFv

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: RH5-34EM

F: R5.016 scFv

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: RH5-34EM

H: R5.016 scFv

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.281, 114.012, 217.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RH5-34EM 分子量: 14216.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	R5.016 scFv 分子量: 26821.635 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG8000, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→217.1 Å / Num. obs: 199219 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å / Num. unique obs: 9819 / CC_1/2: 0.52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4 (20-OCT-2021)	精密化
PDB_EXTRACT	3.28	データ抽出
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→108.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.093 / SU R_free Blow DPI: 0.086 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.084

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2059	9860	4.95 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.1917	199083	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.93 Å² / B_iso mean: 36.05 Å² / B_iso min: 9.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.8838 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.6648 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.7811 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.63→108.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11002	0	24	1232	12258
B_iso mean	-	-	39.25	43.62	-
残基数	-	-	-	-	1392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	4142	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1954	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	11370	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	1472	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	10916	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	11370	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	15335	HARMONIC	2	0.92
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.9
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				15.77

LS精密化シェル

解像度: 1.63→1.64 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2757	174	4.37 %
R_work	0.2639	3808	-
all	0.2644	3982	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4414	0.0701	0.5734	0.3153	-1.3411	7.0116	-0.122	0.1214	0.2925	0.0944	0.0375	0.0207	-0.508	-0.0935	0.0845	-0.0328	0.0151	-0.0038	-0.1359	0.0099	-0.054	8.2504	60.1946	32.9041
2	0.2593	0.0729	0.2782	0.4229	-0.0395	0.646	0.0137	0.0186	0.0313	0.0414	-0.0143	-0.0126	-0.0021	0.0362	0.0006	-0.0913	-0.0088	0.0076	-0.0637	-0.0067	-0.1013	19.8233	38.7283	38.2243
3	0.9344	-0.0162	-0.1158	0.4263	-0.0309	4.3089	-0.1058	-0.1458	0.2022	0.0347	0.0598	-0.0522	-0.2306	-0.1216	0.046	-0.0894	0.0145	0.0037	-0.0852	-0.0549	-0.052	-11.1081	63.0501	23.4447
4	0.4641	0.0256	0.2297	0.155	0.0675	0.6366	-0.0003	-0.0288	-0.0099	-0.0727	0.0117	-0.0681	0.0448	0.0142	-0.0115	-0.094	-0.004	0.0314	-0.0709	-0.022	-0.0879	-20.1932	40.5676	14.5727
5	0.3291	-0.4115	-0.0842	3.9019	0.3655	0.7	0.0034	0.0549	-0.0903	-0.1075	-0.038	0.1553	0.1387	-0.0563	0.0346	-0.0551	-0.0089	-0.0215	-0.0824	-0.0281	-0.0866	7.7677	-2.9218	10.8658
6	0.6984	0.0775	0.0654	0.9543	-0.1627	0.2605	-0.0105	-0.0624	-0.0788	0.0618	0.0344	0.0151	-0.065	-0.0411	-0.024	-0.0946	0.0238	-0.0039	-0.07	0.0159	-0.1037	16.2333	3.0222	33.8599
7	1.4126	-0.4648	-0.2452	10.3914	-1.7704	1.2825	0.0917	0.4639	0.0227	-0.4647	0.023	-0.2884	-0.3024	-0.229	-0.1148	0.0696	0.1543	0.0435	-0.0717	0.0207	-0.2457	-12.3405	-13.5891	12.2758
8	0.9329	-0.2312	0.1739	0.8537	0.0634	0.2425	0.098	0.0185	-0.1599	-0.0839	-0.0823	0.0514	0.0156	0.0297	-0.0157	-0.0917	0.0412	-0.0326	-0.1041	0.0078	-0.0649	-23.5031	-20.7171	32.8981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	5 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	0 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	5 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	1 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	5 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	1 - 262
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	6 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }	H	1 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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