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万見
- PDB-8ryz: Structures of selenoneine synthase SenA from Variovorax paradoxus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ryz
タイトルStructures of selenoneine synthase SenA from Variovorax paradoxus
要素selenoneine synthase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / selenoneine synthase / C-Se bond formation / glycosyltransferase
機能・相同性N,N,N-trimethyl-histidine / IMIDAZOLE / NICKEL (II) ION
機能・相同性情報
生物種Variovorax paradoxus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Ma, Y.Y. / Gao, Y. / Xu, S.H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32394010 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2302900 中国
引用ジャーナル: Heliyon / 年: 2024
タイトル: Structures of SenB and SenA enzymes from Variovorax paradoxus provide insights into carbon-selenium bond formation in selenoneine biosynthesis.
著者: Xu, S. / Zhao, J. / Liu, X. / Yang, X. / Xu, Z. / Gao, Y. / Ma, Y. / Yang, H.
履歴
登録2024年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年7月2日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_initial_refinement_model.accession_code ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _pdbx_initial_refinement_model.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: selenoneine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,30710
ポリマ－46,4051
非ポリマー9029
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.002, 118.002, 72.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-804-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 selenoneine synthase


分子量: 46405.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Variovorax paradoxus (バクテリア)
遺伝子: SenA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 7種, 232分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AVJ / N,N,N-trimethyl-histidine / Hercynine / L-ヘルシニン


分子量: 198.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.64 M potassium sodium tartrate, 0.08 M CHES sodium pH 9.5, 1.6 M lithium sulfate monohydrate, 0.5 M NaCl and 10% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→41.82 Å / Num. obs: 74276 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 18.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 / Num. unique obs: 38568

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
Cootモデル構築
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→41.82 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 3060 4.12 %
Rwork0.1802 --
obs0.1818 74274 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→41.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3219 0 57 223 3499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.854613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.445478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009611
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.050.37741330.32323145X-RAY DIFFRACTION97
2.05-2.090.43381340.293255X-RAY DIFFRACTION99
2.09-2.120.31571380.27123218X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.160.29971340.26113253X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.20.27331380.24683307X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.250.29011440.24743182X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.30.25961400.22943245X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.350.26221440.22963257X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.410.2561420.22863237X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.470.26261420.22443222X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.540.25031420.20383208X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.630.26671460.21613270X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.720.26861440.20483243X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.830.22971400.19773237X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.960.24751380.19523224X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.110.25791400.19883245X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.310.21691320.18023258X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.560.18771400.1633235X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.920.22771290.14863249X-RAY DIFFRACTION100
3.92-4.490.14371320.13373257X-RAY DIFFRACTION100
4.49-5.650.16011490.13373232X-RAY DIFFRACTION100
5.66-9.990.1781390.14183235X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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